| 中文摘要 | 第4-6页 |
| abstract | 第6-7页 |
| 第1章 引言 | 第10-19页 |
| 1.1 组蛋白翻译后修饰与疾病 | 第10-16页 |
| 1.1.1 组蛋白翻译后修饰概述 | 第10-11页 |
| 1.1.2 组蛋白乙酰化修饰 | 第11-14页 |
| 1.1.3 p300/CBP蛋白与疾病 | 第14-16页 |
| 1.2 基于结构的药物设计 | 第16-17页 |
| 1.3 研究目的和内容 | 第17-19页 |
| 第2章 理论基础与计算方法 | 第19-32页 |
| 2.1 分子力学 | 第19-22页 |
| 2.1.1 分子力场 | 第19-20页 |
| 2.1.2 一级微商算法 | 第20-21页 |
| 2.1.3 二级微商算法 | 第21-22页 |
| 2.2 分子动力学 | 第22-27页 |
| 2.2.1 基本理论 | 第22-23页 |
| 2.2.2 积分算法 | 第23-25页 |
| 2.2.3 初始化 | 第25-26页 |
| 2.2.4 长程静电力 | 第26-27页 |
| 2.3 结合自由能计算 | 第27-29页 |
| 2.3.1 基本原理 | 第27-28页 |
| 2.3.2 MM-GB/SA方法介绍 | 第28-29页 |
| 2.4 AMBER的介绍 | 第29-32页 |
| 2.4.1 AMBER主要模块 | 第29-30页 |
| 2.4.2 AMBER力场 | 第30-32页 |
| 第3章 不同小分子抑制剂的结构特性和与CBP蛋白溴结构域结合模式差异的理论研究 | 第32-52页 |
| 3.1 引言 | 第32-33页 |
| 3.2 理论计算方法与细节 | 第33-35页 |
| 3.2.1 体系前处理 | 第33页 |
| 3.2.2 分子动力学模拟 | 第33-34页 |
| 3.2.3 结合自由能分析 | 第34页 |
| 3.2.4 基于结构的药物设计 | 第34-35页 |
| 3.2.5 药物毒性计算 | 第35页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第35-51页 |
| 3.3.1 稳定性分析 | 第35-36页 |
| 3.3.2 能量分析 | 第36-41页 |
| 3.3.3 相互作用分析 | 第41-45页 |
| 3.3.4 基于结构的抑制剂设计 | 第45-51页 |
| 3.4 小结 | 第51-52页 |
| 参考文献 | 第52-65页 |
| 个人简介及攻读硕士学位期间发表论文 | 第65-66页 |
| 致谢 | 第66页 |