| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第1章 绪论 | 第16-28页 |
| 1.1 研究背景与意义 | 第16-18页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第18-25页 |
| 1.2.1 基于机器学习的方法 | 第18-21页 |
| 1.2.2 基于网络的预测方法 | 第21-25页 |
| 1.3 论文的主要工作 | 第25-26页 |
| 1.4 论文的组织结构 | 第26-28页 |
| 第2章 相关理论及数据资源介绍 | 第28-48页 |
| 2.1 miRNA的发现、作用机制及与疾病的关联 | 第28-32页 |
| 2.1.1 miRNA的发现 | 第28-29页 |
| 2.1.2 miRNA的产生及其作用机制 | 第29-30页 |
| 2.1.3 miRNA与疾病的关联 | 第30-32页 |
| 2.2 常用的数据库资源 | 第32-38页 |
| 2.2.1 疾病与miRNA关联数据资源 | 第32-35页 |
| 2.2.2 疾病相关数据资源 | 第35-36页 |
| 2.2.3 miRNA相互作用数据资源 | 第36-38页 |
| 2.2.4 其他数据库 | 第38页 |
| 2.3 疾病相似性网络的构建方法 | 第38-42页 |
| 2.4 miRNA相似性网络的构建方法 | 第42-45页 |
| 2.5 预测评价方法与指标 | 第45-47页 |
| 2.5.1 预测评价方法 | 第45-46页 |
| 2.5.2 预测评价指标 | 第46-47页 |
| 2.6 小结 | 第47-48页 |
| 第3章 基于共同邻居的异构二分网络链路预测方法推断疾病-miRNA关联 | 第48-81页 |
| 3.1 问题描述 | 第48-50页 |
| 3.2 基于共同邻居的异构二分网络链接预测算法的框架结构 | 第50-51页 |
| 3.3 数据集及与处理 | 第51-54页 |
| 3.3.1 疾病语义相似性数据 | 第51页 |
| 3.3.2 miRNA功能相似性数据 | 第51页 |
| 3.3.3 miRNA的家族信息数据 | 第51-52页 |
| 3.3.4 已知实验验证的miRNA和疾病的关联数据 | 第52-54页 |
| 3.4 相似性网络构建 | 第54-55页 |
| 3.4.1 miRNA相似性网络重构 | 第54-55页 |
| 3.4.2 疾病相似性网络重构 | 第55页 |
| 3.5 基于共同邻居的异构二分网络链接预测方法 | 第55-62页 |
| 3.5.1 基于共同邻居的的异构二分网络链接预测思路 | 第55-58页 |
| 3.5.2 局部结构相似性指标 | 第58-60页 |
| 3.5.3 基于相似性的二次得分计算 | 第60-61页 |
| 3.5.4 基于miRNA功能相似性和疾病功能相似性共同邻居的加权算法 | 第61-62页 |
| 3.6 实验结果及分析 | 第62-73页 |
| 3.6.1 模型的留一交叉验证算法描述 | 第62页 |
| 3.6.2 模型自身性能比较评估 | 第62-69页 |
| 3.6.3 相关方法比较 | 第69-71页 |
| 3.6.4 孤立疾病和新miRNA预测 | 第71-73页 |
| 3.7 实例研究 | 第73-79页 |
| 3.8 小结 | 第79-81页 |
| 第4章 基于双层网络随机游走的全局相似性疾病关联miRNA预测 | 第81-105页 |
| 4.1 问题描述 | 第81-82页 |
| 4.2 GSTRW的基本流程 | 第82-84页 |
| 4.3 数据集处理 | 第84-85页 |
| 4.4 miRNA相似性网络重构 | 第85页 |
| 4.5 基于拉普拉斯算子的全局相似性计算 | 第85-86页 |
| 4.6 疾病种子和miRNA种子优化 | 第86-87页 |
| 4.7 基于双层网络随机游走的全局相似性疾病-miRNA关联得分计算方法 | 第87-90页 |
| 4.7.1 GSTRW模型构建 | 第87-88页 |
| 4.7.2 算法描述 | 第88-90页 |
| 4.8 实验结果与分析 | 第90-103页 |
| 4.8.1 参数选择及性能评估 | 第90-94页 |
| 4.8.2 孤立疾病和新miRNA的关联信息预测 | 第94-95页 |
| 4.8.3 实例研究 | 第95-103页 |
| 4.9 小结 | 第103-105页 |
| 第5章 基于网络一致性的信息扩散疾病关联miRNA预测方法研究 | 第105-126页 |
| 5.1 问题描述 | 第105-106页 |
| 5.2 算法流程 | 第106-107页 |
| 5.3 数据预处理及相似性网络构建 | 第107-109页 |
| 5.3.1 数据预处理 | 第107页 |
| 5.3.2 相似性网络构建 | 第107-109页 |
| 5.4 疾病-miRNA关联网络重构 | 第109-110页 |
| 5.4.1 构建基于miRNA全局相似性信息的疾病-miRNA关联网络ASm | 第109页 |
| 5.4.2 构建基于疾病全局相似性信息的疾病-miRNA关联网络ASd | 第109-110页 |
| 5.5 基于网络一致性的信息扩散疾病关联预测方法研究 | 第110-113页 |
| 5.5.1 本章模型构建 | 第110-112页 |
| 5.5.2 算法描述 | 第112-113页 |
| 5.6 实验结果分析 | 第113-118页 |
| 5.6.1 参数选择 | 第113-115页 |
| 5.6.2 模型性能比较评估 | 第115-118页 |
| 5.7 实例研究 | 第118-124页 |
| 5.8 小结 | 第124-126页 |
| 结论 | 第126-129页 |
| 参考文献 | 第129-143页 |
| 致谢 | 第143-144页 |
| 附录A 攻读学位期间所发表的学术论文目录 | 第144-145页 |
| 附录B 攻读博士学位期间主要参与的课题 | 第145页 |
