| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5页 |
| 引言 | 第10-11页 |
| 第1章 综述 | 第11-15页 |
| 1.1 被子植物全基因组加倍 | 第11-12页 |
| 1.2 蔷薇科植物基因组结构进化 | 第12-13页 |
| 1.3 比较基因组学研究 | 第13-14页 |
| 1.4 应用前景 | 第14-15页 |
| 第2章 蔷薇科植物基因组共线性分析 | 第15-26页 |
| 2.1 数据材料 | 第15页 |
| 2.2 研究方法 | 第15-17页 |
| 2.2.1 数据下载与处理 | 第15-16页 |
| 2.2.2 基因组内与组间同源比对 | 第16页 |
| 2.2.3 绘制同源基因点阵图 | 第16-17页 |
| 2.3 结果与分析 | 第17-25页 |
| 2.3.1 基因组内的同源比对与结构解析 | 第17-19页 |
| 2.3.2 基因组间的同源比对与结构解析 | 第19-24页 |
| 2.3.3 蔷薇科植物基因组的多倍化 | 第24-25页 |
| 2.4 小结 | 第25-26页 |
| 第3章 蔷薇科植物多基因组比对 | 第26-37页 |
| 3.1 数据材料与研究方法 | 第26页 |
| 3.2 研究方法 | 第26-30页 |
| 3.2.1 基因组内与基因组间的同源片段搜索 | 第26页 |
| 3.2.2 直系基因中区分种外旁系 | 第26-29页 |
| 3.2.3 构建多基因联合比对的共线性列表与数据统计 | 第29-30页 |
| 3.3 结果与分析 | 第30-36页 |
| 3.3.1 蔷薇科植物基因组间同源片段的统计 | 第30-31页 |
| 3.3.2 蔷薇科植物多基因组联合比对图谱 | 第31-34页 |
| 3.3.3 多物种共线性数据信息分类统计 | 第34-36页 |
| 3.4 小结 | 第36-37页 |
| 第4章 蔷薇科多倍化后基因组结构进化规律研究 | 第37-51页 |
| 4.1 数据材料 | 第37页 |
| 4.2 研究方法 | 第37-38页 |
| 4.2.1 物种进化事件的时间推断 | 第37-38页 |
| 4.2.2 基因保留丢失统计 | 第38页 |
| 4.2.3 进化事件节点祖先基因组含量估算 | 第38页 |
| 4.2.4 蔷薇科祖先染色体多倍化后重组过程推断 | 第38页 |
| 4.3 结果与分析 | 第38-50页 |
| 4.3.1 蔷薇科植物进化事件时间推测 | 第38-40页 |
| 4.3.2 基因丢失与保留的统计分析 | 第40-46页 |
| 4.3.3 祖先基因组含量推断 | 第46-48页 |
| 4.3.4 苹果祖先多倍化后重组过程推断 | 第48-50页 |
| 4.4 小结 | 第50-51页 |
| 第5章 蔷薇科植物核型进化与基因家族进化关联分析 | 第51-56页 |
| 5.1 数据材料 | 第51页 |
| 5.2 研究方法 | 第51-52页 |
| 5.2.1 蔷薇科植物染色体构成 | 第51页 |
| 5.2.2 蔷薇科植物NBS基因家族系统发育树分析 | 第51-52页 |
| 5.3 结果与分析 | 第52-55页 |
| 5.3.1 蔷薇科植物基因组核型构成 | 第52-54页 |
| 5.3.2 蔷薇科植物抗病基因家族与多倍化关联分析 | 第54-55页 |
| 5.4 小结 | 第55-56页 |
| 结论 | 第56-57页 |
| 参考文献 | 第57-62页 |
| 附录A 蔷薇科植物基因组间同源片段的统计 | 第62-63页 |
| 附录B 蔷薇科基因组的丢失或基因置换率（以葡萄为参考基因组） | 第63-64页 |
| 致谢 | 第64-65页 |
| 导师简介 | 第65-66页 |
| 作者简介 | 第66-67页 |
| 学位论文数据集 | 第67页 |
