| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-12页 |
| 上篇 文献综述 | 第13-52页 |
| 第一章 水稻细菌性条斑病菌致病机理及其相关毒性因子 | 第14-28页 |
| 1 水稻细菌性条斑病菌的发现、生物学性状、分布及危害 | 第15-17页 |
| 1.1 水稻细菌性条斑病菌的发现 | 第15页 |
| 1.2 水稻细菌性条斑病菌的生物学性状 | 第15-16页 |
| 1.3 水稻细菌性条斑病的分布和危害 | 第16-17页 |
| 2 水稻细菌性条斑病菌的致病机理以及相关毒性因子 | 第17-23页 |
| 2.1 水稻细菌性条斑病菌的致病机理 | 第17页 |
| 2.2 水稻细菌性条斑病菌的毒性因子 | 第17-21页 |
| 2.2.1 胞外多糖和脂多糖 | 第17-18页 |
| 2.2.2 黏附因子 | 第18页 |
| 2.2.3 胞外酶类 | 第18-19页 |
| 2.2.4 毒素 | 第19-20页 |
| 2.2.5 激素 | 第20页 |
| 2.2.6 效应蛋白 | 第20-21页 |
| 2.3 水稻细菌性条斑病菌的毒性因子泌出途径 | 第21-23页 |
| 3 黄单胞属基因组研究概述 | 第23-27页 |
| 3.1 黄单胞菌属基因组特征 | 第24-25页 |
| 3.2 功能基因组学研究进展 | 第25-26页 |
| 3.3 进化趋势 | 第26-27页 |
| 4 前景与展望 | 第27-28页 |
| 第二章 植物病原细菌的信号转导 | 第28-52页 |
| 1 细菌群体感应 | 第28-35页 |
| 1.1 细菌的群体感应及主要类型 | 第28页 |
| 1.2 AHLs介导的群体感应系统 | 第28-30页 |
| 1.3 DSF介导的群体感应系统 | 第30-33页 |
| 1.4 小分子肽类Ax21介导的群体感应系统 | 第33-34页 |
| 1.5 其他信号分子介导的群体感应系统 | 第34-35页 |
| 2 双组份信号转导系统 | 第35-43页 |
| 2.1 双组份系统结构特征及作用机制 | 第35-37页 |
| 2.2 黄单胞属菌基因组中双组份系统概况 | 第37-38页 |
| 2.3 黄单胞属菌中主要的双组份系统 | 第38-43页 |
| 2.3.1 RpfC/RpfG | 第38-39页 |
| 2.3.2 RavS/RavR | 第39-41页 |
| 2.3.3 HrpG | 第41页 |
| 2.3.4 VgrS/VgrR及VemR | 第41-42页 |
| 2.3.5 RaxH/RaxR及PhoQ/PhoP | 第42-43页 |
| 3 cyclic di-GMP信号传导机制 | 第43-49页 |
| 3.1 cyclic di-GMP的合成与降解 | 第44-45页 |
| 3.2 cyclic di-GMP介导信号传导 | 第45-47页 |
| 3.2.1 信号输入到c-di-GMP调控网络 | 第45-46页 |
| 3.2.2 c-di-GMP通过结合效应因子输出信号 | 第46-47页 |
| 3.3 cyclic di-GMP调控多种生物学功能 | 第47-48页 |
| 3.4 细胞不同时期内cyclic di-GMP水平 | 第48-49页 |
| 4 前景与展望 | 第49-52页 |
| 下篇 研究内容 | 第52-118页 |
| 第一章 转录组数据揭示水稻细菌性条斑病菌中毒性相关基因hshB新功能 | 第54-88页 |
| 1 引言 | 第54-55页 |
| 2 材料与方法 | 第55-70页 |
| 2.1 实验所用菌株、质粒及引物 | 第55-57页 |
| 2.2 培养基、试剂及培养条件 | 第57-59页 |
| 2.2.1 培养基 | 第57-58页 |
| 2.2.2 抗生素、酶及试剂盒 | 第58-59页 |
| 2.2.3 培养条件 | 第59页 |
| 2.3 实验方法 | 第59-70页 |
| 2.3.1 细菌基因组的提取 | 第59-60页 |
| 2.3.2 PCR操作体系 | 第60-61页 |
| 2.3.3 DNA凝胶电泳及DNA片段的胶回收 | 第61-62页 |
| 2.3.4 DNA的酶切、回收及连接 | 第62-63页 |
| 2.3.5 小量质粒的提取 | 第63-64页 |
| 2.3.6 重组质粒的转化 | 第64-65页 |
