| 致谢 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 专业词汇中英文对照表 | 第10-11页 |
| 目录 | 第11-14页 |
| 图目录 | 第14-15页 |
| 表目录 | 第15-16页 |
| 1 引言 | 第16-18页 |
| 2 小插入缺失在黑腹果蝇编码区的进化研究 | 第18-34页 |
| ·研究背景 | 第18-20页 |
| ·材料和方法 | 第20-24页 |
| ·物种间序列比对 | 第20页 |
| ·种系特异的插入缺失和核苷酸替换 | 第20页 |
| ·基因组低复杂区域的注释 | 第20页 |
| ·基因组测序和变异的检测 | 第20-21页 |
| ·数据模拟和插入缺失检测评价 | 第21-22页 |
| ·MK检验 | 第22-23页 |
| ·由于适应性进化固定下来的替换比例 | 第23页 |
| ·Gene Ontology(GO)注释和功能分析 | 第23-24页 |
| ·结果 | 第24-32页 |
| ·种内和种间插入缺失 | 第24-27页 |
| ·用MK检验来推断自然选择 | 第27-32页 |
| ·讨论 | 第32-34页 |
| ·突变效果,群体大小和适应性进化 | 第32-33页 |
| ·在低复杂区域插入缺失的演化 | 第33页 |
| ·未来研究展望 | 第33-34页 |
| 3 RAD-Seq短序列聚类和组装的高效解决方案 | 第34-105页 |
| ·研究背景 | 第34-53页 |
| ·分子遗传标记定义 | 第34-35页 |
| ·几种经典分子遗传标记特点 | 第35-39页 |
| ·小结 | 第39-40页 |
| ·应用第二代测序技术检测分子遗传标记 | 第40页 |
| ·第二代测序技术的优势 | 第40-42页 |
| ·第二代测序技术分子标记简介 | 第42-44页 |
| ·小结和讨论 | 第44-45页 |
| ·RAD-Seq技术 | 第45页 |
| ·RAD-Seq技术细节 | 第45-47页 |
| ·RAD-Seq应用 | 第47-48页 |
| ·RAD-Seq数据生物信息学分析的挑战 | 第48-50页 |
| ·本章主要内容 | 第50-51页 |
| ·Rainbow | 第51-52页 |
| ·本章结构 | 第52-53页 |
| ·RAD-Seq短序列聚类 | 第53-85页 |
| ·短序列聚类算法介绍 | 第54-62页 |
| ·Rainbow实现的聚类算法 | 第62-63页 |
| ·Rainbow的一般属性 | 第63页 |
| ·建立索引表 | 第63-66页 |
| ·初步聚类 | 第66-67页 |
| ·自顶向下划分聚类 | 第67-69页 |
| ·自底向上合并聚类 | 第69-73页 |
| ·RAD-Seq数据模拟 | 第73页 |
| ·模拟物种信息 | 第73页 |
| ·实验过程模拟 | 第73-74页 |
| ·测序短序列模拟 | 第74-75页 |
| ·RAD-Seq模拟工具ezmsim | 第75页 |
| ·Rainbow聚类算法评估 | 第75页 |
| ·聚类评价 | 第75-77页 |
| ·Rainbow聚类评价的测量值 | 第77-78页 |
| ·参与比较的工具 | 第78-79页 |
| ·比较结果 | 第79-83页 |
| ·讨论 | 第83-85页 |
| ·RAD-Seq数据的局部从头拼接(de novo assembly) | 第85-95页 |
| ·拼接算法介绍 | 第85-87页 |
| ·贪婪算法 | 第87-88页 |
| ·OLC(Overlap-Layout-Consensus) | 第88-89页 |
| ·De Bruijn图 | 第89-90页 |
| ·Rainbow实现的拼接算法 | 第90-92页 |
| ·拼接算法评估 | 第92-93页 |
| ·讨论 | 第93-95页 |
| ·RAD-Seq真实数据分析 | 第95-103页 |
| ·研究背景 | 第95-96页 |
| ·RAD-Seq数据 | 第96-98页 |
| ·孔雀鱼RAD-Seq数据聚类和拼接分析 | 第98-101页 |
| ·讨论 | 第101-103页 |
| ·结论 | 第103-105页 |
| 参考文献 | 第105-120页 |
| 作者简历及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第120-121页 |
