| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 第一章 综述 | 第10-13页 |
| 第二章 分子动力学的理论及方法 | 第13-28页 |
| ·分子力学 | 第13页 |
| ·分子动力学模拟 | 第13-25页 |
| ·历史背景 | 第13-14页 |
| ·分子动力学模拟在生物分子研究中的应用 | 第14页 |
| ·势函数及能量状况 | 第14-15页 |
| ·能量最小化 | 第15-17页 |
| ·绝热映射 | 第17页 |
| ·分子动力学 | 第17-23页 |
| ·模拟环境 | 第19-20页 |
| ·SHAKE | 第20-21页 |
| ·实验条件 | 第21-22页 |
| ·溶剂化 | 第22-23页 |
| ·郎之万动力学 | 第23页 |
| ·布朗动力学 | 第23-24页 |
| ·蒙特卡洛方法 | 第24-25页 |
| ·模拟退火 | 第25页 |
| ·QM/MM 方法 | 第25-26页 |
| ·自由能计算 | 第26-28页 |
| 第三章 HIV-1 蛋白酶的研究 | 第28-34页 |
| ·HIV 病毒简介 | 第28-31页 |
| ·HIV 病毒的结构 | 第28-29页 |
| ·HIV 病毒的生命周期 | 第29-31页 |
| ·HIV-1 蛋白酶的结构 | 第31页 |
| ·HIV-1 蛋白酶的抑制剂 | 第31-32页 |
| ·抑制剂2AH 和4AH 的研发现状 | 第32页 |
| ·结晶水分子 | 第32-34页 |
| 第四章 HIV-1 蛋白酶与抑制剂结合中桥接水分子作用的QM/MM 模拟和自由能计算 | 第34-37页 |
| ·体系的初始化 | 第34页 |
| ·分子动力学模拟 | 第34-36页 |
| ·能量优化 | 第34-35页 |
| ·加热 | 第35页 |
| ·密度平衡 | 第35页 |
| ·动力学演化 | 第35页 |
| ·QM/MM 模拟 | 第35-36页 |
| ·结合自由能计算 | 第36-37页 |
| 第五章 结果分析 | 第37-40页 |
| ·结合自由能 | 第37-38页 |
| ·W301 水分子的氢键 | 第38-39页 |
| ·小结 | 第39-40页 |
| 参考文献 | 第40-45页 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 | 第45-46页 |
| 致谢 | 第46页 |