| 中文摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-13页 |
| 缩写 | 第13-14页 |
| 目录 | 第14-16页 |
| 第一章 前言 | 第16-63页 |
| 一、RNA剪接 | 第16-26页 |
| 1. 断裂基因的发现 | 第16页 |
| 2. RNA的剪接 | 第16-17页 |
| 3. | 第17-26页 |
| 二、RNA反式剪接 | 第26-40页 |
| 1. 反式剪接的发现 | 第26-27页 |
| 2. SL反式剪接 | 第27-29页 |
| 3. 哺乳动物和果蝇中的反式剪接 | 第29-31页 |
| 4. 细胞器中的反式剪接 | 第31-33页 |
| 5. 反式剪接与RNA修复、疾病治疗 | 第33-40页 |
| 三、ESTs测序及其应用 | 第40-45页 |
| 1. ESTs的测序策略 | 第41-42页 |
| 2. ESTs的聚类和拼接 | 第42-43页 |
| 3. ESTs序列的应用 | 第43-45页 |
| 4. ESTs数据的缺陷 | 第45页 |
| 四、第二代测序技术及其应用 | 第45-53页 |
| 1. 第二代测序平台 | 第45-47页 |
| 2. 第二代测序序列的计算机分析和应用 | 第47-50页 |
| 3. RNA-Seq | 第50-53页 |
| 五、反式剪接与mRNA嵌合体 | 第53-57页 |
| 1. mRNA嵌合体的产生方式 | 第53-55页 |
| 2. 利用EST/mRNA序列预测mRNA嵌合体 | 第55页 |
| 3. 基于第二代测序技术预测mRNA嵌合体 | 第55-56页 |
| 4. 从mRNA嵌合体中挑出反式剪接嵌合体 | 第56-57页 |
| 六、反式剪接与tRNA的起源和进化 | 第57-61页 |
| 七、本论文的研究目的与意义 | 第61-63页 |
| 第二章 结合EST/mRNA和RNA-Seq预测及分析反式剪接 | 第63-99页 |
| 一、材料与方法 | 第63-77页 |
| 1. 数据来源 | 第63-65页 |
| 2. 软件来源 | 第65-67页 |
| 3. 引物 | 第67-68页 |
| 4. 试剂和仪器 | 第68页 |
| 5. 软件的安装和使用 | 第68-71页 |
| 6. 利用EST/mRNA初步预测mRNA嵌合体 | 第71-72页 |
| 7. 利用RNA_Seq从mRNA嵌合体中筛选反式剪接 | 第72-74页 |
| 8. 反式剪接转录本的注释和分类 | 第74页 |
| 9. 分析反式剪接与染色体相互作用的关系 | 第74-75页 |
| 10. 实验验证反式剪接转录本 | 第75-77页 |
| 11. 反式剪接数据库的构建 | 第77页 |
| 二、结果 | 第77-94页 |
| 1. 利用EST/mRNA初步预测人类和小鼠的mRNA嵌合体 | 第77-79页 |
| 2. 利用RNA_Seq筛选反式剪接嵌合体 | 第79-81页 |
| 3. 反式剪接的剪接机制分析 | 第81-83页 |
| 4. 反式剪接增加蛋白质组多样性 | 第83-84页 |
| 5. 反式剪接的注释和分类 | 第84-88页 |
| 6. 染色体之间的相互作用与反式剪接之间的关系 | 第88-90页 |
| 7. 反式剪接数据库的构建 | 第90-93页 |
| 8. 反式剪接的RT-PCR验证 | 第93-94页 |
| 三、讨论 | 第94-99页 |
| 1. 反式剪接的广泛性 | 第94-95页 |
| 2. 反式剪接可以增加蛋白质的多样性 | 第95-96页 |
| 3. 反式剪接机制的探讨 | 第96-97页 |
| 4. 染色体相互作用与反式剪接的关系 | 第97-99页 |
| 第三章 反式剪接与tRNA的进化:从断裂基因到连续基因 | 第99-126页 |
| 一、材料与方法 | 第99-109页 |
| 1. 数据来源 | 第99-100页 |
| 2. 软件来源 | 第100-101页 |
| 3. 引物 | 第101-105页 |
| 4. 试剂和仪器 | 第105-106页 |
| 5. tRNA基因的基因组附近的单核苷酸替代频率分析 | 第106-107页 |
| 6. 在基因组的多序列比对中寻找tRNA缺失/插入(indel) | 第107页 |
| 7. 在基因组序列中搜索tRNA半分子同源序列 | 第107页 |
| 8. tRNA和tRNA半分子的基因组注释 | 第107-108页 |
| 9. tRNA半分子的表达分析和实验验证 | 第108页 |
| 10. tRNA半分子的二级结构的预测 | 第108页 |
| 11. 构建tRNA半分子的进化树 | 第108-109页 |
| 二、结果 | 第109-121页 |
| 1. 缺失/插入形成tRNA基因 | 第109-111页 |
| 2. tRNA半分子同源序列在大量物种的基因组中普遍存在 | 第111-117页 |
| 3. tRNA半分子与tRNA基因上下游的SNP替代频率比较 | 第117-118页 |
| 4. tRNA半分子同源序列与基因组中的逆转座元件相关 | 第118-119页 |
| 5. tRNA半分子同源序列的表达 | 第119-121页 |
| 三、讨论 | 第121-126页 |
| 1. 从断裂tRNA基因到连续tRNA基因 | 第121-125页 |
| 2. 反式剪接与基因的起源和进化 | 第125-126页 |
| 研究总结 | 第126-128页 |
| 参考文献 | 第128-135页 |
| 已发表及待发表文章 | 第135-136页 |
| 致谢 | 第136页 |
