| 摘要 | 第4-6页 |
| abstract | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第10-14页 |
| 1.1 NAT家族的组成及特征 | 第10-11页 |
| 1.2 NAT家族蛋白的功能 | 第11-12页 |
| 1.3 研究背景和研究对象 | 第12-14页 |
| 1.3.1 蛋白质UraA的机构 | 第12页 |
| 1.3.2 计算机分子模拟 | 第12-13页 |
| 1.3.3 研究对象与研究意义 | 第13-14页 |
| 第2章 理论基础与计算方法 | 第14-23页 |
| 2.1 分子模拟理论基础 | 第14-15页 |
| 2.1.1 薛定谔方程 | 第14页 |
| 2.1.2 Born-Oppenheimer近似 | 第14-15页 |
| 2.1.3 单电子近似 | 第15页 |
| 2.2 分子力场 | 第15-17页 |
| 2.2.1 力场的能量表示 | 第15-16页 |
| 2.2.2 几种常见的分子力场 | 第16-17页 |
| 2.3 分子力学及优化算法 | 第17-19页 |
| 2.3.1 分子力学 | 第17-18页 |
| 2.3.2 常用的优化算法 | 第18-19页 |
| 2.4 分子模拟 | 第19-21页 |
| 2.4.1 分子动力学模拟计算基本原理 | 第19-20页 |
| 2.4.2 牛顿运动方程式的数值解法 | 第20-21页 |
| 2.5 恒温恒压下的分子动力学模拟的实现 | 第21页 |
| 2.6 主成分分析 | 第21-23页 |
| 第3章 分子动力学模拟研究大肠杆菌尿嘧啶转运蛋白UraA的构象变化 | 第23-37页 |
| 3.1 引言 | 第23-24页 |
| 3.2 计算方法和步骤 | 第24-26页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第26-35页 |
| 3.3.1 整体结构的稳定性和柔性分析 | 第26-29页 |
| 3.3.2 PPD+L和PPD-L的相关性运动的分析 | 第29-32页 |
| 3.3.3 跨膜区域TM5-TM7功能分析 | 第32-34页 |
| 3.3.4 “质子触发”位点Glu290附近氢键分析 | 第34-35页 |
| 3.4 结论 | 第35-37页 |
| 参考文献 | 第37-40页 |
| 个人简介及攻读学位期间发表论文 | 第40-41页 |
| 致谢 | 第41页 |
