| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-11页 |
| 1 绪论 | 第11-26页 |
| ·引言 | 第11-13页 |
| ·蛋白质二级结构预测 | 第13-16页 |
| ·蛋白质三级结构预测 | 第16-24页 |
| ·同源模建 | 第16-17页 |
| ·折叠识别 | 第17-21页 |
| ·从头预测 | 第21-24页 |
| ·本文工作 | 第24-26页 |
| 2 蛋白质的四级结构及折叠 | 第26-42页 |
| ·蛋白质的一级结构 | 第27-30页 |
| ·蛋白质的二级结构 | 第30-33页 |
| ·蛋白质的三级结构与结构域 | 第33-35页 |
| ·蛋白质的四级结构 | 第35页 |
| ·蛋白质的内部作用力 | 第35-37页 |
| ·蛋白质折叠 | 第37-41页 |
| ·Levinthal悖论 | 第38-39页 |
| ·关于蛋白质折叠的理论模型 | 第39-41页 |
| ·本章小结 | 第41-42页 |
| 3 多序列比对算法以及一种基于小波包变换的多序列比对算法 | 第42-55页 |
| ·多序列比对方法的描述 | 第42-46页 |
| ·一种基于小波包的多序列比对方法 | 第46-50页 |
| ·从序列到信号的转化 | 第47-48页 |
| ·小波包变换 | 第48-49页 |
| ·排列相似片断获得比对结果 | 第49-50页 |
| ·扩展至组对组以及核苷酸的比对 | 第50页 |
| ·相似矩阵与空隙罚分 | 第50页 |
| ·结果与讨论 | 第50-54页 |
| ·结论 | 第54-55页 |
| 4 蛋白质折叠识别势函数 | 第55-63页 |
| ·蛋白质的势函数 | 第56-57页 |
| ·基于统计的蛋白质折叠势函数 | 第57-61页 |
| ·函数形式 | 第57-59页 |
| ·参考态 | 第59-60页 |
| ·蛋白质简化模型 | 第60-61页 |
| ·基于优化的蛋白质折叠识别势函数 | 第61-62页 |
| ·结论 | 第62-63页 |
| 5 优化蛋白质折叠识别函数 | 第63-82页 |
| ·材料与方法 | 第64-69页 |
| ·简化蛋白模型 | 第64-65页 |
| ·势函数的能量项 | 第65页 |
| ·疏水势的计算 | 第65-67页 |
| ·虚拟二面角扭转势能的计算 | 第67-68页 |
| ·优化求解势函数参数 | 第68-69页 |
| ·结果与讨论 | 第69-81页 |
| ·残基的溶剂可及面 | 第69-70页 |
| ·蛋白质的虚拟二面角以及二面角扭转能 | 第70-71页 |
| ·接触系数矩阵 | 第71-72页 |
| ·折叠识别能力 | 第72-81页 |
| ·结论 | 第81-82页 |
| 6 基于参数评价函数的蛋白质折叠势函数优化设计 | 第82-97页 |
| ·材料与方法 | 第83-88页 |
| ·蛋白质的表征与势函数 | 第83-84页 |
| ·训练蛋白以及诱导构象集 | 第84页 |
| ·参数评价方程方法优化势函数 | 第84-88页 |
| ·结果与讨论 | 第88-96页 |
| ·共轭梯度方法的优化过程 | 第88-89页 |
| ·优化势函数的识别能力 | 第89-96页 |
| ·结论 | 第96-97页 |
| 7 遗传Threading蛋白质折叠识别方法及其程序设计 | 第97-109页 |
| ·材料与方法 | 第98-102页 |
| ·遗传Threading方法 | 第98页 |
| ·编码以及总群初始化 | 第98-99页 |
| ·交叉算子 | 第99-101页 |
| ·变异算子 | 第101页 |
| ·适应函数 | 第101-102页 |
| ·结果与讨论 | 第102-107页 |
| ·测试平台 | 第102-103页 |
| ·遗传Threading算法测试 | 第103-104页 |
| ·比对精度 | 第104-107页 |
| ·折叠识别 | 第107页 |
| ·结论 | 第107-109页 |
| 结论与展望 | 第109-111页 |
| 结论 | 第109-110页 |
| 展望 | 第110-111页 |
| 参考文献 | 第111-124页 |
| 附录A 常用蛋白质结构预测词汇清单 | 第124-126页 |
| 附录B 246个Hinds-Levitt蛋白集 | 第126-127页 |
| 附录C 基于线性规划优化方法所得势函数的参数系 | 第127-128页 |
| 附录D 基于参数评价优化方法所得势函数的参数系 | 第128-129页 |
| 攻读博士学位期间发表学术论文情况 | 第129-131页 |
| 致谢 | 第131-133页 |
| 作者简介 | 第133-134页 |