| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 缩略词索引 | 第8-9页 |
| 1 前言 | 第9-21页 |
| ·模式植物拟南芥（Arabidopsis thaliana） | 第9-10页 |
| ·拟南芥开花机理研究 | 第10-15页 |
| ·光周期途径（Photoperiod Pathway） | 第11-13页 |
| ·春化作用途径（Vernalization Pathway） | 第13-14页 |
| ·赤霉素途径（Gibberellin Pathway） | 第14页 |
| ·自主途径（Autonomous Pathway） | 第14-15页 |
| ·开花机制与分子标记技术及基因组学 | 第15-18页 |
| ·第一代分子标记 | 第15-16页 |
| ·第二代分子标记 | 第16页 |
| ·第三代分子标记 | 第16-17页 |
| ·基因组学 | 第17-18页 |
| ·拟南芥调控开花机制研究新探索 | 第18-20页 |
| ·基因调控网络 | 第18-19页 |
| ·关联分析 | 第19-20页 |
| ·研究目的与意义 | 第20-21页 |
| 2 材料和方法 | 第21-31页 |
| ·主要硬件及软件 | 第21页 |
| ·工具和数据库 | 第21-22页 |
| ·数据来源 | 第22-23页 |
| ·基因组测序数据来源 | 第22-23页 |
| ·表型数据来源 | 第23页 |
| ·拟南芥基因组数据 | 第23页 |
| ·数据处理与分析 | 第23-31页 |
| ·Calling SNP | 第23-24页 |
| ·筛选SNP | 第24页 |
| ·划分单倍型域 | 第24-27页 |
| ·Hi-C数据分析并筛选互作位点 | 第27页 |
| ·Phe WAS数据分析 | 第27-29页 |
| ·组合位点组合效应分析 | 第29-31页 |
| 3 结果与分析 | 第31-64页 |
| ·单倍域的划分 | 第31-32页 |
| ·利用Hi-C过滤组合位点 | 第32页 |
| ·全表型组关联分析 | 第32-51页 |
| ·基于单个bin的全表型组关联分析 | 第32-37页 |
| ·基于组合bin的全表型组关联分析 | 第37-51页 |
| ·组合效应分析 | 第51-64页 |
| ·组合位点的组合效应分析 | 第51-53页 |
| ·组合位点代谢通路的分析 | 第53-64页 |
| 4 结论 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-76页 |
| 致谢 | 第76页 |
