蛋白质网络中复合物和功能模块挖掘算法研究
| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-27页 |
| ·蛋白质网络 | 第12-18页 |
| ·课题的研究意义 | 第18-19页 |
| ·相关研究工作 | 第19-24页 |
| ·基于图划分的方法 | 第20页 |
| ·基于密度的局部搜索方法 | 第20-21页 |
| ·基于层次聚类的方法 | 第21-23页 |
| ·其他方法 | 第23-24页 |
| ·本文的主要研究内容 | 第24-25页 |
| ·论文的结构 | 第25-27页 |
| 第二章 蛋白质网络拓扑及可靠性分析 | 第27-43页 |
| ·相关定义 | 第27-29页 |
| ·蛋白质网络拓扑分析 | 第29-38页 |
| ·蛋白质相互作用数据 | 第29-30页 |
| ·网络直径和特征路径长度分析 | 第30-31页 |
| ·节点度的分布特性 | 第31-33页 |
| ·节点介数及与节点度的相关性分析 | 第33-35页 |
| ·边介数和边间隔分析 | 第35-37页 |
| ·聚集系数与模块化结构分析 | 第37-38页 |
| ·蛋白质网络可靠性分析 | 第38-42页 |
| ·蛋白质网络可靠性的评价指标 | 第38-40页 |
| ·蛋白质网络可靠性分析 | 第40-42页 |
| ·本章小结 | 第42-43页 |
| 第三章 基于极大团扩展的蛋白质复合物识别算法 | 第43-60页 |
| ·极大团扩展模型 | 第44页 |
| ·基于极大团扩展的算法 IPC-MCE | 第44-46页 |
| ·实验结果与分析 | 第46-59页 |
| ·与MIPS数据库中的已知蛋白质复合物比较 | 第47-50页 |
| ·与系统分析得到的已知蛋白质复合物比较 | 第50-52页 |
| ·算法的特异性和敏感度 | 第52-54页 |
| ·功能富集分析 | 第54-59页 |
| ·本章小结 | 第59-60页 |
| 第四章 基于距离测定的蛋白质复合物识别算法 | 第60-83页 |
| ·蛋白质复合物模型及相关定义 | 第61-65页 |
| ·已知蛋白质复合物拓扑分析 | 第61-63页 |
| ·基于距离测定的蛋白质复合物扩充模型 | 第63-65页 |
| ·基于距离测定的蛋白质复合物识别算法 | 第65-68页 |
| ·实验结果与分析 | 第68-82页 |
| ·参数设置对聚类结果的影响分析 | 第68-72页 |
| ·与MIPS数据库中的已知蛋白质复合物比较 | 第72-76页 |
| ·算法的特异性和敏感度 | 第76-78页 |
| ·功能富集分析 | 第78页 |
| ·健壮性分析 | 第78-80页 |
| ·算法的运行效率分析 | 第80-82页 |
| ·本章小结 | 第82-83页 |
| 第五章 基于边聚集系数的快速层次聚类算法 | 第83-101页 |
| ·层次聚类算法FAG-EC | 第83-87页 |
| ·边聚集系数的引入 | 第83-85页 |
| ·量化定义功能模块 | 第85-86页 |
| ·算法FAG-EC | 第86-87页 |
| ·加权层次聚类算法HC-Wpin | 第87-89页 |
| ·加权蛋白质网络 | 第87-88页 |
| ·算法HC-Wpin | 第88-89页 |
| ·实验结果与分析 | 第89-99页 |
| ·参数设置对聚类结果的影响 | 第89-91页 |
| ·基于GO的P-value评估 | 第91-96页 |
| ·查全率和查准率分析 | 第96-98页 |
| ·算法的运行效率分析 | 第98-99页 |
| ·本章小结 | 第99-101页 |
| 第六章 识别交叠功能模块的算法OMFinder | 第101-116页 |
| ·中心性-致死性法则 | 第101-102页 |
| ·算法OMFinder | 第102-107页 |
| ·实验结果与分析 | 第107-112页 |
| ·识别交叠的网络功能模块 | 第107-109页 |
| ·统计评估与功能注释 | 第109-111页 |
| ·查全率和查准率分析 | 第111-112页 |
| ·几种算法的比较分析 | 第112-115页 |
| ·本章小结 | 第115-116页 |
| 第七章 总结 | 第116-121页 |
| ·主要贡献和创新点 | 第116-118页 |
| ·展望 | 第118-121页 |
| 参考文献 | 第121-134页 |
| 致谢 | 第134-135页 |
| 攻读博士学位期间主要的研究成果 | 第135-136页 |
