| 致谢 | 第1-5页 |
| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-12页 |
| 第一章 引言 | 第12-32页 |
| ·鱼类肠道生态系统中宿主与微生物的相互作用 | 第12-20页 |
| ·肠道中宿主与微生物的相互交流 | 第12-16页 |
| ·益生菌 | 第16-20页 |
| ·肠道微生物研究方法 | 第20-27页 |
| ·传统培养方法 | 第21-24页 |
| ·现代分子生物学技术 | 第24-27页 |
| ·鲽形目鱼研究进展 | 第27-30页 |
| ·鲽形目鱼的水产养殖 | 第27-29页 |
| ·鲽形目鱼基因组研究 | 第29-30页 |
| ·本课题的研究目的和意义 | 第30-32页 |
| 第二章 养殖大菱鲆肠道菌群结构特征分析 | 第32-53页 |
| ·前言 | 第32页 |
| ·实验材料 | 第32-34页 |
| ·实验仪器及试剂 | 第32-34页 |
| ·样品采集 | 第34页 |
| ·实验方法 | 第34-38页 |
| ·养殖大菱鲆肠道微生物的富集 | 第34-35页 |
| ·养殖大菱鲆肠道微生物基因组 DNA 提取 | 第35-36页 |
| ·养殖大菱鲆肠道微生物宏基因组 Solexa 测序 | 第36-37页 |
| ·大菱鲆肠道微生物宏基因组测序数据的组装和分析 | 第37-38页 |
| ·实验结果 | 第38-49页 |
| ·大菱鲆肠道微生物基因组 DNA 提取结果 | 第38-39页 |
| ·宏基因组测序结果 | 第39-42页 |
| ·利用宏基因组数据分析大菱鲆肠道微生物结构组成 | 第42-45页 |
| ·比较宏基因组学研究大菱鲆肠道菌群结构特征 | 第45-49页 |
| ·讨论 | 第49-52页 |
| ·小结 | 第52-53页 |
| 第三章 养殖大菱鲆肠道各个部分菌群结构特征以及环境的影响 | 第53-74页 |
| ·前言 | 第53页 |
| ·实验材料 | 第53-55页 |
| ·实验仪器及试剂 | 第53-55页 |
| ·样品采集 | 第55页 |
| ·实验方法 | 第55-62页 |
| ·大菱鲆肠道各部分以及养殖海水中微生物的富集 | 第55-56页 |
| ·大菱鲆肠道各个部分微生物基因组 DNA 提取 | 第56页 |
| ·大菱鲆肠道各个部分 16S rRNA 文库构建 | 第56-60页 |
| ·限制性片段多态性分析（RFLP）及测序数据分析 | 第60-62页 |
| ·实验结果 | 第62-71页 |
| ·微生物基因组 DNA 提取结果 | 第62-63页 |
| ·16S rRNA 基因序列 PCR 扩增结果 | 第63页 |
| ·16S rRNA 文库构建及 RFLP 分析结果 | 第63-71页 |
| ·讨论 | 第71-73页 |
| ·小结 | 第73-74页 |
| 第四章 利用传统培养手段最大程度还原大菱鲆肠道菌群结构 | 第74-91页 |
| ·前言 | 第74页 |
| ·实验材料 | 第74-77页 |
| ·实验仪器及试剂 | 第74-77页 |
| ·样品采集 | 第77页 |
| ·实验方法 | 第77-81页 |
| ·大菱鲆肠道中微生物及肠道上清采集 | 第77-78页 |
| ·大菱鲆肠道中微生物的培养 | 第78-79页 |
| ·菌落 PCR、限制性片段多态性分析（RFLP）及测序数据分析 | 第79-81页 |
| ·实验结果 | 第81-86页 |
| ·培养基中菌落生长情况及比较分析 | 第81-83页 |
| ·肠道上清培养基与基础培养基中菌落生长情况比较 | 第83-84页 |
| ·大菱鲆肠道中可被培养的细菌分类结果 | 第84-86页 |
| ·讨论 | 第86-90页 |
| ·小结 | 第90-91页 |
| 第五章 养殖大菱鲆肠道菌群功能分析 | 第91-107页 |
| ·前言 | 第91页 |
| ·实验材料 | 第91页 |
| ·实验方法 | 第91-92页 |
| ·实验结果 | 第92-101页 |
| ·大菱鲆肠道宏基因组数据功能分类 | 第92-96页 |
| ·比较分析各物种肠道宏基因组数据 | 第96-101页 |
| ·讨论 | 第101-106页 |
| ·小结 | 第106-107页 |
| 结论 | 第107-109页 |
| 参考文献 | 第109-129页 |
| 作者简历及攻读博士学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第129页 |
