| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第16-24页 |
| 1.1 研究背景 | 第16-18页 |
| 1.2 研究内容 | 第18-20页 |
| 1.3 研究意义 | 第20-21页 |
| 1.4 本文结构 | 第21-24页 |
| 第二章 GPCR结构预测技术概述 | 第24-40页 |
| 2.1 GPCR结构预测的问题描述 | 第24页 |
| 2.2 GPCR结构预测的研究现状 | 第24-28页 |
| 2.2.1 GPCR结构预测竞赛 | 第25页 |
| 2.2.2 低层结构拓扑预测技术现状 | 第25-27页 |
| 2.2.3 跨膜螺旋束结构建模技术现状 | 第27页 |
| 2.2.4 受体一配体复合结构建模技术现状 | 第27-28页 |
| 2.2.5 现状小结 | 第28页 |
| 2.3 GPCR结构预测的难点及相应措施 | 第28-31页 |
| 2.3.1 难点一：缺少直接先验知识 | 第28-29页 |
| 2.3.2 难点二：各种能量函数、搜索算法都有用,但都不准确 | 第29-30页 |
| 2.3.3 难点三：准确建模GPCR的结构拓扑困难 | 第30-31页 |
| 2.4 GPCR结构预测的优化方法 | 第31-34页 |
| 2.4.1 并行元启发方法的通用框架 | 第31-32页 |
| 2.4.2 同质元启发并行方法 | 第32-33页 |
| 2.4.3 异质元启发并行方法 | 第33-34页 |
| 2.5 GPCR结构预测的能量函数 | 第34-37页 |
| 2.5.1 Rosetta中跨膜蛋白的能量函数 | 第35页 |
| 2.5.2 Rosetta中复合物的能量函数 | 第35-37页 |
| 2.6 GPCR结构相关的数据库 | 第37-39页 |
| 2.7 本章小结 | 第39-40页 |
| 第三章 基于序列信息的低层结构拓扑预测技术 | 第40-51页 |
| 3.1 引言 | 第40页 |
| 3.2 跨膜区拓扑预测 | 第40-43页 |
| 3.2.1 氨基酸序列的物理化学指数特征 | 第41页 |
| 3.2.2 氨基酸序列的组分特征 | 第41-42页 |
| 3.2.3 支持向量机的分类方法 | 第42页 |
| 3.2.4 验证实验 | 第42-43页 |
| 3.3 螺旋形变结构拓扑预测 | 第43-49页 |
| 3.3.1 形变角度的拓扑表示与计算 | 第43-45页 |
| 3.3.2 依据序列相似性聚类 | 第45页 |
| 3.3.3 形变弧度的连续模型 | 第45-46页 |
| 3.3.4 验证实验 | 第46-49页 |
| 3.4 讨论 | 第49-50页 |
| 3.5 本章小结 | 第50-51页 |
| 第四章 基于结构拓扑的螺旋束结构建模技术 | 第51-68页 |
| 4.1 引言 | 第51-52页 |
| 4.2 螺旋束预测框架 | 第52-53页 |
| 4.2.1 并行框架的设计 | 第52-53页 |
| 4.2.2 单个线程的设计 | 第53页 |
| 4.3 基于结构拓扑的模型 | 第53-54页 |
| 4.4 基于结构拓扑的约束 | 第54-56页 |
| 4.4.1 两种约束的引入 | 第54-55页 |
| 4.4.2 约束引入的有效性验证 | 第55-56页 |
| 4.5 基于结构拓扑的能量项 | 第56-57页 |
| 4.5.1 能量项定义 | 第56-57页 |
| 4.5.2 能量项的区分能力 | 第57页 |
| 4.6 基于结构拓扑的采样算法 | 第57-60页 |
| 4.6.1 算法描述 | 第57-58页 |
| 4.6.2 视化比较 | 第58-60页 |
| 4.7 验证实验 | 第60-65页 |
| 4.7.1 对同源构象的优化实验 | 第60-61页 |
| 4.7.2 对GPCRDock2010参赛构象的优化实验 | 第61-62页 |
| 4.7.3 对八个解构GPCR的双盲实验 | 第62-65页 |
| 4.8 讨论 | 第65-66页 |
| 4.9 本章小结 | 第66-68页 |
| 第五章 复合物柔性结构并行建模技术 | 第68-84页 |
| 5.1 引言 | 第68-69页 |
| 5.2 配体无关的柔性优化方法 | 第69-72页 |
| 5.2.1 Backrub运动模型 | 第69-70页 |
| 5.2.2 改进后的受体柔性优化方法 | 第70-72页 |
| 5.2.3 验证实验 | 第72页 |
| 5.3 配体有关的柔性优化方法 | 第72-77页 |
| 5.3.1 RosettaLigand对接方法 | 第72-75页 |
| 5.3.2 改进后的柔性对接方法 | 第75-77页 |
| 5.3.3 验证实验 | 第77页 |
| 5.4 混合柔性优化方法 | 第77-79页 |
| 5.4.1 混合优化流程 | 第77页 |
| 5.4.2 验证实验一 | 第77-78页 |
| 5.4.3 验证实验二 | 第78-79页 |
| 5.5 讨论 | 第79页 |
| 5.6 本章小结 | 第79-84页 |
| 第六章 在线结构预测服务建设 | 第84-88页 |
| 6.1 引言 | 第84页 |
| 6.2 分布式计算框架 | 第84-85页 |
| 6.3 在线服务 | 第85-86页 |
| 6.4 小结 | 第86-88页 |
| 第七章 总结与展望 | 第88-92页 |
| 7.1 工作总结 | 第88-90页 |
| 7.2 研究展望 | 第90-92页 |
| 参考文献 | 第92-102页 |
| 发表文章目录及科研项目 | 第102-103页 |
| 致谢 | 第103页 |
