利用深度测序定位拟南芥突变基因
| 目录 | 第5-7页 |
| 摘要 | 第7-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 前言 | 第10-11页 |
| 1 文献综述 | 第11-23页 |
| 1.1 SNP | 第11-14页 |
| 1.1.1 SNP的简介 | 第11-12页 |
| 1.1.2 SNP检测技术的发展 | 第12-13页 |
| 1.1.3 SNP研究应用 | 第13-14页 |
| 1.2 基因突变 | 第14-15页 |
| 1.2.1 基因突变简介 | 第14-15页 |
| 1.2.2 基因突变的检测方法 | 第15页 |
| 1.3 混合分组分析法(BSA) | 第15-17页 |
| 1.3.1 BSA的简介 | 第15-16页 |
| 1.3.2 BSA的应用 | 第16-17页 |
| 1.4 高通量测序技术 | 第17-23页 |
| 1.4.1 当今测序技术的发展 | 第17-18页 |
| 1.4.2 新一代测序技术的简介 | 第18-19页 |
| 1.4.3 新一代测序技术的应用 | 第19-22页 |
| 1.4.4 新一代测序技术的发展现状 | 第22-23页 |
| 2 材料与方法 | 第23-29页 |
| 2.1 数据来源和过滤 | 第23-24页 |
| 2.2 数据分析方法 | 第24-29页 |
| 2.2.1 全基因组大规模并行序列比对 | 第24-26页 |
| 2.2.2 全基因组的单核苷酸多态性检测 | 第26-27页 |
| 2.2.3 SNP数据分析 | 第27页 |
| 2.2.4 突变位点的检测 | 第27-29页 |
| 3 结果与分析 | 第29-39页 |
| 3.1 比对数据分析 | 第29-31页 |
| 3.1.1 测序深度 | 第29页 |
| 3.1.2 读段比对百分比统计 | 第29-31页 |
| 3.2 SNP数据分析 | 第31-32页 |
| 3.2.1 SNP统计 | 第31页 |
| 3.2.2 SNP分布密度 | 第31页 |
| 3.2.3 SNP类型统计 | 第31-32页 |
| 3.3 突变位点预测 | 第32-39页 |
| 3.3.1 样本百分比统计 | 第32-37页 |
| 3.3.2 差异显著分析 | 第37-39页 |
| 4 讨论 | 第39-44页 |
| 4.1 有关全基因组段序列并行比对 | 第39-40页 |
| 4.2 有关SNP的检测 | 第40-41页 |
| 4.3 突变位点的确定 | 第41-44页 |
| 参考文献 | 第44-48页 |
| 附录：与本实验有关的程序 | 第48-51页 |
| 致谢 | 第51页 |
