| 摘要 | 第6-7页 |
| abstract | 第7-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-40页 |
| 1.1 引言 | 第17-18页 |
| 1.2 生物膜参与的生理活动 | 第18页 |
| 1.3 生物膜基质成分 | 第18-20页 |
| 1.3.1 胞外多糖 | 第18-19页 |
| 1.3.2 蛋白质 | 第19-20页 |
| 1.3.3 胞外DNA | 第20页 |
| 1.4 生物膜形成的调控 | 第20-36页 |
| 1.4.1 影响生物膜形成的外界信号 | 第21-25页 |
| 1.4.2 第二信使分子：环二鸟苷酸(c-di-GMP) | 第25-28页 |
| 1.4.3 Sigma因子 | 第28-32页 |
| 1.4.4 Gac/Rsm系统 | 第32-36页 |
| 1.5 施氏假单胞菌A1501生物膜研究进展 | 第36-38页 |
| 1.6 立题依据和技术路线 | 第38-40页 |
| 1.6.1 立题依据 | 第38页 |
| 1.6.2 技术路线 | 第38-40页 |
| 第二章 施氏假单胞菌A1501固氮生物膜特性分析 | 第40-54页 |
| 2.1 材料 | 第40-42页 |
| 2.1.1 菌株 | 第40页 |
| 2.1.2 培养基 | 第40-42页 |
| 2.1.3 酶、化学试剂、试剂盒 | 第42页 |
| 2.1.4 主要仪器 | 第42页 |
| 2.2 方法 | 第42-45页 |
| 2.2.1 菌株培养条件 | 第42页 |
| 2.2.2 生物膜定量测定实验 | 第42页 |
| 2.2.3 摇床培养固氮酶活测定 | 第42-43页 |
| 2.2.4 生物膜固氮酶活测定 | 第43页 |
| 2.2.5 RealtimePCR | 第43-44页 |
| 2.2.6 水稻根分泌物和根提取物的制备 | 第44-45页 |
| 2.3 实验结果 | 第45-52页 |
| 2.3.1 不同培养基对施氏假单胞菌A1501生物膜形成的影响 | 第45-46页 |
| 2.3.2 不同NH4+浓度对施氏假单胞菌A1501生物膜形成的影响 | 第46页 |
| 2.3.3 不同碳源对施氏假单胞菌A1501生物膜形成的影响 | 第46-48页 |
| 2.3.4 A1501生物膜形成提高固氮酶活对O2和NH4+的耐受性 | 第48-51页 |
| 2.3.5 水稻根分泌物和根提取物对生物膜形成的影响 | 第51-52页 |
| 2.4 讨论 | 第52-54页 |
| 第三章 RsmA调控A1501生物膜形成的分子机制 | 第54-73页 |
| 3.1 材料 | 第54-59页 |
| 3.1.1 菌株和质粒 | 第54-55页 |
| 3.1.2 培养基与缓冲液 | 第55-58页 |
| 3.1.3 抗生素储存液以及工作浓度 | 第58页 |
| 3.1.4 酶、化学试剂、试剂盒 | 第58页 |
| 3.1.5 主要仪器 | 第58-59页 |
| 3.2 方法 | 第59-64页 |
| 3.2.1 RsmA蛋白在大肠杆菌中的表达与纯化 | 第59-60页 |
| 3.2.2 寡聚核苷酸RNA的制备 | 第60-61页 |
| 3.2.3 RNA凝胶阻滞实验 | 第61-62页 |
| 3.2.4 C-di-GMP的提取 | 第62页 |
| 3.2.5 利用HPLC-MS/MS检测c-di-GMP的含量 | 第62-63页 |
| 3.2.6 胞外总多糖的提取 | 第63页 |
| 3.2.7 硫酸苯酚法测定胞外多糖 | 第63页 |
| 3.2.8 Westernblot | 第63-64页 |
| 3.2.9 细菌Swimming运动能力测定 | 第64页 |
| 3.3 实验结果 | 第64-71页 |
| 3.3.1 RsmA转录后调控AlgU的表达 | 第64-66页 |
| 3.3.2 AlgU的突变和过量表达对胞外多糖合成的影响 | 第66-67页 |
