| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 略语表 | 第12-13页 |
| 1 前言 | 第13-27页 |
| 1.1 玉米穗行数是重要的产量构成因子 | 第13页 |
| 1.2 玉米穗行数的形成与雌花花序发育密切相关 | 第13-15页 |
| 1.3 玉米花序发育突变体的遗传分析 | 第15-20页 |
| 1.3.1 控制玉米花序分生组织转换的重要基因 | 第16-17页 |
| 1.3.2 控制玉米花序分生组织建成和维系的重要基因 | 第17-18页 |
| 1.3.3 控制玉米花序分枝的重要基因 | 第18-19页 |
| 1.3.4 参与玉米花序发育的miRNA及靶基因 | 第19-20页 |
| 1.4 玉米复杂数量性状遗传解析的主要方法 | 第20-24页 |
| 1.4.1 连锁分析与玉米数量性状QTL定位 | 第20-21页 |
| 1.4.2 关联分析与玉米复杂数量性状的全基因组解析 | 第21-23页 |
| 1.4.3 结合连锁分析和关联分析解析复杂数量性状遗传基础 | 第23-24页 |
| 1.5 全基因组选择是作物遗传改良的发展方向 | 第24-25页 |
| 1.6 研究目的与意义 | 第25-27页 |
| 2 材料与方法 | 第27-35页 |
| 2.1 玉米穗行数的全基因关联分析 | 第27-28页 |
| 2.2 多群体的穗行数QTL连锁分析 | 第28-29页 |
| 2.3 玉米穗行数的全基因组预测（WGP） | 第29-31页 |
| 2.4 玉米穗行数主效QTL KRN4 的近等基因系构建及表型分析 | 第31-32页 |
| 2.5 KRN4 的精细定位和克隆 | 第32页 |
| 2.6 候选基因的表达分析 | 第32-33页 |
| 2.7 突变体的表型分析 | 第33页 |
| 2.8 KRN4 位点的遗传多样性及分子进化研究 | 第33-34页 |
| 2.9 KRN4 位点育种价值的探究 | 第34-35页 |
| 3 结果与分析 | 第35-71页 |
| 3.1 玉米穗行数的全基因组关联分析 | 第35-41页 |
| 3.2 穗行数QTL的连锁定位 | 第41-45页 |
| 3.3 穗行数关联位点与穗行数QTL的共定位分析 | 第45-46页 |
| 3.4 玉米穗行数的全基因组预测（WGP） | 第46-49页 |
| 3.5 利用高密度的SNP对KRN4 位点的关联分析 | 第49-50页 |
| 3.6 KRN4 位点近等基因系的构建及效应分析 | 第50-53页 |
| 3.7 KRN4 的精细定位和克隆 | 第53-54页 |
| 3.8 KRN4 与UB3 基因的表达和穗行数的关系分析 | 第54-57页 |
| 3.9 KRN4 和UB3 的序列多样性及控制穗行数功能位点分析 | 第57-61页 |
| 3.10 KRN4 位点的分子进化研究 | 第61-66页 |
| 3.11 玉米UB3 突变体的表型分析 | 第66-69页 |
| 3.12 KRN4 优良单倍型的分子标记辅助选择（MAS） | 第69-71页 |
| 4 讨论 | 第71-82页 |
| 4.1 玉米穗行数的遗传基础 | 第71-72页 |
| 4.2 玉米穗行数的全基因组预测 | 第72-75页 |
| 4.2.1 全基因组选择参数的选取 | 第73页 |
| 4.2.2 标记密度对全基因预测准确性的影响 | 第73-75页 |
| 4.2.3 全基因组选择群体的亲缘关系和群体大小 | 第75页 |
| 4.3 KRN4 调控UB3 基因的表达进而影响玉米穗行数数量变异 | 第75-78页 |
| 4.3.1 KRN4 调控UB3 基因的表达影响玉米穗行数数量变异 | 第75-76页 |
| 4.3.2 KRN4 可能通过远距离的顺式作用调控UB3 基因表达 | 第76-77页 |
| 4.3.3 KRN4 可能通过表达小RNA对UB3 的表达进行反式调控 | 第77-78页 |
| 4.4 KRN4 与UB3 的遗传互作具有更大的遗传效应 | 第78页 |
| 4.5 KRN4 位点是玉米驯化和遗传改良的选择靶点 | 第78-80页 |
| 4.6 总结 | 第80-82页 |
| 5 参考文献 | 第82-96页 |
| 附录一 Panel 1 的513份自交系群体的详细信息 | 第96-100页 |
| 附录二 玉米总DNA的小量提取(CTAB法) | 第100页 |
| 附录三 PCR体系和程序 | 第100页 |
| 附录四 PAGE胶制备和SSR PCR产物检测 | 第100-103页 |
| 附录五 用于全基因组选择的54份杂交种的亲本信息 | 第103-104页 |
| 附录六 种子胚乳DNA提取方法 | 第104-105页 |
| 附录七 本实验所用的引物信息 | 第105-106页 |
| 附录八 植物总RNA的提取 | 第106页 |
| 附录九 植物总RNA纯化 | 第106-107页 |
| 附录十 RNA的反转录 | 第107-108页 |
| 附录十一 表达分析所用的引物信息 | 第108-109页 |
| 附录十二 用于表达分析的38个自交系的信息 | 第109-110页 |
| 附录十三 本研究所涉及的大刍草的材料信息 | 第110-112页 |
| 附录十四 全基因组关联分析的Manhattan图 | 第112-113页 |
| 附录十五 KRN4 位点重组单株的子代测验 | 第113-114页 |
| 附录十六 在读期间发表及投稿论文 | 第114-115页 |
| 致谢 | 第115-116页 |
