| 中英文缩略表 | 第8-9页 |
| 摘要 | 第9-12页 |
| Abstract | 第12-16页 |
| 第1章 文献综述 | 第17-29页 |
| 1.1 局域适应 | 第17-24页 |
| 1.1.1 局域适应的研究方法 | 第18-24页 |
| 1.2 生态物种形成 | 第24-25页 |
| 1.2.1 生态物种形成的条件 | 第24页 |
| 1.2.2 生态物种形成的研究方法 | 第24-25页 |
| 1.3 石爬鮡属鱼类的研究进展 | 第25-27页 |
| 1.3.1 石爬鮡属鱼类的生物学研究概况 | 第25-26页 |
| 1.3.2 石爬鮡属鱼类的系统分类研究 | 第26-27页 |
| 1.4 本研究的目的和意义 | 第27-29页 |
| 第2章 石爬鮡复合种形态分化研究 | 第29-69页 |
| 2.1 引言 | 第29-32页 |
| 2.2 材料与方法 | 第32-37页 |
| 2.2.1 实验材料 | 第32-33页 |
| 2.2.2 实验方法 | 第33-36页 |
| 2.2.3 数据分析 | 第36-37页 |
| 2.3 结果 | 第37-64页 |
| 2.3.1 多变量形态度量学分析结果 | 第37-42页 |
| 2.3.2 基于标定点的几何形态学分析结果 | 第42-64页 |
| 2.4 讨论 | 第64-67页 |
| 2.4.1 多变量形态度量学与几何形态学应用于石爬鮡复合种的比较研究 | 第64-65页 |
| 2.4.2 石爬鮡复合种不同群体的形态变异 | 第65-66页 |
| 2.4.3 石爬鮡复合种形态变异的生态适应机制 | 第66-67页 |
| 2.5 小结 | 第67-69页 |
| 第3章 石爬鮡复合种遗传分化研究 | 第69-117页 |
| 3.1 引言 | 第69-71页 |
| 3.2 材料与方法 | 第71-79页 |
| 3.2.1 实验材料 | 第71-73页 |
| 3.2.2 基因组DNA提取 | 第73页 |
| 3.2.3 引物设计 | 第73-74页 |
| 3.2.4 PCR扩增 | 第74-76页 |
| 3.2.5 遗传多样性分析 | 第76页 |
| 3.2.6 基于cyt b的系统发育及单倍型网络图分析 | 第76-77页 |
| 3.2.7 群体遗传结构分析 | 第77-78页 |
| 3.2.8 分化时间估算 | 第78页 |
| 3.2.9 种群历史动态分析 | 第78-79页 |
| 3.3 结果 | 第79-111页 |
| 3.3.1 石爬鮡复合种的微卫星数量统计 | 第79-80页 |
| 3.3.2 石爬鮡复合种多态性微卫星标记的开发 | 第80-86页 |
| 3.3.3 跨种扩增结果 | 第86页 |
| 3.3.4 石爬鮡复合种群体遗传多样性分析 | 第86-94页 |
| 3.3.5 线粒体cyt b系统发育树构建及单倍型网络图 | 第94页 |
| 3.3.6 石爬鮡复合种群体遗传结构 | 第94-105页 |
| 3.3.7 分化时间估算 | 第105-106页 |
| 3.3.8 石爬鮡复合种种群历史动态 | 第106-111页 |
| 3.4 讨论 | 第111-115页 |
| 3.4.1 微卫星标记的筛选方法 | 第111-112页 |
| 3.4.2 微卫星标记的跨种扩增 | 第112页 |
| 3.4.3 石爬鮡复合种的遗传多样性 | 第112-113页 |
| 3.4.4 石爬鮡复合种的遗传结构 | 第113页 |
| 3.4.5 石爬鮡复合种的谱系关系 | 第113-114页 |
| 3.4.6 石爬鮡复合种的分化历史 | 第114-115页 |
| 3.5 小结 | 第115-117页 |
| 第4章 石爬鮡复合种群体基因组学研究 | 第117-179页 |
| 4.1 引言 | 第117-118页 |
| 4.2 材料与方法 | 第118-129页 |
| 4.2.1 样品采集 | 第118-119页 |
| 4.2.2 基因组DNA提取与质检 | 第119-120页 |
| 4.2.3 文库构建及RAD测序 | 第120-123页 |
| 4.2.4 原始测序数据质控 | 第123页 |
| 4.2.5 数据统计及SNP分型 | 第123-124页 |
| 4.2.6 生物信息学分析 | 第124-129页 |
| 4.3 结果 | 第129-172页 |
| 4.3.1 基因组DNA质检与文库构建和测序 | 第129页 |
| 4.3.2 原始测序数据质控和SNP分型 | 第129-131页 |
| 4.3.3 生物信息学分析结果 | 第131-172页 |
| 4.4 讨论 | 第172-176页 |
| 4.4.1 RAD测序解析石爬鮡复合种系统发育关系的有效性 | 第172-173页 |
| 4.4.2 RAD测序解析石爬鮡复合种不同群体的聚类关系 | 第173-174页 |
| 4.4.3 石爬鮡复合种基因流及物种界定 | 第174页 |
| 4.4.4 石爬鮡复合种局域适应探讨 | 第174-176页 |
| 4.5 小结 | 第176-179页 |
| 第5章 总结与展望 | 第179-181页 |
| 5.1 本研究的结论 | 第179-180页 |
| 5.2 本研究的创新点 | 第180页 |
| 5.3 展望 | 第180-181页 |
| 参考文献 | 第181-201页 |
| 附录 | 第201-219页 |
| 附录Ⅰ 石爬鮡复合种形态学测量数据 | 第201-204页 |
| 附录Ⅱ 125 对微卫星引物序列及跨种扩增结果 | 第204-209页 |
| 附录Ⅲ RAD测序样本及相关信息 | 第209-219页 |
| 致谢 | 第219-221页 |
| 在校期间科研实践情况 | 第221-223页 |
