| 摘要 | 第6-9页 |
| ABSTRACT | 第9-12页 |
| 前言 | 第17-18页 |
| 第一章 文献综述 | 第18-35页 |
| 1.1 肉牛生长与牛肉品质评定 | 第18-19页 |
| 1.2 肌肉的形成和发育 | 第19-22页 |
| 1.2.1 肌肉生长发育的生物学规律 | 第19-20页 |
| 1.2.2 肌肉生长发育的功能基因及其调控机理 | 第20-22页 |
| 1.3 脂肪组织的形成和发育 | 第22-25页 |
| 1.3.1 脂肪细胞分化的生物学规律 | 第22-23页 |
| 1.3.2 脂肪细胞分化的功能基因及其调控机理 | 第23-25页 |
| 1.4 肉牛肌肉与脂肪发育及其代谢调控 | 第25-27页 |
| 1.4.1 胎牛肌肉发育与营养 | 第25页 |
| 1.4.2 胎牛肌内脂肪的发育 | 第25-26页 |
| 1.4.3 Wnt/β-catenin信号通路与肌分化 | 第26-27页 |
| 1.5 miRNA的研究进展 | 第27-32页 |
| 1.5.1 miRNA的形成及作用机制 | 第27-29页 |
| 1.5.2 miRNAs靶基因预测及鉴定 | 第29-30页 |
| 1.5.3 miRNA在肌肉发育过程中的作用 | 第30-31页 |
| 1.5.4 miRNA调控脂肪细胞分化 | 第31-32页 |
| 1.6 牛miRNAs的研究现状 | 第32-33页 |
| 1.7 miRNA测序 | 第33页 |
| 1.8 本研究的目的和意义 | 第33-35页 |
| 第二章 不同发育时期秦川牛肌肉组织小RNA测序及miRNAs鉴定 | 第35-49页 |
| 2.1 材料和方法 | 第35-39页 |
| 2.1.1 实验动物及组织样品采集 | 第35页 |
| 2.1.2 总RNA的提取 | 第35-36页 |
| 2.1.3 小RNA测序文库构建 | 第36页 |
| 2.1.4 测序结果初步处理 | 第36-39页 |
| 2.2 结果与分析 | 第39-43页 |
| 2.2.1 总RNA提取及质量检测 | 第39页 |
| 2.2.2 序列质量处理及长度分布 | 第39-40页 |
| 2.2.3 基因组比对及分类注释 | 第40-42页 |
| 2.2.4 已知miRNA鉴定 | 第42-43页 |
| 2.2.5 新的miRNA预测 | 第43页 |
| 2.3 小结 | 第43-49页 |
| 第三章 秦川牛背部脂肪组织小RNA测序及miRNAs鉴定 | 第49-58页 |
| 3.1 材料和方法 | 第50页 |
| 3.1.1 实验动物及组织样品采集 | 第50页 |
| 3.1.2 总RNA的提取 | 第50页 |
| 3.1.3 小RNA测序文库构建 | 第50页 |
| 3.1.4 测序结果初步处理 | 第50页 |
| 3.2 结果与分析 | 第50-54页 |
| 3.2.1 总RNA提取及质量检测 | 第50页 |
| 3.2.2 序列质量处理及长度分布 | 第50-51页 |
| 3.2.3 两文库中小RNA共有和特有序列分析 | 第51-52页 |
| 3.2.4 基因组比对及分类注释 | 第52-53页 |
| 3.2.5 已知miRNAs鉴定与新miRNAs预测 | 第53-54页 |
| 3.3 小结 | 第54-58页 |
| 第四章 miRNA表达谱特征分析 | 第58-69页 |
| 4.1 数据来源 | 第58页 |
| 4.2 分析方法 | 第58-59页 |
| 4.2.1 miRNA成熟体碱基偏向性研究 | 第58页 |
| 4.2.2 miRNAs变异体（isomiRs）分析 | 第58页 |
| 4.2.3 miRNAs碱基编辑 | 第58-59页 |
| 4.2.4 组织特异性miRNA表达 | 第59页 |
| 4.2.5 miRNAs共表达分析 | 第59页 |
| 4.3 结果与分析 | 第59-66页 |
| 4.3.1 碱基偏向性 | 第59-61页 |
| 4.3.2 miRNA isomiRs | 第61-62页 |
| 4.3.3 miRNA的SNP分析 | 第62-63页 |
| 4.3.4 组织特异性miRNAs鉴定 | 第63-65页 |
| 4.3.5 miRNA共表达分析 | 第65-66页 |
| 4.4 小结 | 第66-69页 |
| 第五章 秦川牛肌肉组织生长发育相关miRNAs鉴定及功能预测 | 第69-85页 |
| 5.1 材料和方法 | 第69-73页 |
