| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-16页 |
| 第1章 绪论 | 第16-43页 |
| ·课题研究的背景 | 第16-22页 |
| ·人类基因组计划与后基因组时代概述 | 第16-17页 |
| ·生物信息学、蛋白质组学与系统生物学概述 | 第17-18页 |
| ·蛋白质相互作用及其网络概述 | 第18-22页 |
| ·课题研究的目的和意义 | 第22-24页 |
| ·研究现状 | 第24-39页 |
| ·Pairwise 核方法研究现状 | 第24-26页 |
| ·蛋白质相互作用数据集构建方法研究现状 | 第26-28页 |
| ·大豆蛋白质相互作用预测研究现状 | 第28-39页 |
| ·本文的研究内容 | 第39-41页 |
| ·研究内容概述 | 第39-41页 |
| ·本文的主要创新点 | 第41页 |
| ·本文的内容安排 | 第41-43页 |
| 第2章 背景知识与方法 | 第43-53页 |
| ·引言 | 第43页 |
| ·核方法基本理论 | 第43-47页 |
| ·支持向量机的分割边际最大化 | 第43-45页 |
| ·核函数、核矩阵及其正定性 | 第45-46页 |
| ·Pairwise 核与传统核的区别与联系 | 第46-47页 |
| ·蛋白质相互作用数据集的分布规律 | 第47-50页 |
| ·蛋白质相互作用正反例集网络结构分析 | 第47-49页 |
| ·反例集的分布及其对预测性能的影响 | 第49-50页 |
| ·蛋白质相互作用预测模型泛化能力的评估 | 第50-51页 |
| ·针对整个预测数据集的评估 | 第50页 |
| ·针对单个蛋白质的评估 | 第50-51页 |
| ·本章小结 | 第51-53页 |
| 第3章 基于核方法的蛋白质相互作用预测偏置 | 第53-74页 |
| ·引言 | 第53-54页 |
| ·基于普通核的蛋白质相互作用预测的不一致性 | 第54-60页 |
| ·基于序列标签（signature）的样本特征构建方法 | 第54-55页 |
| ·正、反例数据集的构建 | 第55-56页 |
| ·预测性能评价指标及相关算法 | 第56-58页 |
| ·实验结果与分析 | 第58-60页 |
| ·Pairwise 核在蛋白质相互作用预测中的必要性 | 第60-71页 |
| ·Pairwise 核函数对称性分析 | 第60-61页 |
| ·Pairwise 核函数正定性分析 | 第61-62页 |
| ·新型pairwise 核函数及多核组合模型的提出 | 第62-64页 |
| ·样本特征取值规范化 | 第64-65页 |
| ·实验结果与分析 | 第65-71页 |
| ·基于对称特征的蛋白质相互作用预测 | 第71-72页 |
| ·域-域特征的对称性及构建方法 | 第71-72页 |
| ·实验结果与分析 | 第72页 |
| ·本章小结 | 第72-74页 |
| 第4章 基于反例集的蛋白质相互作用预测偏置 | 第74-100页 |
| ·引言 | 第74-75页 |
| ·简单序列特征及Pfam 序列特征构建及规范化 | 第75-78页 |
| ·简单序列特征构建方法 | 第75-76页 |
| ·蛋白质家族Pfam 的域特征构建方法 | 第76-77页 |
| ·特征取值规范化 | 第77-78页 |
| ·蛋白质相互作用正例集的构建 | 第78-84页 |
| ·蛋白质相互作用数据集的选取 | 第78-79页 |
| ·物理作用与遗传关联的区分 | 第79页 |
| ·蛋白质相互作用子网络选取 | 第79-84页 |
| ·蛋白质相互作用反例集的构建 | 第84-92页 |
| ·蛋白质相互作用传统反例集的构建 | 第84-85页 |
| ·蛋白质相互作用合理反例集的构建 | 第85-88页 |
| ·传统反例集与合理反例集网络结构分析 | 第88-90页 |
| ·蛋白质相互作用反例集可靠性分析 | 第90-92页 |
| ·预测偏置结果与分析 | 第92-99页 |
| ·Pairwise 核及预测性能评价指标 | 第92-93页 |
| ·简单序列特征的物理作用与遗传关联混合预测 | 第93-96页 |
| ·简单序列特征的物理作用预测分析 | 第96-98页 |
| ·Pfam 特征的预测偏置 | 第98-99页 |
| ·本章小结 | 第99-100页 |
| 第5章 大豆蛋白质相互作用推理及预测 | 第100-123页 |
| ·引言 | 第100-102页 |
| ·大豆蛋白质相互作用候选集的生成 | 第102-107页 |
| ·同源PPI 的定义及应用 | 第102页 |
| ·基于同源PPI 方法的大豆PPI 候选数据推理 | 第102-107页 |
| ·大豆蛋白质相互作用可信集的生成 | 第107-118页 |
| ·基于源物种的PPI 预测模型的建立 | 第107-110页 |
| ·基于跨物种训练/测试模式的目标物种PPI 预测 | 第110-115页 |
| ·大豆PPI 推理与预测方法的联系 | 第115-118页 |
| ·大豆蛋白质相互作用复合体及其功能 | 第118-122页 |
| ·大豆抗性基因/蛋白质 | 第118-119页 |
| ·大豆蛋白质复合体与抗性功能 | 第119-122页 |
| ·本章小结 | 第122-123页 |
| 结论 | 第123-125页 |
| 参考文献 | 第125-140页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 | 第140-142页 |
| 致谢 | 第142-143页 |
| 个人简历 | 第143页 |
