基于欧拉路径的并行DNA序列拼接
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-8页 |
| 第1章 绪论 | 第8-16页 |
| ·课题研究背景目的和意义 | 第8-9页 |
| ·基因组测序技术简介 | 第9-14页 |
| ·第一代测序技术 | 第9-10页 |
| ·第二代测序技术 | 第10-12页 |
| ·第二代测序技术的特点 | 第12-13页 |
| ·第二代测序技术应用 | 第13-14页 |
| ·DNA拼接研究现状 | 第14页 |
| ·论文的主要内容及章节安排 | 第14-16页 |
| 第2章 拼接算法研究 | 第16-26页 |
| ·DNA序列拼接的主要困难 | 第16-18页 |
| ·当前拼接策略分析 | 第18-23页 |
| ·贪婪算法 | 第19-20页 |
| ·交叠-排列-生成一致序列算法 | 第20页 |
| ·欧拉路径算法 | 第20-22页 |
| ·多数据集混合拼接 | 第22页 |
| ·当前拼接策略比较 | 第22-23页 |
| ·基于欧拉路径的并行拼接算法 | 第23-24页 |
| ·ABySS拼接算法 | 第23-24页 |
| ·P-Assembler拼接算法 | 第24页 |
| ·并行拼接算法改进 | 第24-25页 |
| ·小结 | 第25-26页 |
| 第3章 DNA并行拼接的实现 | 第26-39页 |
| ·并行拼接平台 | 第26页 |
| ·de Bruijn图存储技术 | 第26-28页 |
| ·分布存储de Bruijn图 | 第26-27页 |
| ·编码压缩de Bruijn图 | 第27-28页 |
| ·并行地构建de Bruijn图 | 第28-33页 |
| ·并行构建de Bruijn图顶点 | 第28-29页 |
| ·DNA序列错误的并行修正 | 第29-32页 |
| ·并行生成de Bruijn图 | 第32-33页 |
| ·并行生成单通路 | 第33-35页 |
| ·并行拼接单通路 | 第35-37页 |
| ·小结 | 第37-39页 |
| 第4章 拼接系统性能评价 | 第39-44页 |
| ·评测运行环境 | 第39页 |
| ·评测数据集的生成 | 第39-40页 |
| ·实验结果分析 | 第40-43页 |
| ·拼接算法正确性验证 | 第41页 |
| ·运行时间及空间与数据规模关系 | 第41-43页 |
| ·小结 | 第43-44页 |
| 结论 | 第44-45页 |
| 参考文献 | 第45-50页 |
| 致谢 | 第50页 |
