| 摘要 | 第10-11页 |
| Abstract | 第11-12页 |
| 第一章 绪论 | 第13-26页 |
| 1.1 污水处理与微生物 | 第13-14页 |
| 1.2 红环菌目的分类及其在污水处理中的地位 | 第14-18页 |
| 1.2.1 红环菌目的分类 | 第14-15页 |
| 1.2.2 红环菌目的主要生理生化特点 | 第15页 |
| 1.2.3 红环菌目在污水处理中的特殊功能菌属 | 第15-18页 |
| 1.3 聚磷菌的分类及其在污水处理中的地位 | 第18-21页 |
| 1.3.1 聚磷菌的核心代谢功能 | 第18-19页 |
| 1.3.2 聚磷菌属的分类 | 第19-21页 |
| 1.4 比较基因组学研究微生物的演化、功能与代谢 | 第21-25页 |
| 1.4.1 基因组学的研究内容 | 第21页 |
| 1.4.2 原核基因组数据的来源与急剧增加 | 第21-22页 |
| 1.4.3 比较基因组研究微生物的种系发生分析 | 第22-24页 |
| 1.4.4 比较基因组学研究微生物的环境适应性 | 第24-25页 |
| 1.5 论文设计 | 第25-26页 |
| 第二章 材料与方法 | 第26-40页 |
| 2.1 数据来源 | 第26-27页 |
| 2.2 基于单个保守基因的种系发生分析 | 第27-28页 |
| 2.2.1 红环菌目16S rRNA基因种系发生分析 | 第27-28页 |
| 2.2.2 聚磷菌PPK1基因种系发生分析 | 第28页 |
| 2.3 基于基因组的种系发生分析 | 第28-33页 |
| 2.3.1 基因组预处理 | 第28-30页 |
| 2.3.2 多保守串联核心基因种系发生分析 | 第30-32页 |
| 2.3.3 基因组GC含量和基因组大小的分析 | 第32-33页 |
| 2.4 Core基因和Pan基因分析 | 第33-36页 |
| 2.4.1 核心基因组阈值 | 第33-34页 |
| 2.4.2 同源基因聚簇 | 第34-35页 |
| 2.4.3 Core基因和Pan基因数量分析 | 第35-36页 |
| 2.5 基因流动分析 | 第36-37页 |
| 2.6 比较基因组分析聚磷菌的代谢与演化 | 第37-39页 |
| 2.6.1 聚磷菌基因分类与KEGG通路分析 | 第37-38页 |
| 2.6.2 PHA合成酶基因分析 | 第38-39页 |
| 2.6.3 聚磷菌CRISPRs预测 | 第39页 |
| 2.7 脚本获取 | 第39-40页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第40-85页 |
| 3.1 红环菌目种系发生分析结果 | 第40-64页 |
| 3.1.1 红环菌目基因组信息 | 第40页 |
| 3.1.2 基因组去冗余基因结果 | 第40-47页 |
| 3.1.3 红环菌目16S rRNA基因种系发生结果 | 第47-50页 |
| 3.1.4 红环菌目40 marker核心基因种系发生结果 | 第50-56页 |
| 3.1.5 红环菌目内基因流动结果 | 第56-57页 |
| 3.1.6 基于82个红环菌目基因组的目内核心基因定义 | 第57-58页 |
| 3.1.7 红环菌目基因积累曲线 | 第58-61页 |
| 3.1.8 红环菌目3个科基因组大小和GC含量的差异性 | 第61-64页 |
| 3.2 聚磷菌属内种系发生分析结果与代谢特征 | 第64-85页 |
| 3.2.1 基因组信息 | 第64页 |
| 3.2.2 PPK1基因种系发生分析结果 | 第64-66页 |
| 3.2.3 聚磷菌40 marker核心基因种系发生结果 | 第66-68页 |
| 3.2.4 聚磷菌基因流动结果 | 第68-69页 |
| 3.2.5 基因组特异基因数量 | 第69-71页 |
| 3.2.6 聚磷菌核心基因组cutoff | 第71-72页 |
| 3.2.7 聚磷菌Core基因和Pan基因分析结果 | 第72-74页 |
| 3.2.8 聚磷菌PHA合成酶基因种系发生与表达量 | 第74-78页 |
| 3.2.9 聚磷菌基因分类与KEGG通路结果 | 第78-83页 |
| 3.2.10 聚磷菌CRISPRs特点 | 第83-85页 |
| 第四章 结论 | 第85-86页 |
| 第五章 创新点和不足 | 第86-87页 |
| 参考文献 | 第87-97页 |
| 致谢 | 第97页 |
