蛋白质对接方法及其仿真技术研究
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 第1章 绪论 | 第9-17页 |
| ·研究的目的和意义 | 第9-10页 |
| ·国内外研究现状 | 第10-16页 |
| ·分子对接方法研究现状 | 第10-13页 |
| ·蛋白质对接方法研究现状 | 第13-16页 |
| ·本文的研究工作和内容安排 | 第16-17页 |
| 第2章 蛋白质对接相关知识简介 | 第17-26页 |
| ·蛋白质相关知识 | 第17-20页 |
| ·蛋白质分子组成 | 第17-19页 |
| ·蛋白质分子的层次结构 | 第19-20页 |
| ·蛋白质对接相关理论及方法 | 第20-22页 |
| ·分子间相互作用的热力学过程 | 第20-21页 |
| ·蛋白质对接与分子间结合机制 | 第21-22页 |
| ·蛋白质对接与分子间结合动力学 | 第22页 |
| ·蛋白质对接方法的应用及步骤 | 第22-25页 |
| ·全空间搜索 | 第23-24页 |
| ·打分排序 | 第24-25页 |
| ·结构优化 | 第25页 |
| ·本章小结 | 第25-26页 |
| 第3章 蛋白质对接全空间搜索算法 | 第26-45页 |
| ·蛋白质对接常用搜索算法 | 第26-30页 |
| ·蒙特卡洛算法 | 第26-27页 |
| ·模拟退火算法 | 第27-28页 |
| ·遗传算法 | 第28-30页 |
| ·蛋白质对接演化设计模型 | 第30-33页 |
| ·应用多种群遗传算法进行蛋白质对接 | 第33-42页 |
| ·概述 | 第33-37页 |
| ·空间收缩因子 | 第37页 |
| ·小种群策略 | 第37-38页 |
| ·参数自适应设计 | 第38-39页 |
| ·算法实现 | 第39-42页 |
| ·实验测试结果 | 第42-44页 |
| ·本章小结 | 第44-45页 |
| 第4章 蛋白质对接中打分函数设计 | 第45-54页 |
| ·对接结构的几何互补性评价 | 第45-46页 |
| ·双重过滤技术 | 第46-47页 |
| ·利用表面几何互补性过滤 | 第46页 |
| ·利用界面残基成对偏好性过滤 | 第46-47页 |
| ·静电相互作用和去水化自由能的介绍 | 第47-48页 |
| ·基于结合自由能的打分函数 | 第48-53页 |
| ·结合自由能 | 第48-49页 |
| ·基于结合自由能的打分函数 | 第49-50页 |
| ·实验结果及分析 | 第50-53页 |
| ·本章小结 | 第53-54页 |
| 第5章 蛋白质对接仿真系统的设计与实现 | 第54-61页 |
| ·仿真系统的构成 | 第54-55页 |
| ·仿真系统的流程及主要参数介绍 | 第55-56页 |
| ·仿真结果 | 第56-60页 |
| ·本章小结 | 第60-61页 |
| 结论 | 第61-62页 |
| 参考文献 | 第62-66页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第66-68页 |
| 致谢 | 第68页 |
