| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 1 前言 | 第11-24页 |
| ·海洋石油污染及其生物修复 | 第11-14页 |
| ·石油简介 | 第11-12页 |
| ·海洋石油污染 | 第12-13页 |
| ·海洋石油污染的处理 | 第13-14页 |
| ·微生物分子生态学的研究方法 | 第14-19页 |
| ·基于纯培养技术的微生物分子生态学研究 | 第14-15页 |
| ·基于PCR技术的微生物分子生态学研究 | 第15-16页 |
| ·基于核酸探针杂交技术的微生物分子生态学研究 | 第16-17页 |
| ·基于生物标志物检测方法的微生物分子生态学研究 | 第17页 |
| ·微生物分子生态学研究的新进展 | 第17-19页 |
| ·海洋中细菌降解石油污染的研究进展 | 第19-23页 |
| ·降解石油的细菌种类 | 第19-21页 |
| ·细菌降解石油的作用机制 | 第21-22页 |
| ·烷烃羟化酶研究的进展 | 第22-23页 |
| ·本试验的研究目的和意义 | 第23-24页 |
| 2 材料与方法 | 第24-37页 |
| ·材料 | 第24-27页 |
| ·样品来源 | 第24-25页 |
| ·药品和试剂 | 第25页 |
| ·分子生物学试剂和试剂盒 | 第25-26页 |
| ·主要仪器 | 第26页 |
| ·常用培养基和溶液 | 第26页 |
| ·引物 | 第26-27页 |
| ·分析软件 | 第27页 |
| ·试验方法 | 第27-28页 |
| ·石油降解菌群和单菌基因组DNA的提取 | 第27页 |
| ·PCR反应 | 第27-28页 |
| ·DNA片段的回收 | 第28页 |
| ·PCR产物的纯化 | 第28页 |
| ·感受态细胞E. coli DH5α的制备 | 第28页 |
| ·DNA的连接、转化和克隆子的检测 | 第28页 |
| ·石油降解率的测定方法 | 第28页 |
| ·印度洋表层海水可培养石油降解菌的多样性分析 | 第28-30页 |
| ·石油降解菌群的富集 | 第28-29页 |
| ·石油降解菌的分离鉴定 | 第29页 |
| ·单菌和菌群对石油降解能力的测定 | 第29页 |
| ·细菌16S rRNA基因的鉴定和系统发育分析 | 第29-30页 |
| ·酵母ITS区序列的分离和鉴定 | 第30页 |
| ·基于454焦磷酸测序技术的石油降解菌的多样性分析 | 第30-35页 |
| ·石油降解菌菌群16S rRNA基因的454焦磷酸测序 | 第30-31页 |
| ·454焦碟酸测序的原始数据分析 | 第31页 |
| ·454焦磷酸测序数据的基础分析 | 第31-34页 |
| ·454焦磷酸测序数据的高级分析 | 第34-35页 |
| ·石油降解菌群中烷烃羟化酶(AlkB)的多样性分析 | 第35-37页 |
| ·烷烃羟化酶alkB基因片段的扩增 | 第35页 |
| ·基于OPUs的烷烃羟化酶AlkB的多样性分析 | 第35-37页 |
| 3 结果与分析 | 第37-67页 |
| ·印度洋表层海水石油降解菌群可培养菌的分离鉴定和降解率的测定 | 第37-44页 |
| ·可培养细菌的分离鉴定和多样性分析 | 第37-42页 |
| ·可培养酵母的分离鉴定和多样性分析 | 第42页 |
| ·单菌和菌群的降解率测定 | 第42-44页 |
| ·454焦磷酸测序对印度洋表层海水石油降解菌群多样性分析 | 第44-60页 |
| ·OTU的聚类分析 | 第44-48页 |
| ·石油降解菌群的α和β多样性分析 | 第48-50页 |
| ·石油降解菌群的454焦磷酸测序的稀释曲线 | 第50-51页 |
| ·12个石油降解菌群的比较分析 | 第51-55页 |
| ·12个石油降解菌群相似度树状图和Heatmap图 | 第55-59页 |
| ·12个石油降解菌群主成分分析 | 第59-60页 |
| ·印度洋表层海水石油降解菌群中烷烃羟化酶alkB基因的多样性分析 | 第60-67页 |
| ·烷烃羟化酶AlkB的α多样性分析 | 第60-61页 |
| ·烷烃羟化酶AlkB的稀释曲线 | 第61-62页 |
| ·12个石油降解菌群烷烃羟化酶AlkB代表OPU分类 | 第62页 |
| ·12个石油降解菌群烷烃羟化酶AlkB代表OPU分布 | 第62-63页 |
| ·12个石油降解菌群烷烃羟化酶AlkB的系统发育分析 | 第63-65页 |
| ·11个OPU代表序列烷烃羟化酶AlkB氨基酸的保守区域分析 | 第65-67页 |
| 4 讨论 | 第67-75页 |
| ·可培养石油降解菌的多样性特征 | 第67-68页 |
| ·基于454焦磷酸高通量测序的石油降解菌多样性分析 | 第68-69页 |
| ·单菌和菌群的降解试验 | 第69-71页 |
| ·石油降解酵母菌 | 第71-72页 |
| ·烷烃羟化酶的多样性分析 | 第72-75页 |
| 5 小结与展望 | 第75-76页 |
| 参考文献 | 第76-85页 |
| 附录 | 第85-86页 |
| 致谢 | 第86页 |
