马属基因组和染色体快速进化的研究
| 摘要 | 第3-4页 |
| abstract | 第4-5页 |
| 缩略语表 | 第10-11页 |
| 1 引言 | 第11-22页 |
| 1.1 基因组学的研究领域 | 第11-12页 |
| 1.1.1 结构基因组学 | 第11页 |
| 1.1.2 比较基因组学 | 第11-12页 |
| 1.1.3 功能基因组学 | 第12页 |
| 1.1.4 生物信息学 | 第12页 |
| 1.2 二代测序的发展 | 第12-14页 |
| 1.2.1 Illumina/Solexa | 第12-13页 |
| 1.2.2. Roche/454 FLX | 第13-14页 |
| 1.2.3 二代测序技术在动物基因组研究中的应用 | 第14页 |
| 1.3 马属基因组研究进展 | 第14-19页 |
| 1.3.1 马属动物简介 | 第14-16页 |
| 1.3.2 马属基因组进展 | 第16-18页 |
| 1.3.3 马属动物染色体快速进化的研究 | 第18-19页 |
| 1.4 本研究的方法、目的、意义 | 第19-22页 |
| 1.4.1 本研究的方案、方法概述 | 第19-20页 |
| 1.4.2 本研究的目的和意义 | 第20-22页 |
| 2 基因组测序 | 第22-28页 |
| 2.1 蒙古马基因组测序 | 第22-23页 |
| 2.1.1 样本选择和测序方案 | 第22页 |
| 2.1.2 基因组测序 | 第22-23页 |
| 2.2 普氏野马基因组测序 | 第23-24页 |
| 2.2.1 样本选择和测序方案 | 第23页 |
| 2.2.2 基因组测序 | 第23-24页 |
| 2.3 家驴基因组测序 | 第24-27页 |
| 2.3.1 样本选择和测序方案 | 第24-25页 |
| 2.3.2 基因组测序 | 第25-26页 |
| 2.3.3 转录组测序 | 第26页 |
| 2.3.4 小RNA测序 | 第26-27页 |
| 2.4 亚洲野驴基因组测序 | 第27-28页 |
| 2.4.1 样本选择和测序方案 | 第27页 |
| 2.4.2 基因组测序 | 第27-28页 |
| 3 基因组组装和注释 | 第28-40页 |
| 3.1 蒙古马基因组 | 第28-29页 |
| 3.2 普氏野马基因组 | 第29-30页 |
| 3.3 家驴基因组 | 第30-36页 |
| 3.4 亚洲野驴基因组 | 第36页 |
| 3.5 马Y染色体序列 | 第36-40页 |
| 4 进化基因组学分析 | 第40-55页 |
| 4.1 杂合度和种群历史 | 第40-45页 |
| 4.1.1 杂合度 | 第40-41页 |
| 4.1.2 野马的遗传瓶颈 | 第41-45页 |
| 4.1.3 种群历史 | 第45页 |
| 4.2 系统发育重建 | 第45-46页 |
| 4.3 基因家族的扩张和收缩 | 第46-48页 |
| 4.4 快速进化的基因 | 第48-55页 |
| 5 染色体结构变异分析和快速进化的研究 | 第55-77页 |
| 5.1 全基因组同线性 | 第55-57页 |
| 5.2 罗伯逊易位的染色体 | 第57-59页 |
| 5.3 重排和重复序列 | 第59-63页 |
| 5.4 着丝粒重定位 | 第63-69页 |
| 5.5 表观的调控 | 第69-77页 |
| 6 结论 | 第77-78页 |
| 7 本研究的创新点和需要进一步研究的问题 | 第78-79页 |
| 7.1 本研究的创新点 | 第78页 |
| 7.2 需要进一步研究的问题 | 第78-79页 |
| 致谢 | 第79-80页 |
| 参考文献 | 第80-86页 |
| 作者简介 | 第86-87页 |
