| 目录 | 第1-8页 |
| 中文摘要 | 第8-12页 |
| ABSTRACT | 第12-17页 |
| 缩写名词表 | 第17-18页 |
| 1 前言 | 第18-47页 |
| ·研究问题的由来 | 第18-20页 |
| ·表达数量性状位点概述 | 第20-25页 |
| ·表达性状分析 | 第25-27页 |
| ·芯片技术 | 第25-26页 |
| ·第二代测序技术 | 第26-27页 |
| ·eQTL定位群体 | 第27-30页 |
| ·双亲本群体 | 第27-28页 |
| ·多亲本群体 | 第28-29页 |
| ·自然群体 | 第29-30页 |
| ·eQTL定位方法 | 第30-33页 |
| ·连锁分析 | 第30-31页 |
| ·关联分析 | 第31-33页 |
| ·表达调控网络 | 第33-36页 |
| ·调控网络的概述 | 第33-34页 |
| ·运用eQTLs进行网络构建 | 第34-36页 |
| ·eQTL和表型变异 | 第36-37页 |
| ·系统生物学研究 | 第37-38页 |
| ·eQTL时空分析 | 第37页 |
| ·运用QTL进行系统生物学研究 | 第37-38页 |
| ·sRNA的特征 | 第38-46页 |
| ·sRNA分类 | 第39-40页 |
| ·sRNA生物合成 | 第40-44页 |
| ·sRNA前体的转录 | 第41-42页 |
| ·前体加工、成熟到沉默复合体的装载 | 第42-43页 |
| ·sRNA循环与降解 | 第43-44页 |
| ·sRNA与杂种优势 | 第44-46页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第46-47页 |
| 2 材料与方法 | 第47-57页 |
| ·实验材料 | 第47页 |
| ·芯片样品准备 | 第47-50页 |
| ·发芽72h样品 | 第47-48页 |
| ·见穗期剑叶样品 | 第48-50页 |
| ·平展期剑叶样品 | 第50页 |
| ·芯片杂交 | 第50-51页 |
| ·文库构建和测序 | 第51-52页 |
| ·RNA-seq | 第51页 |
| ·sRNA-seq | 第51页 |
| ·全基因组甲基化测序 | 第51-52页 |
| ·数据预处理分析 | 第52-57页 |
| ·芯片数据处理 | 第52页 |
| ·测序数据处理 | 第52-54页 |
| ·sRNA测序数据处理 | 第52-53页 |
| ·表达谱测序数据 | 第53页 |
| ·全基因组甲基化测序数据 | 第53-54页 |
| ·表达数量性状位点定位 | 第54-55页 |
| ·发芽三天苗期eQTL定位 | 第54页 |
| ·见穗期剑叶eQTL定位 | 第54-55页 |
| ·平展期剑叶eQTL定位 | 第55页 |
| ·传统表型性状定位 | 第55-56页 |
| ·苗期性状 | 第55页 |
| ·产量与产量相关性状 | 第55-56页 |
| ·Realtime-PCR分析 | 第56-57页 |
| 3 结果与分析 | 第57-143页 |
| ·水稻苗期基因表达数量性状位点研究 | 第57-70页 |
| ·构建高密度遗传连锁图 | 第57-58页 |
| ·表达性状的分布 | 第58-59页 |
| ·eQTL鉴定 | 第59-62页 |
| ·eQTL热点的鉴定 | 第62-66页 |
| ·候选调控子和靶标的表达 | 第66-68页 |
| ·eQTL和表型QTLs | 第68-70页 |
| ·水稻见穗期剑叶基因表达数量性状位点研究 | 第70-106页 |
| ·见穗期剑叶RNA样品检测 | 第70-71页 |
| ·芯片质量检测 | 第71-74页 |
| ·表达性状分布 | 第74页 |
| ·全基因组eQTL定位 | 第74-77页 |
| ·已知基因eQTLs定位结果 | 第77-81页 |
| ·trans-eQTL热点 | 第81-83页 |
| ·比较phQTL和trans-eQTL热点 | 第83-86页 |
| ·鉴定候选主调控子 | 第86-87页 |
| ·整合自然变异材料重测序验证cis-eQTL | 第87-94页 |
| ·功能相关基因的表达调控网络构建 | 第94-106页 |
| ·水稻平展期剑叶sRNA表达数量性状位点研究 | 第106-143页 |
| ·sRNA的类型和分布 | 第106-112页 |
| ·永久F2群体中sRNA表达的遗传变异 | 第112-114页 |
| ·sRNA e-traits和定位到sQTL的sRNA e-traits的分布 | 第114-125页 |
| ·sRNA表达性状与其相应的母基因的eQTL定位 | 第125-129页 |
| ·sQTL的效应 | 第129-131页 |
| ·sQTL在1568个重组bins中分布 | 第131-138页 |
| ·miRNAs的遗传变异 | 第138-143页 |
| 4 讨论 | 第143-150页 |
| ·整合eQTL数据构建调控网络 | 第143-144页 |
| ·利用eQTL筛选phQTL的候选基因 | 第144-145页 |
| ·根据eQTL数据揭示发育时期的生物学功能 | 第145-146页 |
| ·eQTL定位的瓶颈 | 第146-147页 |
| ·基因功能的持续性和多效性 | 第147页 |
| ·构建SNP替换的参考基因组 | 第147-148页 |
| ·sRNA表达调控的复杂性 | 第148-150页 |
| 5 总结与展望 | 第150-153页 |
| ·不同发育时期表达水平QTLs研究 | 第150-151页 |
| ·sRNA表达变异 | 第151-152页 |
| ·杂种优势 | 第152-153页 |
| 参考文献 | 第153-171页 |
| 附录 | 第171-189页 |
| 附录Ⅰ 附表 | 第171-185页 |
| 附录Ⅱ 部分实验操作步骤 | 第185-187页 |
| 附录Ⅲ 作者简介 | 第187-189页 |
| 致谢 | 第189-190页 |