致谢 | 第1-6页 |
摘要 | 第6-7页 |
ABSTRACT | 第7-9页 |
专业词汇中英文对照表 | 第9-10页 |
目录 | 第10-12页 |
图目录 | 第12-13页 |
表目录 | 第13-14页 |
1 引言 | 第14-22页 |
·宏基因组学概论 | 第14-15页 |
·宏基因组学研究手段的发展 | 第15-18页 |
·传统宏基因组学研究手段 | 第15-17页 |
·高通量测序技术的发展 | 第17-18页 |
·研究瓶颈与挑战 | 第18页 |
·不同研究策略对菌群丰度的影响 | 第18-22页 |
2 肺炎病患下呼吸道宏基因组学研究 | 第22-62页 |
·概述 | 第22-28页 |
·呼吸道微生物研究 | 第22-23页 |
·技术路线 | 第23-28页 |
·材料与方法 | 第28-37页 |
·仪器与试剂 | 第28-31页 |
·模拟样品测试 | 第31-33页 |
·呼吸道样本测试 | 第33-35页 |
·呼吸道宏基因组分析 | 第35-37页 |
·结果与讨论 | 第37-58页 |
·反向杂交筛选效果 | 第37-40页 |
·综合评价与方法优化 | 第40-41页 |
·宏基因组测序数据统计 | 第41-43页 |
·下呼吸道菌群结构 | 第43-48页 |
·菌群生境与致病性 | 第48-55页 |
·毒力因子与耐药基因注释与分析 | 第55-58页 |
·小结 | 第58-62页 |
3 沼气发酵体系宏基因组学研究 | 第62-92页 |
·沼气发酵体系概述 | 第62-64页 |
·材料与方法 | 第64-71页 |
·底物采集与人工驯化 | 第64-65页 |
·DNA提取方法比较与优化 | 第65-68页 |
·沼气宏基因组学分析 | 第68-71页 |
·结果与讨论 | 第71-89页 |
·提取方法结果差异 | 第71-73页 |
·测序数据统计与比较 | 第73-75页 |
·沼气发酵体系菌群结构分析 | 第75-80页 |
·菌群特征 | 第80-82页 |
·产甲烷途径功能基因分析 | 第82-89页 |
·小结 | 第89-92页 |
4 结论 | 第92-94页 |
参考文献 | 第94-108页 |
附录A | 第108-110页 |
附图1 评价体系BAP质粒标曲 | 第108页 |
附图2 沼气发酵体系16SrDNA T-RFLP峰值锥形图 | 第108-109页 |
附图3 沼气发酵体系高丰度菌种特性 | 第109-110页 |
附录B | 第110-121页 |
附表1 痰液样品测序结果中检测到的细菌种类、分布与致病性 | 第110-111页 |
附表2 Large contigs(大于9kb)注释信息 | 第111-115页 |
附表3 参与产甲烷途径contigs注释信息 | 第115-121页 |
附录C 评价体系BAP质粒序列与检测片段 | 第121-122页 |
作者简介及在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第122页 |
作者简历 | 第122页 |
攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第122页 |
已申请的专利 | 第122页 |