| 中文摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4页 |
| 目录 | 第5-8页 |
| 第一章 前言 | 第8-20页 |
| 1.1 青稞的研究概况 | 第8-9页 |
| 1.2 转录组学概述 | 第9-10页 |
| 1.2.1 转录组学的研究基础 | 第9页 |
| 1.2.2 转录组学的研究技术和进展 | 第9-10页 |
| 1.3 植物激素简介 | 第10-15页 |
| 1.3.1 生长素 | 第11-12页 |
| 1.3.2 赤霉素 | 第12页 |
| 1.3.3 细胞分裂素 | 第12页 |
| 1.3.4 脱落酸 | 第12-13页 |
| 1.3.5 乙烯 | 第13-14页 |
| 1.3.6 油菜素甾醇 | 第14-15页 |
| 1.4 植物类受体激酶 | 第15-16页 |
| 1.5 花青素和紫外线辐射对作物生长发育的影响 | 第16-17页 |
| 1.6 可变剪接 | 第17-18页 |
| 1.6.1 可变剪接的定义、生物学意义和研究价值 | 第17-18页 |
| 1.6.2 植物中的可变剪接 | 第18页 |
| 1.7 研究目的和意义 | 第18-20页 |
| 第二章 材料与方法 | 第20-29页 |
| 2.1 植物材料 | 第20-21页 |
| 2.2 RNA提取、检测与RNA-seq测序 | 第21-25页 |
| 2.2.1 RNA样品制备 | 第21-22页 |
| 2.2.2 总RNA的质量检测 | 第22-23页 |
| 2.2.3 RNA-seq测序 | 第23-25页 |
| 2.3 青稞转录本de novo组装 | 第25-26页 |
| 2.4 激素、受体激酶、花青素和紫外线胁迫相关基因的进化分析 | 第26页 |
| 2.5 青稞转录组可变剪接分析 | 第26-29页 |
| 2.5.1 青稞和大麦的CDS序列分析 | 第26页 |
| 2.5.2 构建青稞转录本模型 | 第26-27页 |
| 2.5.3 青稞、大麦和拟南芥中可变剪接事件的比较 | 第27页 |
| 2.5.4 基因功能注释 | 第27-28页 |
| 2.5.5 不同表达模式基因可变剪接的比较 | 第28-29页 |
| 第三章 结果 | 第29-95页 |
| 3.1 青稞转录组测序 | 第29-30页 |
| 3.1.1 RNA质量检测结果 | 第29页 |
| 3.1.2 青稞转录组测序产量 | 第29-30页 |
| 3.1.3 青稞转录组组装质量 | 第30页 |
| 3.2 基因的功能注释 | 第30-34页 |
| 3.2.1 青稞转录组的基因注释 | 第30-32页 |
| 3.2.2 序列重叠群的长度分布 | 第32页 |
| 3.2.3 基因的GO分类 | 第32-34页 |
| 3.3 拟南芥、水稻、青稞、大麦和燕麦基因的进化分析 | 第34-86页 |
| 3.3.1 生长素相关基因的比较分析 | 第34-41页 |
| 3.3.2 赤霉素相关基因的比较分析 | 第41-46页 |
| 3.3.3 细胞分裂素相关基因的比较分析 | 第46-51页 |
| 3.3.4 脱落酸相关基因的比较分析 | 第51-55页 |
| 3.3.5 烯相关基因的比较分析 | 第55-65页 |
| 3.3.6 油菜素内酯相关基因的比较分析 | 第65-74页 |
| 3.3.7 类受体激酶相关基因的比较分析 | 第74-77页 |
| 3.3.8 花青素相关基因的比较分析 | 第77-81页 |
| 3.3.9 紫外线胁迫相关基因的比较分析 | 第81-86页 |
| 3.4 青稞和大麦之间CDS分化的估算 | 第86页 |
| 3.5 mRNA、CDS、激酶结构域和DNA结合结构域中的可变剪接 | 第86-90页 |
| 3.5.1 mRNA中的可变剪接 | 第87页 |
| 3.5.2 CDS中的可变剪接 | 第87-88页 |
| 3.5.3 蛋白激酶结构域中的可变剪接 | 第88页 |
| 3.5.4 DNA结合结构域中的可变剪接 | 第88-89页 |
| 3.5.5 可变剪接在不同基因中出现的频率 | 第89-90页 |
| 3.6 不同功能的基因发生可变剪接的频率 | 第90-93页 |
| 3.7 不同表达模式的基因发生可变剪接的频率 | 第93-95页 |
| 第四章 讨论 | 第95-98页 |
| 参考文献 | 第98-105页 |
| 致谢 | 第105页 |
