| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-14页 |
| 1.1 研究背景和意义 | 第9-10页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第10-11页 |
| 1.3 本文主要研究内容 | 第11-12页 |
| 1.4 本文的结构安排 | 第12-14页 |
| 第二章 识别关键蛋白质的相关研究 | 第14-25页 |
| 2.1 引言 | 第14页 |
| 2.2 PPI网络 | 第14页 |
| 2.3 基于PPI网络拓扑的图表示 | 第14-16页 |
| 2.4 识别关键蛋白质的计算方法 | 第16-20页 |
| 2.4.1 基于网络拓扑的中心性计算方法 | 第17-18页 |
| 2.4.2 基于网络拓扑的其他计算方法 | 第18-19页 |
| 2.4.3 基于融合生物信息的计算方法 | 第19-20页 |
| 2.5 相关数据库介绍 | 第20-24页 |
| 2.6 小结 | 第24-25页 |
| 第三章 基于改进的PageRank算法识别关键蛋白质 | 第25-34页 |
| 3.1 引言 | 第25页 |
| 3.2 方法 | 第25-30页 |
| 3.2.1 问题定义 | 第26-30页 |
| 3.2.1.1 蛋白质相互作用可信度 | 第26-27页 |
| 3.2.1.2 GO语义相似度 | 第27页 |
| 3.2.1.3 顶点邻域相似度 | 第27-28页 |
| 3.2.1.4 顶点重要性 | 第28-30页 |
| 3.3 实验结果和分析 | 第30-33页 |
| 3.3.1 实验环境 | 第30页 |
| 3.3.2 标准数据集的选取 | 第30页 |
| 3.3.2.1 基因本体数据集 | 第30页 |
| 3.3.2.2 PPI数据集 | 第30页 |
| 3.3.2.3 关键蛋白质数据集 | 第30页 |
| 3.3.3 实验结果与分析 | 第30-33页 |
| 3.3.3.1 前x%关键蛋白质识别准确率比较 | 第31-32页 |
| 3.3.3.2 统计指标分析 | 第32-33页 |
| 3.4 小结 | 第33-34页 |
| 第四章 基于改进的PSO算法识别关键蛋白质 | 第34-47页 |
| 4.1 引言 | 第34页 |
| 4.2 方法 | 第34-40页 |
| 4.2.1 构造适应度函数 | 第34-35页 |
| 4.2.2 EPPSO算法 | 第35-40页 |
| 4.2.3 时间复杂度分析 | 第40页 |
| 4.3 实验结果与分析 | 第40-45页 |
| 4.3.1 实验数据来源 | 第40页 |
| 4.3.2 结果分析 | 第40-45页 |
| 4.3.2.1 预留蛋白质中关键蛋白质的数量 | 第40-41页 |
| 4.3.2.2 前X%关键蛋白质预测准确率比较 | 第41-42页 |
| 4.3.2.3 统计指标分析 | 第42-43页 |
| 4.3.2.4 关键蛋白质识别的差异性分析 | 第43-45页 |
| 4.4 小结 | 第45-47页 |
| 第五章 基于WEB的关键蛋白质识别系统 | 第47-57页 |
| 5.1 引言 | 第47页 |
| 5.2 相关技术介绍 | 第47-48页 |
| 5.3 EPP系统简介 | 第48-49页 |
| 5.4 系统的设计与实现 | 第49-55页 |
| 5.4.1 首页模块 | 第50-52页 |
| 5.4.2 识别方法模块 | 第52页 |
| 5.4.3 网络展示模块 | 第52-53页 |
| 5.4.4 数据管理模块 | 第53-55页 |
| 5.4.5 算法比较模块 | 第55页 |
| 5.5 小结 | 第55-57页 |
| 第六章 总结与展望 | 第57-59页 |
| 参考文献 | 第59-65页 |
| 致谢 | 第65-67页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文与参与的研究工作 | 第67-69页 |