| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-10页 |
| 目录 | 第10-14页 |
| 第1章 绪论 | 第14-42页 |
| ·研究背景与意义 | 第14-18页 |
| ·动脉血栓形成过程 | 第14-15页 |
| ·假性血友病 | 第15-17页 |
| ·血栓性血小板减少性紫癜 | 第17-18页 |
| ·血栓与止血过程的重要分子 | 第18-28页 |
| ·假性血友病因子 | 第18-20页 |
| ·血小板糖蛋白GPIbα | 第20-24页 |
| ·金属蛋白酶ADAMTS13 | 第24-26页 |
| ·抗血栓单克隆抗体 | 第26-28页 |
| ·国内外研究现状 | 第28-39页 |
| ·抗血栓单克隆抗体 6B4 的互补位和表位残基检测 | 第28-30页 |
| ·A2 分子的解折叠以及A1 和A2 相互作用的研究进展 | 第30-33页 |
| ·ADAMTS13-DTCS结构域与vWF-A2 结合的研究进展 | 第33-39页 |
| ·科学问题的提出与论文研究的主要内容 | 第39-40页 |
| ·科学问题的提出 | 第39-40页 |
| ·论文研究的主要内容 | 第40页 |
| ·论文结构安排 | 第40-42页 |
| 第2章 材料与方法 | 第42-52页 |
| ·实验仪器和软件 | 第42-44页 |
| ·分子模拟设备 | 第42-43页 |
| ·分子动力学模拟软件 | 第43-44页 |
| ·分子动力学模拟原理和方法 | 第44-52页 |
| ·分子动力学模拟原理和流程 | 第44-48页 |
| ·拉伸分子动力学模拟 | 第48-50页 |
| ·自由动力学模拟 | 第50-52页 |
| 第3章 抗血栓单克隆抗体 6B4 的计算机模拟 | 第52-88页 |
| ·引言 | 第52-53页 |
| ·材料与方法 | 第53-59页 |
| ·序列获取与分析 | 第54-55页 |
| ·同源模建 | 第55页 |
| ·刚性对接 | 第55-56页 |
| ·能量最小化与平衡 | 第56页 |
| ·自由动力学模拟与拉伸分子动力学模拟 | 第56-57页 |
| ·键生存率与断裂时间分析 | 第57页 |
| ·氢键稳定性指数 | 第57-58页 |
| ·HBSI的FDR、敏感性和特异性的评估 | 第58-59页 |
| ·结果 | 第59-83页 |
| ·模板检索与序列分析 | 第59-61页 |
| ·通过同源模建构建 6B4 的三维结构 | 第61-63页 |
| ·通过刚性对接构建 6B4 和GPIbα的复合物模型 | 第63-65页 |
| ·6B4 和GPIbα的静态相互作用分析 | 第65-66页 |
| ·复合物的平衡 | 第66-69页 |
| ·自由动力学模拟揭示氢键的热稳定性 | 第69-71页 |
| ·氢键和盐桥的热稳定性统计分析 | 第71-73页 |
| ·通过拉伸分子动力学模拟使 6B4 与GPIbα相互解离 | 第73-75页 |
| ·力学稳定性分析 | 第75-79页 |
| ·氢键稳定性指数分析 | 第79-82页 |
| ·HBSI的错误发现率、特异性和敏感性分析 | 第82-83页 |
| ·讨论 | 第83-86页 |
| ·本章小结 | 第86-88页 |
| 第4章 假性血友病因子A2 结构域的结构性质研究 | 第88-102页 |
| ·引言 | 第88页 |
| ·材料与方法 | 第88-90页 |
| ·自由动力学模拟模拟 | 第88-89页 |
| ·拉伸分子动力学模拟 | 第89页 |
| ·柔性对接 | 第89-90页 |
| ·结果 | 第90-98页 |
| ·A2 分子的结构性质分析 | 第90-91页 |
| ·A1、A2 和A3 的分子柔性 | 第91-92页 |
| ·A2 分子的受力解折叠过程 | 第92-95页 |
| ·A1 与A2 的Active残基的预测 | 第95页 |
| ·柔性对接结果分析 | 第95-97页 |
| ·A1 与A2 的相互作用分析 | 第97-98页 |
| ·讨论 | 第98-100页 |
| ·本章小结 | 第100-102页 |
| 第5章 ADAMTS13-spacer结构域与A2-α6 螺旋之间的相互作用 | 第102-128页 |
| ·引言 | 第102页 |
| ·材料与方法 | 第102-106页 |
| ·spacer与α6 的晶体结构 | 第102页 |
| ·刚性对接（方案一） | 第102-103页 |
| ·分子动力学模拟（方案一） | 第103页 |
| ·SMD模拟（方案一） | 第103-104页 |
| ·分子动力学模拟（方案二） | 第104页 |
| ·SMD模拟（方案二） | 第104-105页 |
| ·柔性对接（方案二） | 第105-106页 |
| ·结果 | 第106-123页 |
| ·Spacer-α6 的刚性对接结果（方案一） | 第106-107页 |
| ·复合物中α6 螺旋的拉伸（方案一） | 第107-109页 |
| ·复合物的零速度拉伸（方案一） | 第109-110页 |
| ·spacer-α6 复合物的拉伸解离（方案一） | 第110-113页 |
| ·分子基础（方案一） | 第113-114页 |
| ·α6 螺旋的拉伸解折叠（方案二） | 第114-115页 |
| ·α6 螺旋的零速度拉伸（方案二） | 第115-117页 |
| ·Spacer-α6 的柔性对接结果（方案二） | 第117-118页 |
| ·结合强度与伸长量的关系 | 第118-119页 |
| ·分子基础（方案二） | 第119-121页 |
| ·结合的关键残基（方案二） | 第121-123页 |
| ·讨论 | 第123-127页 |
| ·本章小结 | 第127-128页 |
| 总结与展望 | 第128-130页 |
| 参考文献 | 第130-141页 |
| 附录 | 第141-156页 |
| 攻读博士学位期间取得的研究成果 | 第156-157页 |
| 致谢 | 第157-158页 |
| 附件 | 第158页 |
