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肺炎病患下呼吸道及沼气发酵体系的宏基因组学研究

致谢第1-6页
摘要第6-7页
ABSTRACT第7-9页
专业词汇中英文对照表第9-10页
目录第10-12页
图目录第12-13页
表目录第13-14页
1 引言第14-22页
   ·宏基因组学概论第14-15页
   ·宏基因组学研究手段的发展第15-18页
     ·传统宏基因组学研究手段第15-17页
     ·高通量测序技术的发展第17-18页
     ·研究瓶颈与挑战第18页
   ·不同研究策略对菌群丰度的影响第18-22页
2 肺炎病患下呼吸道宏基因组学研究第22-62页
   ·概述第22-28页
     ·呼吸道微生物研究第22-23页
     ·技术路线第23-28页
   ·材料与方法第28-37页
     ·仪器与试剂第28-31页
     ·模拟样品测试第31-33页
     ·呼吸道样本测试第33-35页
     ·呼吸道宏基因组分析第35-37页
   ·结果与讨论第37-58页
     ·反向杂交筛选效果第37-40页
     ·综合评价与方法优化第40-41页
     ·宏基因组测序数据统计第41-43页
     ·下呼吸道菌群结构第43-48页
     ·菌群生境与致病性第48-55页
     ·毒力因子与耐药基因注释与分析第55-58页
   ·小结第58-62页
3 沼气发酵体系宏基因组学研究第62-92页
   ·沼气发酵体系概述第62-64页
   ·材料与方法第64-71页
     ·底物采集与人工驯化第64-65页
     ·DNA提取方法比较与优化第65-68页
     ·沼气宏基因组学分析第68-71页
   ·结果与讨论第71-89页
     ·提取方法结果差异第71-73页
     ·测序数据统计与比较第73-75页
     ·沼气发酵体系菌群结构分析第75-80页
     ·菌群特征第80-82页
     ·产甲烷途径功能基因分析第82-89页
   ·小结第89-92页
4 结论第92-94页
参考文献第94-108页
附录A第108-110页
 附图1 评价体系BAP质粒标曲第108页
 附图2 沼气发酵体系16SrDNA T-RFLP峰值锥形图第108-109页
 附图3 沼气发酵体系高丰度菌种特性第109-110页
附录B第110-121页
 附表1 痰液样品测序结果中检测到的细菌种类、分布与致病性第110-111页
 附表2 Large contigs(大于9kb)注释信息第111-115页
 附表3 参与产甲烷途径contigs注释信息第115-121页
附录C 评价体系BAP质粒序列与检测片段第121-122页
作者简介及在学期间发表的学术论文与研究成果第122页
 作者简历第122页
 攻读学位期间发表的学术论文与研究成果第122页
 已申请的专利第122页

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