| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 第一章 绪论 | 第15-32页 |
| 1.1 植物细胞器基因组及其变异 | 第15-28页 |
| 1.1.1 植物细胞中的半自主性细胞器 | 第15页 |
| 1.1.2 叶绿体和线粒体的生理功能 | 第15-16页 |
| 1.1.3 叶绿体和线粒体的起源与进化过程 | 第16-21页 |
| 1.1.4 细胞器基因组的发现与研究现状 | 第21-23页 |
| 1.1.5 叶绿体基因组和线粒体基因组的结构特征与变异规律 | 第23-28页 |
| 1.2 基因组大数据的快速产生及其应用 | 第28-29页 |
| 1.3 基于细胞器基因组变异的环境生物学大数据分析展望 | 第29-32页 |
| 第二章 植物叶绿体基因组变异模式的解析及机制探讨 | 第32-83页 |
| 2.1 引言 | 第32页 |
| 2.2 研究背景 | 第32-36页 |
| 2.3 材料方法 | 第36-45页 |
| 2.3.1 材料采集 | 第36-38页 |
| 2.3.2 叶绿体DNA提取 | 第38页 |
| 2.3.3 叶绿体基因组测序 | 第38-39页 |
| 2.3.4 叶绿体基因组组装 | 第39-40页 |
| 2.3.5 叶绿体基因组注释 | 第40页 |
| 2.3.6 全基因组序列比对以及简单重复序列的检测 | 第40-41页 |
| 2.3.7 系统发育分析 | 第41-44页 |
| 2.3.8 叶绿体基因组序列变异检测 | 第44-45页 |
| 2.4 结果与讨论 | 第45-81页 |
| 2.4.1 青刺果叶绿体基因组的结构 | 第45-48页 |
| 2.4.2 蔷薇科植物叶绿体基因组反向重复区的扩张与收缩 | 第48-50页 |
| 2.4.3 蔷薇科植物叶绿体在基因组水平上的序列变异 | 第50-53页 |
| 2.4.4 蔷薇科植物叶绿体基因组的简单重复序列 | 第53-57页 |
| 2.4.5 基于叶绿体全基因组的系统发育分析 | 第57-61页 |
| 2.4.6 叶绿体分子标记的鉴定 | 第61-65页 |
| 2.4.7 叶绿体基因组内由GC含量驱动的序列变异 | 第65-80页 |
| 2.4.8 叶绿体基因组的变异模式的机制探讨 | 第80-81页 |
| 2.5 本章小结 | 第81-83页 |
| 第三章 植物线粒体基因组变异模式探讨 | 第83-98页 |
| 3.1 引言 | 第83页 |
| 3.2 研究背景 | 第83-85页 |
| 3.2.1 植物线粒体基因组中的水平基因转移 | 第83-84页 |
| 3.2.2 植物细胞核基因组研究概况 | 第84-85页 |
| 3.3 研究方法 | 第85-86页 |
| 3.3.1 基因组测序数据的选择和获取 | 第85页 |
| 3.3.2 水稻O.sativa ssp. aromatic线粒体基因组的拼接和注释 | 第85-86页 |
| 3.3.3 水稻O.sativa ssp. aromatic基因组大小估计、拼接和注释 | 第86页 |
| 3.4 研究结果 | 第86-96页 |
| 3.4.1 水稻O.sativa ssp.aromatic线粒体基因组基础信息 | 第86-89页 |
| 3.4.2 水稻O.sativa ssp.aromatic核基因组基础信息 | 第89-91页 |
| 3.4.3 水稻O.sativa ssp. aromatic线粒体与核基因组之间的水平基因转移 | 第91-92页 |
| 3.4.4 新的植物线粒体基因组功能和变异模型 | 第92-96页 |
| 3.5 本章小结 | 第96-98页 |
| 第四章 细胞器基因组完整解决方案 | 第98-136页 |
| 4.1 引言 | 第98-99页 |
| 4.2 研究背景 | 第99-102页 |
| 4.3 分析方法 | 第102-118页 |
| 4.4 结果与讨论 | 第118-135页 |
| 4.4.1 植物叶绿体全基因组组装结果 | 第118-128页 |
| 4.4.2 动植物全线粒体基因组组装结果 | 第128-135页 |
| 4.5 本章小结 | 第135-136页 |
| 第五章 古老琥拍中DNA提取尝试 | 第136-143页 |
| 5.1 前言 | 第136页 |
| 5.2 背景介绍 | 第136-139页 |
| 5.3 实验方法与材料 | 第139-140页 |
| 5.3.1 实验材料 | 第139-140页 |
| 5.3.2 DNA提取尝试 | 第140页 |
| 5.4 实验结果与讨论 | 第140-142页 |
| 5.4.1 琥珀中DNA提取尝试 | 第140页 |
| 5.4.2 提取方法改良与测序建议 | 第140-142页 |
| 5.5 本章小结 | 第142-143页 |
| 致谢 | 第143-144页 |
| 参考文献 | 第144-167页 |
| 博士期间发表论文目录 | 第167-168页 |
| 博士期间获得的奖励 | 第168页 |
