| 缩略词表 | 第1-6页 |
| 中文摘要 | 第6-9页 |
| Abstract | 第9-12页 |
| 第一章 前言 | 第12-18页 |
| ·实验方法 | 第12-13页 |
| ·X 射线晶体衍射 | 第12-13页 |
| ·核磁共振 | 第13页 |
| ·其它结构测定方法 | 第13页 |
| ·生物信息学方法 | 第13-16页 |
| ·研究蛋白质中的 RNA 结合域 | 第14-15页 |
| ·通过各种特征，采用统计分析或者机器学习方法 | 第15-16页 |
| ·采用分子动力学模拟结合过程 | 第16页 |
| ·研究现状讨论 | 第16-18页 |
| 第二章 数据来源 | 第18-34页 |
| ·蛋白质-RNA 相互作用数据库 | 第18-22页 |
| ·PDB 数据库 | 第18页 |
| ·RBPDB 数据库 | 第18-19页 |
| ·PRIDB 数据库 | 第19-20页 |
| ·NPInter 数据库 | 第20-21页 |
| ·Rice RBP 数据库 | 第21-22页 |
| ·数据来源 | 第22-27页 |
| ·PDB 数据格式 | 第27-28页 |
| ·数据预处理 | 第28-30页 |
| ·定义与 RNA 相互作用的氨基酸 | 第30-31页 |
| ·提取与 RNA 相互作用的氨基酸位点 | 第31-34页 |
| 第三章 特征提取 | 第34-46页 |
| ·氨基酸理化性质 | 第34-36页 |
| ·pKa 值 | 第36页 |
| ·氨基酸疏水性数值 | 第36-37页 |
| ·溶剂可及表面积比例 | 第37-41页 |
| ·氨基酸所处的二级结构构象 | 第41页 |
| ·PSSM 矩阵 | 第41-42页 |
| ·氨基酸的偶极矩与侧链体积 | 第42-45页 |
| ·特征矩阵构建 | 第45-46页 |
| 第四章 模型构建与模型性能 | 第46-56页 |
| ·数据集构建 | 第46页 |
| ·基于 Naivy Bayes 方法构建模型 | 第46-47页 |
| ·基于属性 bagging 提高模型性能 | 第47-48页 |
| ·模型自身测试性能 | 第48-49页 |
| ·与其它模型的比较 | 第49-50页 |
| ·讨论 | 第50-56页 |
| ·结合 RNA 的氨基酸偏好性 | 第50页 |
| ·氨基酸的原子数与结合 RNA 偏好性 | 第50-51页 |
| ·氨基酸 R 基团极性及静电荷值与结合 RNA 偏好性 | 第51-52页 |
| ·疏水性数值与结合 RNA 偏好性 | 第52-53页 |
| ·基于氨基酸的偶极矩与侧链体积的氨基酸分类与结合 RNA 偏好性 | 第53-54页 |
| ·用于模型构建的特征讨论 | 第54-56页 |
| 第五章 实例分析 | 第56-60页 |
| ·Xlrbpa 蛋白 | 第56页 |
| ·Xlrbpa 蛋白作用位点预测 | 第56页 |
| ·预测结果分析 | 第56-60页 |
| 第六章 在线预测服务器构建 | 第60-66页 |
| ·MATLAB Builder JA | 第60-62页 |
| ·构建任务信息数据库 | 第62-63页 |
| ·网站简介及使用步骤 | 第63-66页 |
| 第七章 结论 | 第66-68页 |
| 参考文献 | 第68-72页 |
| 文献综述 | 第72-78页 |
| 参考资料 | 第75-78页 |
| 论文 | 第78-88页 |
| 个人简历 | 第88-90页 |
| 致谢 | 第90页 |