| 2.3.7 Xoc电转化感受态的制备及电击转化 | 第65-66页 |
| 2.3.8 相对实时荧光定量PCR方法 | 第66-68页 |
| 2.3.9 缺失突变体的构建 | 第68-69页 |
| 2.3.10 致病性测定 | 第69-70页 |
| 2.3.11 运动能力测定 | 第70页 |
| 3 结果与分析 | 第70-84页 |
| 3.1 hshB基因的生物信息学分析 | 第70-72页 |
| 3.2 △hshB运动能力测定 | 第72-74页 |
| 3.3 电镜下观察△hshB鞭毛 | 第74-76页 |
| 3.4 转录组测序分析揭示hshB调控的基因 | 第76-77页 |
| 3.5 转录组数据的验证 | 第77-79页 |
| 3.6 hshB基因与信号分子的关系 | 第79-80页 |
| 3.7 hshB对flhF基因调控的初步分析 | 第80-82页 |
| 3.8 △hshB生物膜形成能力测定 | 第82-83页 |
| 3.9 hshB基因与c-di-GMP受体YajQ的关系 | 第83-84页 |
| 4 讨论 | 第84-88页 |
| 第二章 水稻细菌性条斑病菌中hshB所在nodB-rghB基因簇中致病相关基因的鉴定与功能分析 | 第88-118页 |
| 1 引言 | 第89页 |
| 2 材料与方法 | 第89-100页 |
| 2.1 实验所用菌株、质粒及引物 | 第89-92页 |
| 2.2 培养基、试剂及培养条件 | 第92页 |
| 2.2.1 培养基 | 第92页 |
| 2.2.2 抗生素、酶及试剂盒 | 第92页 |
| 2.2.3 培养条件 | 第92页 |
| 2.3 实验方法 | 第92-100页 |
| 2.3.1 细菌基因组的提取 | 第92页 |
| 2.3.2 PCR操作体系 | 第92页 |
| 2.3.3 DNA凝胶电泳及DNA片段的胶回收 | 第92页 |
| 2.3.4 DNA的酶切、回收及连接 | 第92-93页 |
| 2.3.5 小量质粒的提取 | 第93页 |
| 2.3.6 重组质粒的转化 | 第93页 |
| 2.3.7 Xoc电转化感受态的制备及电击转化 | 第93页 |
| 2.3.8 Southern杂交 | 第93-97页 |
| 2.3.9 DSF信号分子的提取及检测 | 第97-98页 |
| 2.3.10 相对实时荧光定量PCR方法 | 第98页 |
| 2.3.11 缺失突变体的构建 | 第98页 |
| 2.3.12 致病性及定殖能力测定 | 第98-99页 |
| 2.3.13 附生定殖能力的测定 | 第99页 |
| 2.3.14 生长曲线的测定 | 第99-100页 |
| 2.3.15 蛋白酶分泌能力测定 | 第100页 |
| 2.3.16 过氧化氢耐受能力测定 | 第100页 |
| 2.3.17 胞外多糖产生能力测定 | 第100页 |
| 3 结果与分析 | 第100-116页 |
| 3.1 nodB-rhgB基因簇在部分黄单胞属细菌及相关菌中同源基因分析 | 第100-103页 |
| 3.2 Southern杂交验证Xoc中hshA、hshC及hshD基因特异性 | 第103-104页 |
| 3.3 DSF调控hshA、hshC基因的转录 | 第104-106页 |
| 3.4 hshC与hshD基因双交换载体及缺失突变体的构建 | 第106-107页 |
| 3.5 hshA与hshC基因突变在低浓度接种病菌时削弱Xoc水稻上的致病及定殖能力 | 第107-111页 |
| 3.6 hshA与hshC基因突变不影响Xoc的生长能力 | 第111-112页 |
| 3.7 hshA与hshC基因突变削弱Xoc在水稻上的附生定殖能力 | 第112-113页 |
| 3.8 hshA、hshC及hshD基因突变不影响Xoc的胞外蛋白酶产生 | 第113-114页 |
| 3.9 hshA、hshC及hshD基因突变不影响Xoc抗氧化压力能力 | 第114-115页 |
| 3.10 hshA、hshC及hshD基因突变不影响Xoc胞外多糖产生 | 第115-116页 |
| 4 讨论 | 第116-118页 |
| 全文总结 | 第118-120页 |
| 本论文的创新点 | 第120-122页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 | 第122-124页 |
| 参考文献 | 第124-144页 |
| 致谢 | 第144页 |