| 5.1.1 试验动物及组织样品的采集 | 第69页 |
| 5.1.2 总RNA提取及质量检测 | 第69页 |
| 5.1.3 cDNA合成及质量检测 | 第69-70页 |
| 5.1.4 筛选秦川牛肌肉组织时序特异性miRNAs | 第70页 |
| 5.1.5 miRNA的stem-loop RT-qPCR分析 | 第70-72页 |
| 5.1.6 出生前后肌肉组织显著差异表达miRNA靶基因预测 | 第72页 |
| 5.1.7 靶基因功能注释 | 第72-73页 |
| 5.2 结果与分析 | 第73-83页 |
| 5.2.1 总RNA提取及cDNA合成 | 第73页 |
| 5.2.2 秦川牛肌肉组织时序特异性miRNAs鉴定 | 第73-75页 |
| 5.2.3 miRNA组织表达谱分析 | 第75-80页 |
| 5.2.4 靶基因预测分析 | 第80页 |
| 5.2.5 已知差异表达miRNA靶基因GO和Pathway注释分析 | 第80-83页 |
| 5.3 小结 | 第83-85页 |
| 第六章 秦川牛背部脂肪组织时序特异性miRNAs鉴定及功能预测 | 第85-95页 |
| 6.1 材料与方法 | 第85-87页 |
| 6.1.1 试验动物及组织样品的采集 | 第85页 |
| 6.1.2 总RNA提取及质量检测 | 第85页 |
| 6.1.3 cDNA合成及质量检测 | 第85页 |
| 6.1.4 筛选胎牛期和成年期秦川牛背部脂肪组织差异表达miRNA | 第85-86页 |
| 6.1.5 miRNA的stem-loop RT-qPCR分析 | 第86-87页 |
| 6.1.6 靶基因预测及功能注释 | 第87页 |
| 6.2 结果与分析 | 第87-92页 |
| 6.2.1 秦川牛脂肪组织时序特异性miRNAs鉴定 | 第87-89页 |
| 6.2.2 miRNA组织表达谱分析 | 第89-90页 |
| 6.2.3 靶基因预测及注释分析 | 第90-92页 |
| 6.3 小结 | 第92-95页 |
| 第七章 秦川牛肌肉发育相关miRNA-10020靶基因鉴定及功能研究 | 第95-119页 |
| 7.1 材料与方法 | 第95-101页 |
| 7.1.1 试验动物及组织样品的采集 | 第95页 |
| 7.1.2 总RNA提取及cDNA合成 | 第95页 |
| 7.1.3 靶基因预测及功能注释 | 第95页 |
| 7.1.4 肌肉生长发育相关的靶基因组织表达谱分析 | 第95页 |
| 7.1.5 双荧光素酶报告基因重组载体的构建 | 第95-99页 |
| 7.1.6 双荧光素酶活性检测 | 第99-100页 |
| 7.1.7 构建pDsRed1-N1- ANGPT1重组载体 | 第100页 |
| 7.1.8 miR-10020 mimics干扰ANGPT1表达 | 第100-101页 |
| 7.1.9 过表达或敲低miR-10020对肌细胞增殖分化的影响 | 第101页 |
| 7.2 结果与分析 | 第101-117页 |
| 7.2.1 miRNA-10020靶基因预测及功能注释 | 第101-102页 |
| 7.2.2 肌肉生长发育相关的靶基因组织表达谱分析 | 第102-103页 |
| 7.2.3 psiCHECK-2 重组载体构建及鉴定 | 第103-110页 |
| 7.2.4 荧光素酶验证 | 第110-113页 |
| 7.2.5 miRNA-10020阻止ANGPT1转录本翻译 | 第113-115页 |
| 7.2.6 过表达或敲低miR-10020对牛卫星细胞增殖分化影响 | 第115-117页 |
| 7.3 小结 | 第117-119页 |
| 第八章 讨论 | 第119-126页 |
| 8.1 实验动物及样品采集 | 第119-120页 |
| 8.2 miRNAs鉴定与组织表达谱分析 | 第120-122页 |
| 8.3 新miRNA预测 | 第122-123页 |
| 8.4 组织时序特异性miRNAs鉴定与功能研究 | 第123-125页 |
| 8.5 miRNA-10020功能研究 | 第125-126页 |
| 第九章结论与创新点 | 第126-128页 |
| 9.1 结论 | 第126-127页 |
| 9.2 创新点 | 第127页 |
| 9.3 进一步的研究内容 | 第127-128页 |
| 参考文献 | 第128-142页 |
| 附录 | 第142-146页 |
| 致谢 | 第146-147页 |
| 作者简介 | 第147-148页 |
