| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 前言 | 第8-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-26页 |
| 1.1 研究背景 | 第9-20页 |
| 1.2 计算模拟方法的发展 | 第20-21页 |
| 1.3 本论文研究内容 | 第21-23页 |
| 参考文献 | 第23-26页 |
| 第二章 计算方法 | 第26-40页 |
| 2.1 分子动力学模拟 | 第26-33页 |
| 2.1.1 分子动力学的算法 | 第28-30页 |
| 2.1.2 平衡系统分子动力学模拟的系综 | 第30页 |
| 2.1.3 分子动力学计算流程 | 第30-31页 |
| 2.1.4 分子力场 | 第31-32页 |
| 2.1.5 非键相互作用力的快速算法 | 第32-33页 |
| 2.2 拉伸分子动力学模拟 | 第33-36页 |
| 参考文献 | 第36-40页 |
| 第三章 Ykt6构象调控的理论研究 | 第40-70页 |
| 3.1 引言 | 第40-42页 |
| 3.2 计算细节 | 第42-43页 |
| 3.3 数据与结果 | 第43-65页 |
| 3.3.1 RMSD分析 | 第43-47页 |
| 3.3.2 二级结构分析 | 第47-49页 |
| 3.3.3 RMSF分析 | 第49-50页 |
| 3.3.4 包埋面积分析 | 第50-51页 |
| 3.3.5 DPC分子和法尼酰基侧链构象的聚类分析 | 第51-54页 |
| 3.3.6 主成分分析 | 第54-57页 |
| 3.3.7 结合位点二级结构距离的分析 | 第57-58页 |
| 3.3.8 带芳香环残基侧链构象分析 | 第58-60页 |
| 3.3.9 longin-snare界面解离的过程分析 | 第60-65页 |
| 3.4 讨论与小结 | 第65-67页 |
| 参考文献 | 第67-70页 |
| 第四章 总结与展望 | 第70-72页 |
| 作者简介 | 第72-73页 |
| 致谢 | 第73-74页 |