| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-27页 |
| ·烟属植物起源、进化研究简况 | 第11-13页 |
| ·不同分类法显示部分烟属种位置的差异 | 第13-16页 |
| ·烟草野生种的重要价值 | 第16-17页 |
| ·测序技术发展 | 第17-23页 |
| ·DNA测序历史 | 第17页 |
| ·第一代测序 | 第17-18页 |
| ·第二代测序 | 第18-20页 |
| ·Roche 454技术 | 第18-19页 |
| ·Illumina/Solexa技术 | 第19-20页 |
| ·ABI/SOLID测序技术 | 第20页 |
| ·第三代测序 | 第20-23页 |
| ·HeliScope测序技术 | 第20-21页 |
| ·Life Technologies/Ion Torrent测序技术 | 第21-22页 |
| ·Pacific Biosciences测序技术 | 第22页 |
| ·Oxford Nanopore测序技术 | 第22-23页 |
| ·转录组学概述 | 第23-25页 |
| ·转录组学的研究基础 | 第23-24页 |
| ·转录组测序产品发展史 | 第24-25页 |
| ·烟属功能基因组的研究现状 | 第25-26页 |
| ·本课题的研究目的和意义 | 第26-27页 |
| 第二章 材料和方法 | 第27-41页 |
| ·植物材料 | 第27-28页 |
| ·预防污染 | 第28页 |
| ·RNA提取 | 第28页 |
| ·RNA建库和测序 | 第28-32页 |
| ·mRNA的纯化 | 第28页 |
| ·反转录第一链的合成 | 第28-29页 |
| ·反转录第二链的合成 | 第29页 |
| ·DNA片段化 | 第29页 |
| ·末端修复 | 第29-30页 |
| ·cDNA 3’末端加‘A’ | 第30页 |
| ·接头(Adapter)连接 | 第30-31页 |
| ·PCR扩增 | 第31页 |
| ·测序 | 第31-32页 |
| ·信息分析流程 | 第32-41页 |
| ·数据过滤 | 第32-33页 |
| ·转录组数据的拼接 | 第33-35页 |
| ·ORF(open reading frame)预测 | 第35页 |
| ·ORF功能注释 | 第35页 |
| ·ORF的GO分类和代谢通路分析 | 第35-36页 |
| ·基因表达量计算 | 第36页 |
| ·多物种基因orthology构建 | 第36-37页 |
| ·进化树重构建 | 第37页 |
| ·NBS类抗性(R)基因及跟抗性有关的转录因子(TF)的鉴定 | 第37-38页 |
| ·烟碱转导基因鉴定 | 第38-41页 |
| 第三章 结果和讨论 | 第41-61页 |
| ·烟草转录组测序产量 | 第41页 |
| ·转录组组装 | 第41-42页 |
| ·ORF预测 | 第42-43页 |
| ·ORF功能注释 | 第43-45页 |
| ·表达量计算 | 第45-49页 |
| ·GO(GENE ONTOLOGY)分类 | 第49-53页 |
| ·KEGG分类 | 第53-55页 |
| ·基因家族分析和系统发育关系重构 | 第55-57页 |
| ·NBS类抗性基因 | 第57-59页 |
| ·烟碱转导基因 | 第59-61页 |
| 第四章 结论与展望 | 第61-63页 |
| 致谢 | 第63-65页 |
| 参考文献 | 第65-69页 |
| 附录A (攻读硕士学位期间发表论文目录) | 第69页 |
