| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第1章 DSRA研究进展 | 第13-50页 |
| 1.1 引言 | 第13-14页 |
| 1.2 细菌sRNA | 第14-22页 |
| 1.2.1 核糖开关RNA | 第14-15页 |
| 1.2.2 调控蛋白质活性的sRNA | 第15-17页 |
| 1.2.3 与mRNA配对的sRNA | 第17-20页 |
| 1.2.4 RNA分子伴侣Hfq | 第20-22页 |
| 1.3 几种典型sRNA | 第22-31页 |
| 1.3.1 最小核糖开关RNA-36 queC RNA | 第22-25页 |
| 1.3.2 与蛋白质结合sRNA-RsmZ | 第25-27页 |
| 1.3.3 顺式调控sRNA-GadY | 第27-29页 |
| 1.3.4 反式调控sRNA-OxyS | 第29-31页 |
| 1.4 DSRA背景 | 第31-46页 |
| 1.4.1 DsrA发现的历史 | 第31-32页 |
| 1.4.2 DsrA低温下表达机制 | 第32-34页 |
| 1.4.3 DsrA二级结构 | 第34-37页 |
| 1.4.4 DsrA自组装 | 第37-38页 |
| 1.4.5 DsrA调控rpoS mRNA翻译 | 第38-40页 |
| 1.4.6 DsrA调控hns mRNA翻译 | 第40-42页 |
| 1.4.7 DsrA调控MreB mRNA翻译 | 第42-43页 |
| 1.4.8 DsrA调控rbsD mRNA翻译 | 第43-44页 |
| 1.4.9 DsrA与Hfq结合 | 第44-46页 |
| 参考文献 | 第46-50页 |
| 第2章 核磁共振技术解析RNA结构 | 第50-68页 |
| 2.1 RNA化学结构 | 第50-54页 |
| 2.1.1 RNA四种核苷酸 | 第50页 |
| 2.1.2 RNA和DNA化学结构比较 | 第50-51页 |
| 2.1.3 RNA二面角 | 第51-52页 |
| 2.1.4 RNA碱基配对 | 第52-54页 |
| 2.2 RNA体外转录 | 第54页 |
| 2.2.1 T7 RNA聚合酶 | 第54页 |
| 2.2.2 DNA模板 | 第54页 |
| 2.3 RNA同位素标记 | 第54-58页 |
| 2.3.1 ~(13)C和~(15)N同位素标记 | 第54-56页 |
| 2.3.2 ~2H同位素标记 | 第56-57页 |
| 2.3.3 ~(19)F标记 | 第57-58页 |
| 2.4 RNA化学位移指认 | 第58-66页 |
| 2.4.1 RNA化学位移指认策略 | 第58-59页 |
| 2.4.2 亚氨基化学位移指认 | 第59-62页 |
| 2.4.3 氨基和H2化学位移指认 | 第62-63页 |
| 2.4.4 H5,H6和H8化学位移指认 | 第63-65页 |
| 2.4.5 H1'化学位移指认 | 第65页 |
| 2.4.6 H2',H3',H4',H5'和H5"化学位移指认 | 第65-66页 |
| 参考文献 | 第66-68页 |
| 第3章 材料与方法 | 第68-88页 |
| 3.1 基因克隆 | 第68-74页 |
| 3.1.1 引物设计 | 第68-71页 |
| 3.1.2 PCR扩增 | 第71-72页 |
| 3.1.3 琼脂糖凝胶电泳回收目的DNA片段 | 第72页 |
| 3.1.4 DNA片段回收 | 第72-73页 |
| 3.1.5 少量pUC19质粒提取 | 第73-74页 |
| 3.1.6 载体线性化 | 第74页 |
| 3.1.7 重组产物反应 | 第74页 |
| 3.1.8 重组产物转化感受态细胞 | 第74页 |
| 3.2 大量提取PUC19质粒 | 第74-75页 |
| 3.3 质粒线性化 | 第75-76页 |
| 3.4 T7 RNA聚合酶表达纯化 | 第76-77页 |
| 3.5 转录体系镁离子浓度优化 | 第77-79页 |
| 3.6 PAGE鉴定RNA转录情况 | 第79-80页 |
| 3.7 RNA转录和纯化 | 第80-83页 |
| 3.8 核磁样品准备 | 第83-84页 |
| 3.9 核磁共振波谱实验 | 第84-86页 |
| 3.9.1 核磁实验常规设置 | 第84-85页 |
| 3.9.2 RNA核磁实验及参数设置 | 第85-86页 |
| 3.10 电泳迁移率实验 | 第86-87页 |
| 参考文献 | 第87-88页 |
| 第4章 DSRA结构和功能研究 | 第88-123页 |
| 4.1 SL1核磁结构解析 | 第88-107页 |
| 4.1.1 SL1转录和纯化 | 第88-91页 |
| 4.1.2 SL1化学位移指认 | 第91-98页 |
| 4.1.3 核磁约束 | 第98-104页 |
| 4.1.4 结构计算和优化 | 第104-106页 |
| 4.1.5 SL1的结构 | 第106页 |
| 4.1.6 SL1“AUUUC”loop与7SK“AUGUG”loop结构比较 | 第106-107页 |
| 4.2 DSRA与RPOS MRNA相互作用研究 | 第107-111页 |
| 4.2.1 RNA序列设计 | 第107-108页 |
| 4.2.2 EMSA验证RNA相互作用 | 第108-109页 |
| 4.2.3 rpoSmRNA打开DsrA SL1茎环结构 | 第109-111页 |
| 4.3 DSRA SL2二级结构测定 | 第111-117页 |
| 4.3.1 不同长度DsrA结构比较 | 第111-113页 |
| 4.3.2 SL2二级结构确定 | 第113-115页 |
| 4.3.3 SL2有两种不同构象 | 第115-117页 |
| 4.4 DSRA全长结构 | 第117-120页 |
| 4.5 总结和讨论 | 第120-122页 |
| 参考文献 | 第122-123页 |
| 附录 | 第123-129页 |
| 致谢 | 第129-131页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果 | 第131页 |
