| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-12页 |
| 缩略语表 | 第12-14页 |
| 1 前言 | 第14-43页 |
| ·大肠杆菌研究背景 | 第14-15页 |
| ·大肠杆菌的群系分布和血清型分型 | 第15-16页 |
| ·肠外致病性大肠杆菌的致病机制 | 第16-31页 |
| ·大肠杆菌毒力因子 | 第16-25页 |
| ·肠外致病性大肠杆菌在宿主体内的致病过程 | 第25-29页 |
| ·关于肠外致病性大肠杆菌毒力的假说 | 第29-31页 |
| ·基因组基本元件 | 第31-33页 |
| ·基因岛 | 第31-32页 |
| ·插入元件 | 第32页 |
| ·间隔集簇短回文重复区域 | 第32-33页 |
| ·假基因 | 第33页 |
| ·大肠杆菌基因组特点 | 第33-35页 |
| ·大肠杆菌的进化分析研究 | 第35页 |
| ·不同宿主ExPEC之间的关系 | 第35-36页 |
| ·大肠杆菌的质粒 | 第36-40页 |
| ·肠外致病性大肠杆菌的毒力质粒 | 第36-38页 |
| ·质粒的复制子类型 | 第38-39页 |
| ·大肠杆菌质粒的系统进化 | 第39-40页 |
| ·肠外致病性大肠杆菌疫苗的研究现状 | 第40-42页 |
| ·大肠杆菌的外膜蛋白 | 第42页 |
| ·基因的适应性进化分析 | 第42-43页 |
| 2 猪源肠外致病性大肠杆菌PCN033和PCN061菌株全基因组测序、注释及比较基因组学分析 | 第43-100页 |
| ·研究目的与意义 | 第43页 |
| ·实验材料 | 第43-44页 |
| ·菌株及来源 | 第43页 |
| ·主要培养基 | 第43-44页 |
| ·试剂,溶液和试剂盒 | 第44页 |
| ·实验方法 | 第44-52页 |
| ·细菌基因组的提取 | 第44页 |
| ·基因组序列的拼接和验证 | 第44-45页 |
| ·基因组的注释与基本分析 | 第45-50页 |
| ·进化分析 | 第50页 |
| ·比较基因组学分析 | 第50-51页 |
| ·生物学特性的分析 | 第51-52页 |
| ·结果与分析 | 第52-94页 |
| ·PCN033和PCN061菌株基因组测序结果 | 第52-54页 |
| ·PCN033和PCN061菌株基因组基本特点 | 第54-56页 |
| ·基因组基本元件的分析 | 第56-60页 |
| ·进化分析 | 第60-63页 |
| ·PCN033和PCN061菌株比较基因组学和相应生物表型的鉴定分析 | 第63-91页 |
| ·质粒分析 | 第91-94页 |
| ·讨论 | 第94-99页 |
| ·基因组测序,注释以及比较分析中应注意的问题 | 第95-96页 |
| ·猪源ExPEC强毒株PCN033和弱毒株PCN061基因组和生物表型的比较分析 | 第96-97页 |
| ·猪源ExPEC强毒株PCN033中毒力相关序列的分析和展望 | 第97-99页 |
| ·结论 | 第99-100页 |
| 3 猪源肠外致病性大肠杆菌候选亚单位疫苗OmpC和OmpF的研究 | 第100-118页 |
| ·研究目的与意义 | 第100页 |
| ·材料与方法 | 第100-109页 |
| ·菌株及其活化和培养、质粒 | 第100-101页 |
| ·猪源肠外大肠杆菌ompC和ompF基因的扩增以及PCR产物的回收 | 第101-102页 |
| ·连接pMD18-T载体进行测序 | 第102-103页 |
| ·原核表达载体的构建 | 第103-105页 |
| ·融合蛋白的诱导表达和纯化 | 第105-106页 |
| ·Western-blot检测 | 第106-107页 |
| ·小鼠免疫及攻毒实验 | 第107页 |
| ·酶联免疫吸附实验ELISA检测抗体效价 | 第107-108页 |
| ·调理吞噬实验 | 第108-109页 |
| ·基因ompC和ompF的适应性进化分析 | 第109页 |
| ·结果与分析 | 第109-115页 |
| ·重组质粒PCR和酶切鉴定 | 第109页 |
| ·重组蛋白的鉴定 | 第109-112页 |
| ·重组蛋白特异性IgG抗体水平 | 第112-113页 |
| ·小鼠感染实验 | 第113-114页 |
| ·调理吞噬实验 | 第114页 |
| ·基因ompC和ompF的重组和选择压力分析 | 第114-115页 |
| ·讨论 | 第115-117页 |
| ·结论 | 第117-118页 |
| 参考文献 | 第118-140页 |
| 附表 | 第140-181页 |
| 发表文章 | 第181-182页 |
| 致谢 | 第182-183页 |
