| 摘要 | 第3-6页 |
| Abstract | 第6-9页 |
| 第1章 前言 | 第14-24页 |
| 1.1 研究背景 | 第14-23页 |
| 1.1.1 兽用抗菌药物的使用和污染现状 | 第14-15页 |
| 1.1.2 动物源抗生素耐药基因的污染 | 第15-21页 |
| 1.1.2.1 部分耐药基因耐药机制 | 第15-17页 |
| 1.1.2.2 动物源抗生素耐药基因的发生和污染现状 | 第17-18页 |
| 1.1.2.3 环境中抗生素耐药基因和人类健康 | 第18-19页 |
| 1.1.2.4 抗生素耐药基因的环境行为研究现状 | 第19-21页 |
| 1.1.3 动物粪便对环境菌群结构的影响 | 第21-22页 |
| 1.1.4 宏基因组的高通量测序和耐药基因 | 第22-23页 |
| 1.2 研究目的及意义 | 第23页 |
| 1.3 研究技术路线 | 第23-24页 |
| 第2章 鸡肠道耐药基因的排布规律 | 第24-45页 |
| 2.1 引言 | 第24页 |
| 2.2 材料与方法 | 第24-28页 |
| 2.2.1 材料 | 第24-25页 |
| 2.2.1.1 药品与试剂 | 第24页 |
| 2.2.1.2 仪器与设备 | 第24-25页 |
| 2.2.1.3 实验动物 | 第25页 |
| 2.2.2 方法 | 第25-28页 |
| 2.2.2.1 动物实验 | 第25页 |
| 2.2.2.2 DNA提取 | 第25-26页 |
| 2.2.2.3 宏基因组测序 | 第26-27页 |
| 2.2.2.4 耐药基因序列分析 | 第27-28页 |
| 2.2.2.5 统计分析 | 第28页 |
| 2.3 结果与分析 | 第28-42页 |
| 2.3.1 测序数据质量 | 第28-29页 |
| 2.3.2 耐药基因的丰度 | 第29-32页 |
| 2.3.3 携带耐药基因的宏基因组分布 | 第32-34页 |
| 2.3.4 携带不同耐药基因的菌属 | 第34-38页 |
| 2.3.5 耐药基因在重叠群上的排布 | 第38-40页 |
| 2.3.6 耐药基因共生网络分析 | 第40-42页 |
| 2.4 讨论 | 第42-44页 |
| 2.4.1 耐药基因的发生原因 | 第42-43页 |
| 2.4.2 鸡肠道耐药基因的分布情况 | 第43-44页 |
| 2.5 小结 | 第44-45页 |
| 第3章 粪便污染对土壤中抗生素耐药基因和菌群的影响 | 第45-77页 |
| 3.1 引言 | 第45页 |
| 3.2 材料与方法 | 第45-54页 |
| 3.2.1 材料 | 第45-46页 |
| 3.2.1.1 药品与试剂 | 第45页 |
| 3.2.1.2 仪器与设备 | 第45-46页 |
| 3.2.1.3 实验土壤和粪便 | 第46页 |
| 3.2.2 方法 | 第46-54页 |
| 3.2.2.1 施粪土壤微环境建立 | 第46-47页 |
| 3.2.2.2 DNA提取 | 第47页 |
| 3.2.2.3 PCR反应 | 第47-50页 |
| 3.2.2.4 实时荧光定量PCR | 第50-52页 |
| 3.2.2.5 基于 16S rRNA基因的宏基因组测序 | 第52-54页 |
| 3.3 结果与分析 | 第54-71页 |
| 3.3.1 PCR扩增结果 | 第54-55页 |
| 3.3.2 抗生素耐药基因丰度 | 第55-66页 |
| 3.3.2.1 qPCR标准曲线 | 第55-56页 |
| 3.3.2.2 qPCR反应特异性验证 | 第56-57页 |
| 3.3.2.3 耐药基因丰度变化 | 第57-66页 |
| 3.3.3 菌群结构变化 | 第66-71页 |
| 3.3.3.1 16S rRNA V6区扩增结果 | 第66页 |
| 3.3.3.2 不同处理组菌群结构组成 | 第66-69页 |
| 3.3.3.3 不同处理组菌群差异比较 | 第69-71页 |
| 3.4 讨论 | 第71-76页 |
| 3.4.1 施粪土壤中抗菌药物浓度 | 第71页 |
| 3.4.2 抗菌药物对耐药基因积蓄和消除的影响 | 第71-74页 |
| 3.4.3 动物粪便和抗菌药物对土壤菌群结构的影响 | 第74-76页 |
| 3.4.3.1 动物粪便对土壤菌群结构的影响 | 第74页 |
| 3.4.3.2 抗菌药物对土壤菌群结构的影响 | 第74-76页 |
| 3.5 小结 | 第76-77页 |
| 第4章 粪便污染对河流水中抗生素耐药基因和菌群的影响 | 第77-88页 |
| 4.1 引言 | 第77页 |
| 4.2 材料与方法 | 第77-80页 |
| 4.2.1 材料 | 第77-78页 |
| 4.2.1.1 药品与试剂 | 第77页 |
| 4.2.1.2 仪器与设备 | 第77-78页 |
| 4.2.1.3 实验用水、底泥和粪便 | 第78页 |
| 4.2.2 方法 | 第78-80页 |
| 4.2.2.1 粪便污染水环境的建立 | 第78页 |
| 4.2.2.2 DNA提取 | 第78-79页 |
| 4.2.2.3 PCR反应 | 第79-80页 |
| 4.2.2.4 实时荧光定量PCR | 第80页 |
| 4.2.2.5 基于 16S rRNA的宏基因组测序 | 第80页 |
| 4.3 结果与分析 | 第80-84页 |
| 4.3.1 抗生素耐药基因丰度分析 | 第80-81页 |
| 4.3.2 菌群结构分析 | 第81-84页 |
| 4.4 讨论 | 第84-86页 |
| 4.4.1 抗菌药物对抗生素耐药基因的选择性 | 第84-85页 |
| 4.4.2 抗菌药物对菌群的选择性 | 第85-86页 |
| 4.5 小结 | 第86-88页 |
| 第5章 实地调查流溪河中抗生素耐药基因污染和菌群结构 | 第88-99页 |
| 5.1 引言 | 第88-89页 |
| 5.2 材料与方法 | 第89-90页 |
| 5.2.1 材料 | 第89-90页 |
| 5.2.2 方法 | 第90页 |
| 5.2.2.1 样品采集 | 第90页 |
| 5.2.2.2 检测方法 | 第90页 |
| 5.3 结果与分析 | 第90-96页 |
| 5.3.1 抗生素耐药基因丰度分析 | 第90-93页 |
| 5.3.2 菌群结构组成分析 | 第93-96页 |
| 5.4 讨论 | 第96-97页 |
| 5.4.1 河流中抗生素耐药基因污染情况 | 第96页 |
| 5.4.2 河流中水体和底泥的菌群结构组成 | 第96-97页 |
| 5.5 小结 | 第97-99页 |
| 第6章 全文讨论与结论 | 第99-101页 |
| 致谢 | 第101-102页 |
| 参考文献 | 第102-113页 |
| 附录A：发表文章及参加的相关学术会议 | 第113-114页 |
| 附录B: 攻读博士期间所获奖项 | 第114-115页 |
| 附录C: 英文综述 | 第115-125页 |
| References | 第120-125页 |
