| 致谢 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 专业词汇中英文对照表 | 第9-12页 |
| 第一章 引言 | 第12-31页 |
| 一、基因组学技术的发展及应用 | 第13-17页 |
| 1、测序技术的发展及其在基因组学研究中的重要意义 | 第13-16页 |
| ·以第一代测序为核心的DNA序列解析 | 第13-14页 |
| ·第二代测序开创的高通量基因组学时代 | 第14-15页 |
| ·高通量测序的新进展一单分子实时测序 | 第15-16页 |
| 2、SNP分型在基因组学研究中的应用 | 第16-17页 |
| 二、肿瘤基因组学的理论基础及发展趋势 | 第17-27页 |
| 1、肿瘤基因组中的突变 | 第18-21页 |
| ·肿瘤基因组中的驱动突变与“过客”突变 | 第18-20页 |
| ·肿瘤基因组中体细胞突变的主要类型及作用方式 | 第20-21页 |
| 2、肿瘤基因组学的主要研究方法 | 第21-26页 |
| ·以高通量测序为主的肿瘤基因组变异分析 | 第21-25页 |
| ·基于SNP分型的肿瘤基因组大片段变异研究 | 第25页 |
| ·肿瘤基因组学研究中的生物信息学分析 | 第25-26页 |
| 3、肿瘤基因组学研究的现状与趋势 | 第26-27页 |
| 三、以关联分析为基础的疾病易感基因定位 | 第27-31页 |
| 1、全基因组关联分析的理论基础 | 第27-29页 |
| 2、全基因组关联分析候选区域的验证 | 第29-31页 |
| 第二章 食管鳞状细胞癌基因组学研究 | 第31-67页 |
| 一、概述 | 第31-32页 |
| 二、食管鳞状细胞癌的外显子组研究 | 第32-47页 |
| 1、材料与方法 | 第32-37页 |
| ·研究样本 | 第32-33页 |
| ·样本基因组DNA提取 | 第33-34页 |
| ·外显子组测序 | 第34页 |
| ·序列比对与突变位点的确定 | 第34-35页 |
| ·体细胞突变的验证 | 第35-36页 |
| ·体细胞突变与生殖系突变的差异比较 | 第36页 |
| ·候选突变基因的测序验证 | 第36页 |
| ·等位基因型不平衡性检测 | 第36-37页 |
| 2、研究结果 | 第37-46页 |
| ·外显子组测序数据概况 | 第37-38页 |
| ·食管鳞状细胞癌体细胞突变整体特征 | 第38-40页 |
| ·不同患者间共有的体细胞突变基因 | 第40-41页 |
| ·突变基因的系统分析 | 第41-43页 |
| ·扩大样本量的候选基因突变率验证 | 第43-44页 |
| ·利用外显子组测序数据检测肿瘤基因组中的大片段变异 | 第44-46页 |
| 3、小结 | 第46-47页 |
| 三、食管鳞状细胞癌基因组大片段变异研究 | 第47-59页 |
| 1、材料与方法 | 第47-48页 |
| ·研究样本及其基因组DNA制备 | 第47页 |
| ·全基因组SNPs分型 | 第47页 |
| ·全基因组SNPs分型数据的分析 | 第47-48页 |
| ·拷贝数变化的定量PCR验证 | 第48页 |
| 2、研究结果 | 第48-58页 |
| ·食管鳞状细胞癌基因组大片段变异的复杂性 | 第48-50页 |
| ·不同样本间共有的拷贝数变异区域 | 第50-52页 |
| ·染色体碎片化现象 | 第52页 |
| ·TP53体细胞突变与基因组不稳定性的关系 | 第52-54页 |
| ·肿瘤基因组不稳定性与患者淋巴结转移及术后生存期的关系 | 第54-56页 |
| ·体细胞点突变与拷贝数变异共同指向p53通路细胞周期调控功能的破坏 | 第56-57页 |
| ·可能影响食管鳞状细胞癌发生发展的其它关键变异 | 第57-58页 |
| 3、小结 | 第58-59页 |
| 四、讨论 | 第59-65页 |
| 1、外显子组测序数据的质量分析 | 第59页 |
| 2、食管鳞状细胞癌中的体细胞点突变特征 | 第59-60页 |
| 3、食管鳞状细胞癌中的大片段变异整体特征及高频变异区域 | 第60-62页 |
| 4、基因组变异指征食管鳞状细胞癌中的细胞周期调控紊乱 | 第62-63页 |
| 5、大片段变异与患者临床特征及预后的相关性 | 第63-64页 |
| 6、TP53体细胞点突变与其它变异间的关系 | 第64-65页 |
| 五、结论 | 第65-67页 |
| 第三章 高度近视候选易感基因在中国人群中的验证 | 第67-74页 |
| 一、概述 | 第67-68页 |
| 二、材料与方法 | 第68-70页 |
| 1、研究样本 | 第68页 |
| 2、样本基因组DNA提取 | 第68-69页 |
| 3、候选区域tagSNPs挑选与分型 | 第69页 |
| 4、统计检验 | 第69-70页 |
| 三、研究结果 | 第70-72页 |
| 1、样本临床特征 | 第70页 |
| 2、MIR1OOHG和BLID区域与中国人群高度近视易感性无显著关联 | 第70-72页 |
| 四、讨论 | 第72-73页 |
| 五、结论 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-90页 |
| 附录 | 第90-104页 |
| 作者简介及在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第104页 |
