| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-8页 |
| 第1章 绪论 | 第8-19页 |
| ·生物信息学 | 第8-11页 |
| ·生物信息学的概念 | 第8-9页 |
| ·生物信息学的主要研究内容和任务 | 第9-10页 |
| ·生物信息学的研究意义 | 第10-11页 |
| ·生物信息数据 | 第11-12页 |
| ·分析处理生物信息的数学方法 | 第12-14页 |
| ·统计理论方法 | 第13页 |
| ·分形理论方法 | 第13-14页 |
| ·信息理论方法 | 第14页 |
| ·其它基于数学理论的分析方法 | 第14页 |
| ·基因识别算法 | 第14-15页 |
| ·物种系统发育分析 | 第15-17页 |
| ·论文的主要工作 | 第17-19页 |
| 第2章 基因识别算法及其应用 | 第19-50页 |
| ·理论基础 | 第20-29页 |
| ·DNA序列的数字序列表示法 | 第20-21页 |
| ·重分形分析 | 第21-23页 |
| ·Fourier分析 | 第23-24页 |
| ·Z曲线方法 | 第24-26页 |
| ·正四面体（RT）方法 | 第26-27页 |
| ·DNA序列的全局描述（GD）方法 | 第27-28页 |
| ·Fisher线性判别法 | 第28-29页 |
| ·原核生物完全基因组中编码区与非编码区的区分 | 第29-42页 |
| ·重分形分析区分原核生物完全基因组编码区与非编码区 | 第32-37页 |
| ·傅立叶变换方法区分原核生物DNA的编码区与非编码区 | 第37-42页 |
| ·人类完全基因组DNA的基因区与非基因区的区分 | 第42-50页 |
| ·方法 | 第43-47页 |
| ·结果与讨论 | 第47-48页 |
| ·小结 | 第48-50页 |
| 第3章 物种进化分析的数学理论 | 第50-60页 |
| ·组分矢量 | 第51-52页 |
| ·动力学语言模型 | 第52页 |
| ·Fourier变换 | 第52-53页 |
| ·熵密度分布 | 第53-54页 |
| ·互信息理论 | 第54-56页 |
| ·关联距离 | 第56-57页 |
| ·对数关联距离 | 第57-58页 |
| ·Kullback-Leibler 散度距离(KLD) | 第58-60页 |
| 第4章 基于距离的基因组进化分析 | 第60-78页 |
| ·脊椎动物线粒体基因组进化分析 | 第61-71页 |
| ·方法 | 第64-65页 |
| ·结果与讨论 | 第65-70页 |
| ·小结 | 第70-71页 |
| ·多瘤病毒基因组进化分析 | 第71-78页 |
| ·数据与方法 | 第72-74页 |
| ·结果与讨论 | 第74-76页 |
| ·小结 | 第76-78页 |
| 总结论 | 第78-80页 |
| 参考文献 | 第80-91页 |
| 附录 （攻读博士学位期间发表的论文和参与的科研项目） | 第91-92页 |
| 致谢 | 第92页 |
