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柑橘全基因组DNA甲基化分析及调控作用研究

摘要第7-9页
Abstract第9-11页
缩略词表第12-13页
第一章 前言第13-31页
    1.1 课题的提出第13-14页
    1.2 前人研究进展第14-29页
        1.2.1 什么是表观遗传第14页
        1.2.2 表观调控机制第14-15页
        1.2.3 DNA甲基化第15-20页
        1.2.4 组蛋白修饰第20-23页
        1.2.5 表观基因组第23页
        1.2.6 DNA甲基化的研究方法第23-26页
        1.2.7 DNA甲基化的功能第26-29页
    1.3 本研究的目的和内容第29-31页
第二章 柑橘果实发育过程中DNA甲基化变化第31-48页
    2.1 引言第31-32页
    2.2 材料与方法第32-35页
        2.2.1 实验材料第32页
        2.2.2 实验方法第32-35页
    2.3 结果与分析第35-44页
        2.3.1 高效毛细管电泳测定DNA甲基化方法的建立和甜橙中不同组织的DNA甲基化水平第35-36页
        2.3.2 柑橘果实发育时期DNA甲基化水平的变化第36-37页
        2.3.3 DNA甲基化相关基因的克隆及Southern杂交分析第37-39页
        2.3.4 DNA甲基化相关基因在甜橙不同组织的表达模式第39-40页
        2.3.5 DNA甲基化相关基因在不同果实发育时期的表达模式第40-42页
        2.3.6 暗柳橙和红暗柳橙中类胡萝卜素关键基因PSY和LCYB的甲基化分析第42-44页
    2.4 讨论第44-48页
        2.4.1 甜橙DNA甲基化水平与其他物种的比较第44-45页
        2.4.2 DNA甲基化在不同组织和不同发育时期的特异性第45-46页
        2.4.3 柑橘中的DNA甲基转移酶及其表达特性第46页
        2.4.4 PSY和LCYB基因的甲基化修饰第46-48页
第三章 去甲基化处理对柑橘愈伤中类胡萝卜素积累的影响第48-71页
    3.1 引言第48-49页
    3.2 材料方法第49-52页
        3.2.1 实验材料第49-50页
        3.2.2 实验方法第50-52页
    3.3 结果与分析第52-67页
        3.3.1 5-氮胞苷处理造成了愈伤中类胡萝卜素的降解第52-54页
        3.3.2 5-氮胞苷处理显著上调了类胡萝卜素代谢中CCD1的表达第54-56页
        3.3.3 CpCCD1具有降解类胡萝卜素的功能第56-57页
        3.3.4 去甲基化并不是直接激活CpCCD1的原因第57-59页
        3.3.5 5-氮胞苷处理诱导DNA甲基转移酶基因的上调表达第59页
        3.3.6 5-氮胞苷处理后的ABA分析第59-60页
        3.3.7 5-氮胞苷处理对愈伤表达谱的影响第60-63页
        3.3.8 5-氮胞苷处理对全基因组甲基化的影响第63-66页
        3.3.9 5-氮胞苷处理对初生代谢物的影响第66-67页
    3.4 讨论第67-71页
        3.4.1 愈伤中类胡萝卜素的存贮方式为CCD1提供了降解底物第67-68页
        3.4.2 CpCCD1的上调表达与DNA甲基化第68页
        3.4.3 5-氮胞苷处理的去甲基化作用具有全基因组范围内的随机性第68-69页
        3.4.4 5-氮胞苷处理诱导柑橘愈伤类胡萝卜素降解机制的假定模型第69-71页
第四章 柑橘多胚发育过程中DNA甲基化的调控作用第71-85页
    4.1 引言第71-72页
    4.2 材料方法第72-74页
        4.2.1 实验材料第72-73页
        4.2.2 实验方法第73-74页
    4.3 结果与分析第74-82页
        4.3.1 多胚发育过程中的转录组分析第74-76页
        4.3.2 全基因组甲基化解析柑橘多胚发育过程第76-78页
        4.3.3 柑橘多胚发育过程中甲基化组和转录组的联合分析第78-79页
        4.3.4 柑橘有性生殖胚珠发育过程的全基因组甲基化分析第79-81页
        4.3.5 遗传定位的多胚控制区域内的变化第81-82页
    4.4 讨论第82-85页
第五章 甜橙中组蛋白修饰酶基因的鉴定与分析第85-108页
    5.1 引言第85-86页
    5.2 材料方法第86-89页
        5.2.1 实验材料第86-87页
        5.2.2 实验方法第87-89页
    5.3 结果与分析第89-104页
        5.3.1 甜橙基因组中的HMs(Histone Modification genes)第89-90页
        5.3.2 CsHMs的基因组分布第90-91页
        5.3.3 CsHMs的聚类、结构域和基因结构分析第91-96页
        5.3.4 CsHMs在不同组织中的表达分析第96-97页
        5.3.5 CsHMs在果实发育时期的表达分析第97-101页
        5.3.6 青霉菌侵染后CsHMs的表达模式第101-103页
        5.3.7 CsSDG7的功能研究第103-104页
    5.4 讨论第104-108页
        5.4.1 甜橙中组蛋白修饰基因家族成员与其他物种的比较第105页
        5.4.2 SDG家族参与果实成熟过程和调控类胡萝卜素代谢第105-106页
        5.4.3 柑橘中组蛋白去甲基化及乙酰化/去乙酰化基因的潜在功能第106-107页
        5.4.4 柑橘组蛋白修饰基因对青霉菌侵染的响应第107-108页
第六章 总结与展望第108-110页
参考文献第110-125页
附录第125-140页
    附录I 培养基配方第125-126页
    附录II 附表第126-133页
    附录III 图版与说明第133-139页
    附录IV 个人简介及发表论文列表第139-140页
致谢第140-141页

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