| 致谢 | 第5-7页 |
| 摘要 | 第7-8页 |
| Abstract | 第8页 |
| 专业词汇中英文对照表 | 第9-12页 |
| 第一章 引言 | 第12-32页 |
| 1.1 小鼠 | 第12-14页 |
| 1.2 House-Keeping基因 | 第14页 |
| 1.3 可变剪接 | 第14-18页 |
| 1.3.1 可变剪接作用机制 | 第15-16页 |
| 1.3.2 可变剪接种类 | 第16-18页 |
| 1.4 测序技术 | 第18-25页 |
| 1.4.1 第一代测序技术 | 第18页 |
| 1.4.2 第二代测序技术 | 第18-23页 |
| 1.4.3 第三代测序技术 | 第23-25页 |
| 1.5 转录组学研究技术 | 第25-32页 |
| 1.5.1 RNA-seq技术 | 第25-28页 |
| 1.5.2 RNA-seq数据分析 | 第28-32页 |
| 第二章 材料与方法 | 第32-38页 |
| 2.1 数据收集 | 第32-33页 |
| 2.1.1. 小鼠RNA-seq数据收集 | 第32-33页 |
| 2.1.2. 小鼠参考基因组与注释信息 | 第33页 |
| 2.2 分析方法 | 第33-38页 |
| 2.2.1 RNA-seq原始数据预处理 | 第33页 |
| 2.2.2 reads比对 | 第33-34页 |
| 2.2.3 排序 | 第34页 |
| 2.2.4. 表达量计算 | 第34页 |
| 2.2.5. House-Keeping基因鉴定 | 第34页 |
| 2.2.6. 主效转录本鉴定 | 第34-36页 |
| 2.2.7 表达特殊转录本鉴定 | 第36-38页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第38-56页 |
| 3.1 原始数据预处理结果与比对结果评估 | 第38-39页 |
| 3.1.1 原始数据去结果和低质量结果评估 | 第38页 |
| 3.1.2 处理后数据比对结果评估 | 第38-39页 |
| 3.2 House-Keeping基因和主效转录本鉴定 | 第39-45页 |
| 3.2.1 House-Keeping基因鉴定 | 第39-44页 |
| 3.2.2 主效转录本鉴定 | 第44-45页 |
| 3.3 主效转录本检验 | 第45-50页 |
| 3.3.1 表达量分布分析 | 第45-46页 |
| 3.3.2 表达量平均值与CV值分析 | 第46-47页 |
| 3.3.3 主效转录本与次效转录本、基因表达量差异显著性和相关性分析 | 第47-48页 |
| 3.3.4 主效转录本与基因分层聚类分析 | 第48-49页 |
| 3.3.5 主效转录本表达量占比分析 | 第49-50页 |
| 3.4 与人类同源House-keeping基因比较 | 第50-52页 |
| 3.5 不同类型HK基因结构分析 | 第52页 |
| 3.6 主效转录本功能和pathway富集分析 | 第52-54页 |
| 3.7 特殊表达规律分析 | 第54-55页 |
| 3.8 总结 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-64页 |
| 附录 | 第64-66页 |
| 作者简介及在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第66页 |
