结合基因组和转录组学解析斑马演化模式
| 摘要 | 第3-6页 |
| abstract | 第6-8页 |
| 缩略语表 | 第15-16页 |
| 第一章 斑马全基因组测序分析 | 第16-66页 |
| 1 引言 | 第16-35页 |
| 1.1 马科动物 | 第16-22页 |
| 1.1.1 马属动物简介 | 第16页 |
| 1.1.2 斑马 | 第16-20页 |
| 1.1.3 马属动物相关研究概述 | 第20-22页 |
| 1.2 基因组学研究 | 第22-34页 |
| 1.2.1 基因组学的研究技术及进展 | 第23-26页 |
| 1.2.2 第二代测序技术流程及应用 | 第26-34页 |
| 1.3 研究目的与意义 | 第34-35页 |
| 2 材料与方法 | 第35-39页 |
| 2.1 基因组测序及组装 | 第35-36页 |
| 2.1.1 DNA文库构建及测序 | 第35-36页 |
| 2.1.2 原始数据的处理 | 第36页 |
| 2.1.3 基因组组装及评估 | 第36页 |
| 2.2 基因组注释 | 第36-37页 |
| 2.2.1 重复序列注释 | 第36页 |
| 2.2.2 非编码序列注释 | 第36页 |
| 2.2.3 蛋白编码基因注释 | 第36-37页 |
| 2.3 基因组变异分析 | 第37页 |
| 2.3.1 序列比对 | 第37页 |
| 2.3.2 变异的检测 | 第37页 |
| 2.4 基因组进化分析 | 第37-39页 |
| 2.4.1 基因家族鉴定 | 第37页 |
| 2.4.2 系统发育分析 | 第37-38页 |
| 2.4.3 种群历史分析 | 第38页 |
| 2.4.4 快速进化基因分析 | 第38页 |
| 2.4.5 基因组共线性分析 | 第38-39页 |
| 3 结果与分析 | 第39-57页 |
| 3.1 基因组测序与组装 | 第39-42页 |
| 3.1.1 测序数据及统计 | 第39-41页 |
| 3.1.2 斑马基因组组装 | 第41-42页 |
| 3.1.3 基因组组装结果评估 | 第42页 |
| 3.2 斑马基因组注释 | 第42-45页 |
| 3.2.1 重复序列注释 | 第42-43页 |
| 3.2.2 非编码RNA注释 | 第43页 |
| 3.2.3 蛋白编码基因注释 | 第43-44页 |
| 3.2.4 编码基因功能注释 | 第44-45页 |
| 3.3 基因组遗传变异分析 | 第45-50页 |
| 3.3.1 序列比对分析 | 第45页 |
| 3.3.2 遗传变异检测 | 第45-50页 |
| 3.4 比较基因组分析 | 第50-57页 |
| 3.4.1 基因家族鉴定 | 第50-51页 |
| 3.4.2 系统发育分析 | 第51-52页 |
| 3.4.3 种群历史分析 | 第52-54页 |
| 3.4.4 快速进化基因分析 | 第54-55页 |
| 3.4.5 共线性分析 | 第55-57页 |
| 4 讨论 | 第57-65页 |
| 4.1 斑马基因组测序与组装注释 | 第57-59页 |
| 4.2 斑马基因组进化分析 | 第59-65页 |
| 4.2.1 同源基因分析 | 第59-60页 |
| 4.2.2 系统发育分析 | 第60-62页 |
| 4.2.3 共线性分析 | 第62-65页 |
| 5 结论 | 第65-66页 |
| 第二章 斑马不同组织的转录组学分析 | 第66-126页 |
| 1 引言 | 第66-72页 |
| 1.1 转录组测序概述 | 第66页 |
| 1.2 无参转录组测序流程 | 第66-67页 |
| 1.3 转录组测序应用 | 第67-69页 |
| 1.4 小RNA测序及应用 | 第69-71页 |
| 1.5 研究目的与意义 | 第71-72页 |
| 2 材料与方法 | 第72-78页 |
| 2.1 试验材料 | 第72-73页 |
| 2.1.1 试验动物 | 第72页 |
| 2.1.2 样品采集 | 第72-73页 |
| 2.1.3 试验试剂耗材 | 第73页 |
| 2.1.4 试验仪器设备 | 第73页 |
| 2.2 试验方法 | 第73-78页 |
| 2.2.1 平原斑马组织总RNA提取 | 第73-74页 |
| 2.2.2 总RNA的质量检测 | 第74-75页 |
| 2.2.3 总RNA的反转录 | 第75页 |
| 2.2.4 转录组测序分析 | 第75-77页 |
| 2.2.5 转录组水平的正选择分析 | 第77页 |
| 2.2.6 小RNA测序分析 | 第77-78页 |
| 3 结果与分析 | 第78-116页 |
| 3.1 不同组织转录组分析结果 | 第78-100页 |
| 3.1.1 总RNA的质检结果 | 第78-79页 |
| 3.1.2 原始序列质量评估 | 第79-81页 |
| 3.1.3 转录本拼接 | 第81页 |
| 3.1.4 基因功能注释 | 第81-86页 |
| 3.1.5 分子标记鉴定 | 第86-88页 |
| 3.1.6 基因表达水平分析 | 第88-93页 |
| 3.1.7 差异基因分析 | 第93-97页 |
| 3.1.8 差异基因功能富集分析 | 第97-100页 |
| 3.2 转录组水平的正选择分析 | 第100-103页 |
| 3.3 小RNA测序分析结果 | 第103-116页 |
| 3.3.1 测序数据质量评估 | 第103-105页 |
| 3.3.2 小RNA分类注释 | 第105-108页 |
| 3.3.3 miRNA家族分析 | 第108-109页 |
| 3.3.4 miRNA表达及差异分析 | 第109-116页 |
| 4 讨论 | 第116-124页 |
| 4.1 转录组测序分析 | 第116-120页 |
| 4.2 转录组水平的正选择分析 | 第120-122页 |
| 4.3 小RNA测序分析 | 第122-124页 |
| 5 结论 | 第124-126页 |
| 致谢 | 第126-127页 |
| 参考文献 | 第127-139页 |
| 作者简介 | 第139页 |
