| 博士生自认为的论文创新点 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 第一章 引言 | 第13-20页 |
| 1.1 论文的研究背景与意义 | 第13-14页 |
| 1.2 研究现状 | 第14-18页 |
| 1.2.1 DNA之间相互作用的研究 | 第14-16页 |
| 1.2.2 核酸分子柔性的研究 | 第16-18页 |
| 1.3 研究内容和章节介绍 | 第18-20页 |
| 第二章 分子动力学模拟与相关方法 | 第20-31页 |
| 2.1 基本原理 | 第21-22页 |
| 2.2 分子动力学模拟算法 | 第22-27页 |
| 2.2.1 周期性边界条件 | 第22-23页 |
| 2.2.2 MD流程和算法 | 第23-25页 |
| 2.2.3 力场和库伦力的处理 | 第25-26页 |
| 2.2.4 生物大分子模拟中常用的力场 | 第26-27页 |
| 2.3 平均力势(PMF)和伞形抽样 | 第27-29页 |
| 2.4 核酸螺旋的弹性理论 | 第29-31页 |
| 第三章 二价离子媒介DNA之间的相互作用 | 第31-55页 |
| 3.1 模拟体系和方法步骤 | 第32-36页 |
| 3.1.1 DNA模型的构建 | 第32-33页 |
| 3.1.2 力场参数的选取 | 第33-34页 |
| 3.1.3 MD模拟步骤 | 第34-35页 |
| 3.1.4 数据分析和处理 | 第35-36页 |
| 3.2 结果和讨论 | 第36-52页 |
| 3.2.1 在Mg~(2+)溶液中DNA之间的PMF | 第36-40页 |
| 3.2.2 Mg~(2+)在DNA周围的分布: tsDNA与dsDNA的对比 | 第40-43页 |
| 3.2.3 DNA之间的桥接离子: tsDNA与dsDNA的对比 | 第43-46页 |
| 3.2.4 桥接离子与DNA之间相互作用力的关联 | 第46-52页 |
| 3.3 本章小结 | 第52-55页 |
| 第四章 酒精溶液中DNA的结构及其柔性 | 第55-70页 |
| 4.1 模拟体系和方法步骤 | 第56-58页 |
| 4.1.1 模拟体系 | 第56-57页 |
| 4.1.2 数据分析和处理 | 第57-58页 |
| 4.2 结果和讨论 | 第58-68页 |
| 4.2.1 核酸分子的结构稳定性 | 第59-60页 |
| 4.2.2 主成分分析其整体柔性 | 第60-62页 |
| 4.2.3 核酸分子的伸缩性质 | 第62-66页 |
| 4.2.4 核酸分子的扭转性质 | 第66-68页 |
| 4.2.5 螺旋结构的伸缩-扭转耦合 | 第68页 |
| 4.3 总结与结论 | 第68-70页 |
| 第五章 总结和展望 | 第70-75页 |
| 5.1 全文总结 | 第70-71页 |
| 5.2 前景展望 | 第71-75页 |
| 5.2.1 核酸间的相互作用 | 第71-72页 |
| 5.2.2 核酸的柔性 | 第72-75页 |
| 参考文献 | 第75-85页 |
| 攻博期间完成的科研成果 | 第85-86页 |
| 致谢 | 第86-88页 |
