| 中文摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5-6页 |
| 第一章 引言 | 第9-14页 |
| §1.1 古生菌概述 | 第9-10页 |
| §1.2 极端嗜热蛋白简介 | 第10-12页 |
| §1.3 RNA结构和功能 | 第12-13页 |
| §1.4 研究目的及内容 | 第13-14页 |
| 第二章 理论基础和计算方法 | 第14-24页 |
| §2.1 分子力学 | 第14-17页 |
| §2.2 分子动力学模拟 | 第17-19页 |
| §2.3 结合自由能计算 | 第19-21页 |
| §2.4 相关软件介绍 | 第21-24页 |
| §2.4.1 AMBER概述 | 第21-22页 |
| §2.4.2 GROMACS概述 | 第22-24页 |
| 第三章 极端嗜热蛋白SSH10B的热稳定性以及对RNA构象影响的分子动力学模拟研究 | 第24-56页 |
| §3.1 引言 | 第24-25页 |
| §3.2 理论方法 | 第25-28页 |
| §3.2.1 模型的建立 | 第25-26页 |
| §3.2.2 分子动力学模拟 | 第26-27页 |
| §3.2.3 结合自由能计算 | 第27-28页 |
| §3.3 结果与讨论 | 第28-55页 |
| §3.3.1 Ssh10b-RNA复合物结构分析 | 第28-34页 |
| §3.3.2 RNA结构稳定性以及构象变化 | 第34-38页 |
| §3.3.2.1 RNA结构稳定性 | 第34-36页 |
| §3.3.2.2 RNA构象变化 | 第36-38页 |
| §3.3.3 Ssh10b-RNA复合物能量分析 | 第38-49页 |
| §3.3.3.1 结合自由能分析 | 第38-41页 |
| §3.3.3.2 自由能分解 | 第41-49页 |
| §3.3.4 Ssh10b-RNA相互作用分析 | 第49-55页 |
| §3.3.4.1 盐桥分析 | 第49-51页 |
| §3.3.4.2 氢键分析 | 第51-53页 |
| §3.3.4.3 疏水分析 | 第53-55页 |
| §3.4 结论 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-74页 |
| 个人简介及攻读学位期间所发表论文 | 第74-75页 |
| 致谢 | 第75页 |