| 摘要 | 第1-9页 |
| ABSTRACT | 第9-16页 |
| 第一章 前言 | 第16-41页 |
| ·SSR 序列分布特征 | 第16-19页 |
| ·SSR 序列在真核基因组中广泛分布 | 第16-17页 |
| ·SSR 序列在基因组中的分布差异 | 第17-18页 |
| ·SSR 序列在植物基因组中的分布特征 | 第18-19页 |
| ·SSR 序列进化机制 | 第19-24页 |
| ·SSR 序列的不稳定性 | 第19-20页 |
| ·SSR 序列的突变机制 | 第20-22页 |
| ·复制滑移突变 | 第20-22页 |
| ·重组突变 | 第22页 |
| ·SSR 序列突变模型 | 第22-24页 |
| ·逐步突变相关模型 | 第22-24页 |
| ·平衡突变模型 | 第24页 |
| ·SSR 序列的生物学功能 | 第24-29页 |
| ·编码区SSR 功能 | 第25-26页 |
| ·调控区SSR 功能 | 第26-28页 |
| ·转录因子结合位点 | 第26-27页 |
| ·影响染色质结构 | 第27-28页 |
| ·翻译调控功能 | 第28-29页 |
| ·植物EST-SSR 标记开发 | 第29-39页 |
| ·EST-SSR 序列发掘 | 第30-33页 |
| ·EST 序列聚类 | 第30-31页 |
| ·SSR 序列发掘工具 | 第31-33页 |
| ·EST-SSR 分布特点 | 第33-34页 |
| ·SSR 序列在不同转录区的分布特点 | 第33页 |
| ·SSR 序列在不同植物EST 中的分布频率 | 第33-34页 |
| ·EST-SSR 标记的通用性 | 第34-36页 |
| ·EST-SSR 标记的应用 | 第36-38页 |
| ·遗传图谱构建 | 第36-37页 |
| ·比较作图 | 第37-38页 |
| ·遗传多样性研究 | 第38页 |
| ·EST-SSR 不足之处 | 第38-39页 |
| ·EST-SSR 多态性位点的计算机发掘 | 第39页 |
| ·研究目的和意义 | 第39-41页 |
| 第二章 植物保守SSR 序列分析 | 第41-69页 |
| ·材料与方法 | 第42-49页 |
| ·序列来源 | 第42页 |
| ·同源基因分析 | 第42-43页 |
| ·CNMS 位点分析 | 第43-45页 |
| ·基因功能分析 | 第45页 |
| ·基因表达分析 | 第45-49页 |
| ·结果与分析 | 第49-66页 |
| ·SSR 序列在拟南芥基因组不同区域的分布特征 | 第49-50页 |
| ·拟南芥CNMS 位点分析 | 第50-51页 |
| ·CNMS 位点可信性评估 | 第51-53页 |
| ·拟南芥CNMS 位点进化分析 | 第53-57页 |
| ·植物CNMS 位点分析 | 第57-59页 |
| ·拟南芥CNMS 相关基因功能分析 | 第59-61页 |
| ·植物CNMS 位点调控功能预测 | 第61-62页 |
| ·CNMS 相关基因表达模式分析 | 第62-64页 |
| ·CNMS 重复单元数与基因表达模式的相关性分析 | 第64-66页 |
| ·讨论 | 第66-69页 |
| 第三章 植物SSR 调控功能分析 | 第69-98页 |
| ·材料与方法 | 第69-85页 |
| ·菌种和质粒 | 第69-70页 |
| ·各种酶、试剂盒和常用试剂 | 第70页 |
| ·各种试剂及培养基 | 第70-72页 |
| ·启动子缺失片段克隆及检测 | 第72-76页 |
| ·启动子缺失片段植物转化载体构建 | 第76-80页 |
| ·拟南芥转化 | 第80-81页 |
| ·转基因植株阳性检测 | 第81-83页 |
| ·基因表达分析 | 第83-85页 |
| ·结果与分析 | 第85-96页 |
| ·拟南芥AtHip1 基因表达模式分析 | 第85-87页 |
| ·拟南芥AtHip1 启动子克隆及结构分析 | 第87-88页 |
| ·含启动子缺失片段的载体构建 | 第88-89页 |
| ·转基因阳性植株鉴定 | 第89-91页 |
| ·基因表达分析 | 第91-96页 |
| ·讨论 | 第96-98页 |
| 第四章 作物EST-SSR 多态性位点发掘及数据库构建 | 第98-118页 |
| ·材料与方法 | 第98-103页 |
| ·EST 序列收集与分离 | 第98-99页 |
| ·EST 序列聚类 | 第99-100页 |
| ·EST-SSR 多态性位点发掘 | 第100-101页 |
| ·EST-SSR 多态性位点通用性分析 | 第101页 |
| ·基因功能分析 | 第101-102页 |
| ·引物设计 | 第102页 |
| ·数据库构建 | 第102-103页 |
| ·结果与分析 | 第103-115页 |
| ·EST 序列聚类 | 第103-104页 |
| ·EST-SSR 多态性位点发掘 | 第104-105页 |
| ·EST-SSR 多态性位点长度突变分析 | 第105-109页 |
| ·EST-SSR 多态性位点相关基因功能分析 | 第109-111页 |
| ·EST-SSR 标记在不同作物间的通用性分析 | 第111-114页 |
| ·EST-SSR 多态性位点引物设计 | 第114页 |
| ·EST-SSR 多态性位点数据库构建 | 第114-115页 |
| ·讨论 | 第115-118页 |
| 第五章 总结与展望 | 第118-121页 |
| ·植物SSR 序列调控功能 | 第118-119页 |
| ·作物EST-SSR 多态性位点发掘 | 第119-121页 |
| 参考文献 | 第121-134页 |
| 致谢 | 第134-135页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第135-138页 |