| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第一章 利用分子诊断提高儿童神经纤维瘤患者的诊断效率 | 第9-24页 |
| 1.1 背景 | 第9-13页 |
| 1.2 材料与方法 | 第13-19页 |
| 1.2.1 患者信息 | 第13-14页 |
| 1.2.2 Sanger测序检测 | 第14页 |
| 1.2.3 基因芯片检测 | 第14-19页 |
| 1.3 结果 | 第19-21页 |
| 1.3.1 患者表型分析 | 第19-21页 |
| 1.3.2 基因检测结果 | 第21页 |
| 1.4 结论 | 第21-24页 |
| 第二章 外显子组测序数据检测拷贝数变异方法的评估 | 第24-50页 |
| 2.1 背景 | 第24-29页 |
| 2.2 材料与方法 | 第29-42页 |
| 2.2.1 患者数据来源 | 第29-30页 |
| 2.2.2 外显子组数据及分析流程 | 第30-40页 |
| 2.2.3 基因芯片数据及分析流程 | 第40-42页 |
| 2.3 结果 | 第42-47页 |
| 2.3.1 外显子组测序数据的质控 | 第42-43页 |
| 2.3.2 基因芯片和三种基于外显子组的算法检测CNV检出率的比较 | 第43-44页 |
| 2.3.3 基于不同算法的外显子组CNV检测敏感性 | 第44-45页 |
| 2.3.4 XHMM和 CoNIFER检出的CNV比较 | 第45页 |
| 2.3.5 CNVnator检测CNV的特点 | 第45-47页 |
| 2.4 结论 | 第47-50页 |
| 第三章 利用高通量测序新建库技术检测结构性变异的断裂位点 | 第50-77页 |
| 3.1 背景 | 第50-52页 |
| 3.2 材料与方法 | 第52-70页 |
| 3.2.1 样本信息 | 第52-53页 |
| 3.2.2 基因组DNA抽提 | 第53-54页 |
| 3.2.3 通用接头准备和锚定引物设计 | 第54-57页 |
| 3.2.4 利用锚定PCR扩增可能包含不同类型结构性变异的位点 | 第57-61页 |
| 3.2.5 对捕获的扩增子进行建库并测序 | 第61-62页 |
| 3.2.6 Ion Torrent模板制备 | 第62-64页 |
| 3.2.7 富集template-positive ISPs | 第64页 |
| 3.2.8 PGM初始化 | 第64-65页 |
| 3.2.9 准备dNTP溶液 | 第65-66页 |
| 3.2.10 314V2芯片的上样准备及测序 | 第66-68页 |
| 3.2.11 数据分析 | 第68-70页 |
| 3.3 结果 | 第70-73页 |
| 3.3.1 覆盖断裂位点的 PCR 扩增反应效果 | 第70-71页 |
| 3.3.2 染色体重复患者断裂位点分析 | 第71-72页 |
| 3.3.3 染色体重复患者断裂位点分析 | 第72-73页 |
| 3.4 结论 | 第73-77页 |
| 第四章 结束语 | 第77-79页 |
| 4.1 主要工作与创新点 | 第77页 |
| 4.2 后续研究工作 | 第77-79页 |
| 参考文献 | 第79-89页 |
| 致谢 | 第89-91页 |
| 攻读博士学位期间已发表或录用的论文 | 第91-92页 |
| 附件 | 第92-101页 |
