| 致谢 | 第6-8页 |
| 中文摘要 | 第8-12页 |
| 英文摘要 | 第12-16页 |
| 缩写、符号及术语表 | 第17-22页 |
| 第一部分 综合性医院艰难梭菌感染流行病学特征及危险因素分析 | 第22-47页 |
| 前言 | 第22-24页 |
| 1. 实验材料和方法 | 第24-30页 |
| 1.1 研究对象和标本 | 第24页 |
| 1.2 定义 | 第24-25页 |
| 1.3 主要试剂和仪器 | 第25-26页 |
| 1.4 实验方法 | 第26-29页 |
| 1.5 统计学分析 | 第29-30页 |
| 2. 实验结果 | 第30-43页 |
| 2.1 艰难梭菌的分离培养和鉴定 | 第30-31页 |
| 2.2 艰难梭菌的毒素基因检测结果 | 第31页 |
| 2.3 艰难梭菌MLST结果 | 第31-36页 |
| 2.4 基于7个管家基因的复合序列的分析(构建N-J树) | 第36-38页 |
| 2.5 血液病患者CDI危险因素分析 | 第38-43页 |
| 3. 讨论 | 第43-47页 |
| 第二部分 艰难梭菌感染患者肠道菌群结构多样性研究 | 第47-88页 |
| 前言 | 第47-49页 |
| 1. 实验材料 | 第49-51页 |
| 1.1 实验耗材和试剂 | 第49页 |
| 1.2 仪器设备 | 第49-51页 |
| 2. 实验方法 | 第51-60页 |
| 2.1 研究对象 | 第51-52页 |
| 2.2 粪便样本采集及处理 | 第52页 |
| 2.3 粪便样本菌群DNA的抽提 | 第52-53页 |
| 2.4 16 S rRNA基因V3区PCR扩增 | 第53-55页 |
| 2.5 Miseq高通量测序 | 第55页 |
| 2.6 生物信息学分析 | 第55-57页 |
| 2.7 肠道菌群荧光定量PCR分析 | 第57-59页 |
| 2.8 统计方法 | 第59页 |
| 2.9 核酸登录号 | 第59-60页 |
| 3. 实验结果 | 第60-84页 |
| 3.1 Mesiq测序结果和多样性分析 | 第60-63页 |
| 3.2 主坐标分析 | 第63-66页 |
| 3.3 序列分类比较 | 第66-81页 |
| 3.4 肠道菌群定量PCR检测结果 | 第81-84页 |
| 4. 讨论 | 第84-88页 |
| 第三部分 艰难梭菌感染患者粪便上清代谢组学研究 | 第88-105页 |
| 前言 | 第88-90页 |
| 1. 实验材料 | 第90页 |
| 1.1 实验耗材和试剂 | 第90页 |
| 1.2 仪器设备 | 第90页 |
| 2. 实验方法 | 第90-94页 |
| 2.1 研究对象 | 第90-91页 |
| 2.2 粪便样本采集及处理 | 第91页 |
| 2.3 代谢组学UPLC-MS操作步骤 | 第91-94页 |
| 3. 实验结果 | 第94-102页 |
| 3.1 色谱图 | 第94-95页 |
| 3.2 粪便上清样本UPLC-MS数据的PCA分析 | 第95-98页 |
| 3.3 粪便上清样本UPLC-MS数据的PLS-DA分析 | 第98-99页 |
| 3.4 生物标志物的鉴定 | 第99-102页 |
| 4. 讨论 | 第102-105页 |
| 参考文献 | 第105-115页 |
| 综述 | 第115-130页 |
| 参考文献 | 第124-130页 |
| 作者简历及在读期间所取得的科研成果 | 第130-131页 |
