| 中文摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-12页 |
| 文献综述 | 第12-24页 |
| 1 我国微生态制剂的研究和应用概况 | 第13-14页 |
| 2 饲用芽孢杆菌制剂在动物消化道作用机理 | 第14-16页 |
| 3 肠道菌群微生态的研究方法 | 第16-22页 |
| 4 本研究的目的意义 | 第22-24页 |
| 实验一 益生芽孢杆菌PAS38菌株的16S rDNA序列分析 | 第24-31页 |
| 1 材料 | 第24-25页 |
| ·菌种 | 第24页 |
| ·培养基 | 第24页 |
| ·实验仪器和主要试剂 | 第24页 |
| ·主要试剂配制 | 第24-25页 |
| 2 方法 | 第25-26页 |
| ·菌种的活化 | 第25页 |
| ·初步鉴定 | 第25页 |
| ·菌株基因组DNA的提取 | 第25页 |
| ·引物的设计 | 第25页 |
| ·PCR的反应体系 | 第25页 |
| ·PCR产物检测 | 第25-26页 |
| ·16S rDNA序列的测定 | 第26页 |
| 3.结果与分析 | 第26-28页 |
| ·菌落形态及细菌染色特征 | 第26页 |
| ·生理生化特征 | 第26-27页 |
| ·PCR产物的验测 | 第27页 |
| ·16S rDNA测序结果 | 第27页 |
| ·序列比对结果 | 第27页 |
| ·系统进化树的构建 | 第27-28页 |
| 4 讨论 | 第28-31页 |
| ·菌株的鉴定结果 | 第29页 |
| ·传统鉴定方法与现代分子生物学技术鉴定方法的比较 | 第29-30页 |
| ·用于动物肠道功能状态的检测 | 第30-31页 |
| 实验二 益生菌PAS38在肉鸡消化道的消长规律 | 第31-42页 |
| 1 材料 | 第31页 |
| ·实验动物: | 第31页 |
| ·实验菌株: | 第31页 |
| ·主要实验仪器 | 第31页 |
| ·主要试剂及配制: | 第31页 |
| 2 方法 | 第31-34页 |
| ·引物和探针的设计 | 第31-32页 |
| ·引物和探针 | 第32页 |
| ·制备灌胃液 | 第32页 |
| ·饲养动物 | 第32页 |
| ·采集样品和提取肠道菌群的总DNA | 第32-33页 |
| ·标准品DNA的制备 | 第33页 |
| ·实时荧光定量PCR条件 | 第33-34页 |
| ·蜡样芽孢杆菌TaqMan探针实时荧光定量PCR标准曲线的制作 | 第34页 |
| ·TaqMan探针实时荧光定量PCR对鸡消化道内芽孢杆菌的检测 | 第34页 |
| 3 结果与分析 | 第34-38页 |
| ·常规PCR产物电泳检测结果 | 第34页 |
| ·芽孢杆菌常规PCR产物测序结果 | 第34-35页 |
| ·实时荧光定量PCR标准曲线的建立 | 第35-36页 |
| ·实时荧光定量PCR鸡消化道中芽孢杆菌的检测结果 | 第36-38页 |
| 4 讨论 | 第38-42页 |
| ·实时荧光定量PCR技术在肠道微生物生态学中应用优越性 | 第38-39页 |
| ·肠道菌群总DNA的提取方法探讨 | 第39-40页 |
| ·常规PCR产物测序与引物和探针的验证 | 第40页 |
| ·菌株在消化道的消长变化规律 | 第40-42页 |
| 实验三 ERIC-PCR分析肉鸡口服芽孢杆菌PAS38后肠道菌群结构的多样性 | 第42-50页 |
| 1 材料 | 第42页 |
| ·仪器设备 | 第42页 |
| ·主要试剂 | 第42页 |
| 2.方法 | 第42-43页 |
| ·肠道菌群总DNA样品的处理 | 第42页 |
| ·ERIC-PCR的反应体系和反应条件 | 第42页 |
| ·各肠道菌群总DNA的ERIC-PCR扩增 | 第42-43页 |
| ·各肠道菌群总DNA的ERIC-PCR图谱分析 | 第43页 |
| 3 结果与分析 | 第43-46页 |
| ·ERIC-PCR分析肉鸡肠道菌群指纹图谱 | 第43-44页 |
| ·ERIC-PCR分析肉鸡肠道菌群变化 | 第44-45页 |
| ·ERIC-PCR分析肉鸡肠道菌群的多样性 | 第45-46页 |
| 4 讨论 | 第46-50页 |
| ·分子生态学方法在研究肠道微生物结构中的优势 | 第46-47页 |
| ·肉鸡灌服芽孢杆菌PAS38对肠道微生物结构的调节作用 | 第47-50页 |
| 实验四 PCR-DGGE分析肉鸡口服芽孢杆菌PAS38后肠道菌群的调节作用 | 第50-66页 |
| 1 材料 | 第50-51页 |
| ·样品 | 第50页 |
| ·主要实验仪器 | 第50页 |
| ·主要试剂 | 第50-51页 |
| 2 方法 | 第51-54页 |
| ·肠道菌群总DNA样品的处理 | 第51页 |
| ·肠道菌群的16S rRNA V3区PCR扩增 | 第51页 |
| ·菌群基因组总DNA 16S rDNA V3区扩增DNA片段DGGE分析 | 第51-52页 |
| ·肠道菌群的DGGE条带的多样性分析 | 第52-53页 |
| ·割胶回收特征性条带并克隆测序 | 第53-54页 |
| 3 结果与分析 | 第54-60页 |
| ·PCR—DGGE分析肉鸡消化道菌群多样性结果 | 第54-57页 |
| ·PCR-DGGE分析肉鸡肠道菌群变化 | 第57页 |
| ·肉鸡消化道总菌群多样性分析 | 第57-59页 |
| ·优势条带回收图谱 | 第59页 |
| ·肠道优势条带克隆测序鉴定结果 | 第59-60页 |
| 4 讨论 | 第60-66页 |
| ·DGGE用于肠道微生物菌群检测的优越性 | 第60-61页 |
| ·有益菌对肠道微生物多样性的影响作用 | 第61-62页 |
| ·有益菌对肠道菌群的调节作用 | 第62-66页 |
| 总结 | 第66-67页 |
| 参考文献 | 第67-75页 |
| 附表 | 第75-76页 |
| 致谢 | 第76-77页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第77页 |
