| 摘要 | 第6-7页 |
| abstract | 第7-8页 |
| 英文缩略表 | 第13-14页 |
| 第一章 引言 | 第14-24页 |
| 1.1 水生病毒概述 | 第14-16页 |
| 1.2 宿主-病毒-菌群互作研究进展 | 第16-21页 |
| 1.2.1 共生细菌影响病毒的致病性 | 第17-18页 |
| 1.2.2 机体抗病毒免疫 | 第18-19页 |
| 1.2.3 肠道菌群与宿主的先天性和适应性抗病毒免疫反应 | 第19-20页 |
| 1.2.4 病毒感染影响共生菌群的组成 | 第20-21页 |
| 1.3 模式生物斑马鱼在水生病毒研究中的应用 | 第21-22页 |
| 1.4 水生生物肠道菌群和抗病毒免疫 | 第22-23页 |
| 1.5 研究目的和意义 | 第23-24页 |
| 第二章 养殖鱼塘感染CyHV-2 病毒的鲤鱼肠道菌群分析 | 第24-30页 |
| 2.1 前言 | 第24页 |
| 2.2 材料 | 第24页 |
| 2.2.1 实验动物 | 第24页 |
| 2.2.2 实验试剂及仪器 | 第24页 |
| 2.3 方法 | 第24-26页 |
| 2.3.1 采样 | 第24页 |
| 2.3.2 样品处理 | 第24页 |
| 2.3.3 核酸提取 | 第24-25页 |
| 2.2.4 病毒测序鉴定 | 第25页 |
| 2.2.5 16SrRNA基因测序和分析 | 第25-26页 |
| 2.4 结果 | 第26-29页 |
| 2.4.1 流行病学特征 | 第26页 |
| 2.4.2 病毒测序鉴定 | 第26-27页 |
| 2.4.3 PCoA主坐标分析结果 | 第27页 |
| 2.4.4 LEfSe分析 | 第27-29页 |
| 2.5 讨论 | 第29-30页 |
| 第三章 不同病毒抗性的鲫鱼品系的肠道菌群分析 | 第30-34页 |
| 3.1 前言 | 第30页 |
| 3.2 材料 | 第30页 |
| 3.2.1 实验动物 | 第30页 |
| 3.2.2 实验试剂及仪器 | 第30页 |
| 3.3 方法 | 第30-31页 |
| 3.3.1 采样 | 第30页 |
| 3.3.2 样品处理 | 第30页 |
| 3.3.3 16SrRNA基因测序和分析 | 第30-31页 |
| 3.4 结果 | 第31-33页 |
| 3.4.1 PCoA主坐标分析结果 | 第31页 |
| 3.4.2 ANOSIM/Adonis分析结果 | 第31-32页 |
| 3.4.3 群落分析结果 | 第32页 |
| 3.4.4 多物种差异检验结果 | 第32-33页 |
| 3.5 讨论 | 第33-34页 |
| 第四章 成年斑马鱼病毒共浴感染模型的建立 | 第34-49页 |
| 4.1 前言 | 第34页 |
| 4.2 材料 | 第34页 |
| 4.2.1 实验动物、病毒等 | 第34页 |
| 4.2.2 主要试剂 | 第34页 |
| 4.2.3 主要仪器 | 第34页 |
| 4.3 病毒定量体系建立 | 第34-38页 |
| 4.3.1 细胞培养 | 第35页 |
| 4.3.2 病毒增殖 | 第35页 |
| 4.3.3 病毒RNA提取 | 第35-36页 |
| 4.3.4 SVCV G蛋白基因扩增 | 第36页 |
| 4.3.5 标准质粒的构建 | 第36-37页 |
| 4.3.6 mqRT-PCR测病毒载量 | 第37-38页 |
| 4.4 病毒共浴模型建立 | 第38-41页 |
| 4.4.1 斑马鱼养殖 | 第38页 |
| 4.4.2 注射攻毒 | 第38页 |
| 4.4.3 共浴攻毒 | 第38页 |
| 4.4.4 核酸提取 | 第38-39页 |
| 4.4.5 鱼体总带毒量检测 | 第39页 |
| 4.4.6 共浴鱼肠道菌群丰度检测标准质粒的构建 | 第39页 |
| 4.4.7 共浴鱼肠道菌群丰度检测 | 第39-40页 |
| 4.4.8 抗病毒免疫相关基因表达水平检测 | 第40-41页 |
| 4.4.9 数据分析 | 第41页 |
| 4.5 结果 | 第41-48页 |
| 4.5.1 SVCV感染EPC细胞 | 第41-42页 |
| 4.5.2 pLB-SVCV-FR标准质粒的构建 | 第42-43页 |
| 4.5.3 mqRT-PCR检测病毒载量 | 第43页 |
| 4.5.4 成年斑马鱼注射攻毒SVCV | 第43-44页 |
| 4.5.5 共浴1 月龄斑马鱼鱼体带毒量检测 | 第44-45页 |
| 4.4.6 共浴鱼肠道菌群丰度检测标准质粒的构建 | 第45页 |
| 4.5.7 共浴鱼肠道菌群丰度检测 | 第45-46页 |
| 4.5.8 抗病毒免疫相关基因表达水平检测 | 第46-48页 |
| 4.6 讨论 | 第48-49页 |
| 第五章 无菌斑马鱼病毒浸浴感染模型的建立 | 第49-55页 |
| 5.1 前言 | 第49页 |
| 5.2 材料 | 第49页 |
| 5.2.1 实验动物、病毒等 | 第49页 |
| 5.2.2 主要试剂 | 第49页 |
| 5.2.3 主要仪器 | 第49页 |
| 5.3 方法 | 第49-51页 |
| 5.3.1 无菌斑马鱼制备 | 第49-50页 |
| 5.3.2 无菌斑马鱼浸浴攻毒 | 第50页 |
| 5.3.3 无菌斑马鱼转接菌群24 h后浸浴攻毒 | 第50页 |
| 5.3.4 无菌斑马鱼转接菌群72 h后浸浴攻毒 | 第50-51页 |
| 5.3.5 数据分析 | 第51页 |
| 5.4 结果 | 第51-54页 |
| 5.4.1 SVCV浸浴攻毒无菌斑马鱼 | 第51-52页 |
| 5.4.2 SVCV浸浴攻毒转接菌后的无菌斑马鱼 | 第52-54页 |
| 5.5 讨论 | 第54-55页 |
| 第六章 全文结论 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-65页 |
| 致谢 | 第65-66页 |
| 作者简介 | 第66页 |