蛋白质相互作用数据库系统的构建及其应用
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-10页 |
| 1 绪论 | 第10-18页 |
| ·引言 | 第10-11页 |
| ·蛋白质相互作用及其研究现状 | 第11-12页 |
| ·蛋白质相互作用 | 第11页 |
| ·蛋白质相互作用研究现状 | 第11-12页 |
| ·蛋白质相互作用研究方法 | 第12-13页 |
| ·核磁共振技术 | 第12页 |
| ·反向酵母双杂交技术 | 第12-13页 |
| ·免疫共沉淀技术 | 第13页 |
| ·蛋白质相互作用计算机预测 | 第13页 |
| ·蛋白质相互作用数据库 | 第13-15页 |
| ·BIND数据库 | 第14页 |
| ·DIP数据库 | 第14页 |
| ·STRING数据库 | 第14-15页 |
| ·研究目的及意义 | 第15-16页 |
| ·主要研究工作 | 第16-17页 |
| ·创新之处 | 第17-18页 |
| 2 蛋白质相互作用数据库系统的分析和设计 | 第18-27页 |
| ·系统功能分析 | 第18-19页 |
| ·数据库系统总体设计 | 第19-23页 |
| ·总体设计原则 | 第19-20页 |
| ·系统总体架构 | 第20-21页 |
| ·Web与MySQL结合 | 第21-22页 |
| ·Web系统设计 | 第22-23页 |
| ·系统开发环境选择 | 第23-26页 |
| ·Apache | 第24页 |
| ·MySQL | 第24-25页 |
| ·PHP | 第25页 |
| ·CakePHP | 第25-26页 |
| ·系统运行硬件环境 | 第26-27页 |
| 3 蛋白质相互作用数据库的构建 | 第27-41页 |
| ·系统运行环境的搭建 | 第27-30页 |
| ·Apache、MySQL、PHP安装和配置 | 第27页 |
| ·CakePHP的安装 | 第27-29页 |
| ·CakePHP的配置 | 第29-30页 |
| ·蛋白质相互作用数据规范 | 第30-32页 |
| ·基于XML的数据规范 | 第30-31页 |
| ·基于FASTA数据格式 | 第31页 |
| ·基于PSI-MI TAB数据格式 | 第31-32页 |
| ·数据表的设计 | 第32-37页 |
| ·相互作用表设计 | 第32-34页 |
| ·蛋白质表设计 | 第34页 |
| ·交叉索引表设计 | 第34-35页 |
| ·参考文献表设计 | 第35页 |
| ·相互作用蛋白表设计 | 第35-36页 |
| ·物种来源表设计 | 第36-37页 |
| ·鉴定证据表设计 | 第37页 |
| ·数据库管理平台 | 第37-38页 |
| ·数据的来源与入库 | 第38-41页 |
| ·数据的来源与处理 | 第38-39页 |
| ·数据的批量存储和实现 | 第39页 |
| ·数据的管理和更新 | 第39-41页 |
| 4 蛋白质相互作用数据库系统的实现 | 第41-50页 |
| ·高级检索模块 | 第42-45页 |
| ·按蛋白质查询 | 第43-44页 |
| ·按蛋白质相互作用查询 | 第44页 |
| ·按参考文献查询 | 第44-45页 |
| ·相互作用预测模块 | 第45-48页 |
| ·数据统计模块 | 第48页 |
| ·数据下载模块 | 第48-49页 |
| ·数据提交模块 | 第49-50页 |
| 5 蛋白质相互作用预测系统的应用实例 | 第50-56页 |
| ·高级检索的应用实例 | 第50-51页 |
| ·HSP相关介绍 | 第51页 |
| ·检索HSP和HSP 70的结果 | 第51页 |
| ·预测系统应用实例 | 第51-54页 |
| ·PRK2a介绍 | 第51-52页 |
| ·PRK2a序列查询 | 第52页 |
| ·预测结果及分析 | 第52-54页 |
| ·数据库比较及应用实例比较分析 | 第54-56页 |
| ·与DIP比较分析 | 第54-55页 |
| ·与BIND比较分析 | 第55-56页 |
| 6 讨论和总结 | 第56-60页 |
| ·全文讨论 | 第56-57页 |
| ·蛋白质相互作用数据库系统的构建 | 第56-57页 |
| ·通过具体实例对本系统的分析讨论 | 第57页 |
| ·全文总结 | 第57-58页 |
| ·展望 | 第58-60页 |
| 参考文献 | 第60-66页 |
| 致谢 | 第66-67页 |
| 作者简介 | 第67页 |
