| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第一章 绪论 | 第8-16页 |
| 1.1 蛋白质的结构 | 第8-12页 |
| 1.1.1 蛋白质的基本组成单位 | 第8-9页 |
| 1.1.2 蛋白质的结构层次 | 第9-11页 |
| 1.1.3 维持和稳定蛋白质高级结构的因素 | 第11-12页 |
| 1.2 蛋白质的折叠问题 | 第12-13页 |
| 1.3 蛋白质折叠的计算机模拟 | 第13-14页 |
| 1.4 本论文的主要工作 | 第14-16页 |
| 第二章 分子动力学概述和GROMACS模拟软件 | 第16-24页 |
| 2.1 分子动力学基本原理和分子力场经验势函数 | 第16-17页 |
| 2.2 积分算法 | 第17-19页 |
| 2.2.1 Verlet算法 | 第18页 |
| 2.2.2 Leap-frog算法 | 第18-19页 |
| 2.2.3 Gear算法 | 第19页 |
| 2.3 能量优化 | 第19-20页 |
| 2.4 GROMACS模拟软件及附加约束项 | 第20-21页 |
| 2.5 模拟的其他细节 | 第21-24页 |
| 2.5.1 周期性边界条件与最近镜像 | 第21-22页 |
| 2.5.2 约束算法 | 第22-23页 |
| 2.5.3 初始条件的设定和平衡 | 第23-24页 |
| 第三章 Villin子域蛋白在不同力场下的去折叠模拟 | 第24-42页 |
| 3.1 模拟材料 | 第24-25页 |
| 3.1.1 Villin蛋白介绍 | 第24页 |
| 3.1.2 “头盔”域 | 第24-25页 |
| 3.2 Villin子域蛋白在不同力场下的去折叠模拟 | 第25-31页 |
| 3.2.1 非标准残基的力场构建 | 第25-29页 |
| 3.2.2 分子动力学模拟 | 第29-31页 |
| 3.3 去折叠分子动力学模拟结果及分析 | 第31-41页 |
| 3.3.1 模拟结果 | 第31-35页 |
| 3.3.2 模拟结果分析 | 第35-41页 |
| 3.4 本章小结 | 第41-42页 |
| 第四章 HP-35_NleNle的折叠动力学模拟研究 | 第42-56页 |
| 4.1 HP-35_NleNle折叠的初始结构 | 第42页 |
| 4.2 分子动力学模拟过程 | 第42-44页 |
| 4.3 折叠动力学模拟结果及分析 | 第44-55页 |
| 4.3.1 fold-no折叠模拟分析 | 第44-47页 |
| 4.3.2 fold-C折叠模拟分析 | 第47-50页 |
| 4.3.3 fold-N折叠模拟分析 | 第50-55页 |
| 4.4 本章小结 | 第55-56页 |
| 第五章 总结与展望 | 第56-58页 |
| 5.1 论文总结 | 第56页 |
| 5.2 展望 | 第56-58页 |
| 参考文献 | 第58-62页 |
| 致谢 | 第62-64页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 | 第64页 |