| 3.3.3 AlgU的突变和过量表达对生物膜形成的影响 | 第67-68页 |
| 3.3.4 RsmA转录后调控SadC的表达 | 第68-70页 |
| 3.3.5 SadC的突变和过量表达对c-di-GMP含量的影响 | 第70-71页 |
| 3.3.6 SadC的突变和过量表达对生物膜形成的影响 | 第71页 |
| 3.4 讨论 | 第71-73页 |
| 第四章 非编码RNARsmY和RsmZ对生物膜形成的调控分析 | 第73-90页 |
| 4.1 材料 | 第73-75页 |
| 4.1.1 菌株与质粒 | 第73-74页 |
| 4.1.2 培养基 | 第74页 |
| 4.1.3 抗生素储存液以及工作浓度 | 第74页 |
| 4.1.4 酶、化学试剂、试剂盒 | 第74页 |
| 4.1.5 主要仪器 | 第74-75页 |
| 4.1.6 缓冲液 | 第75页 |
| 4.2 方法 | 第75-79页 |
| 4.2.1 菌株培养条件 | 第75页 |
| 4.2.2 质粒的小量快速提取 | 第75-76页 |
| 4.2.3 琼脂糖DNA的回收纯化 | 第76页 |
| 4.2.4 细菌基因组DNA的提取 | 第76页 |
| 4.2.5 Northernblot | 第76-78页 |
| 4.2.6 DigitaldropletPCR | 第78页 |
| 4.2.7 RNA凝胶阻滞实验 | 第78-79页 |
| 4.3 实验结果 | 第79-88页 |
| 4.3.1 RsmX、RsmY和RsmZ的序列分析 | 第79-80页 |
| 4.3.2 凝胶阻滞检测RsmX、RsmY和RsmZ与RsmA的相互作用 | 第80-83页 |
| 4.3.3 MST检测RsmY和RsmZ与RsmA的相互作用 | 第83-85页 |
| 4.3.4 RsmY和RsmZ突变和过量表达对生物膜形成的影响 | 第85页 |
| 4.3.5 GacA对非编码RNARsmX、RsmY和RsmZ表达的调控 | 第85-87页 |
| 4.3.6 RpoS抑制RsmZ的表达 | 第87-88页 |
| 4.4 讨论 | 第88-90页 |
| 第五章 RpoN对固氮生物膜形成的调控机制 | 第90-102页 |
| 5.1 材料 | 第90-91页 |
| 5.1.1 菌株与质粒 | 第90页 |
| 5.1.2 培养基与试剂 | 第90-91页 |
| 5.1.3 抗生素储存液以及工作浓度 | 第91页 |
| 5.1.4 酶、化学试剂、试剂盒 | 第91页 |
| 5.1.5 主要仪器 | 第91页 |
| 5.2 方法 | 第91-94页 |
| 5.2.1 菌株培养条件 | 第91-92页 |
| 5.2.2 生物膜实验 | 第92页 |
| 5.2.3 固氮酶活实验 | 第92页 |
| 5.2.4 RpoN蛋白的表达与纯化 | 第92-93页 |
| 5.2.5 凝胶阻滞实验 | 第93-94页 |
| 5.2.6 胞外总多糖的提取 | 第94页 |
| 5.2.7 硫酸苯酚法测定胞外多糖 | 第94页 |
| 5.3 实验结果 | 第94-100页 |
| 5.3.1 RpoN的突变对固氮生物膜形成的影响 | 第94-95页 |
| 5.3.2 RpoN突变株中固氮生物膜形成相关基因的表达分析 | 第95-96页 |
| 5.3.3 施氏假单胞菌A1501胞外多糖合成基因的遗传分析 | 第96页 |
| 5.3.4 RpoN蛋白与nifA和pslA启动子的相互作用 | 第96-97页 |
| 5.3.5 PslA的突变对胞外多糖合成与生物膜形成的影响 | 第97-98页 |
| 5.3.6 PslA的突变对固氮酶活的测定 | 第98-100页 |
| 5.4 讨论 | 第100-102页 |
| 第六章 结论 | 第102-104页 |
| 参考文献 | 第104-119页 |
| 致谢 | 第119-120页 |
| 作者简介 | 第120页 |
